Thermotogae | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | Бактерии |
Superphylum: | Eurybacteria |
Тип: | Thermotogae Reysenbach 2002 исправить. Bhandari Gupta 2014 |
Класс: | ThermotogaeReysenbach 2002 исправлено. Bhandari Gupta 2014 |
Заказ | |
Синонимы | |
|
Thermotogae - это тип домена домена Бактерии. Тип Thermotogae состоит из грамотрицательных окрашенных, анаэробных и в основном термофильных и гипертермофильных бактерий.
Название этого типа происходит от существования многие из этих организмов при высоких температурах вместе с характерной структурой оболочки, или «тогой», окружающей клетки этих видов. Недавно были идентифицированы некоторые Thermotogae, существующие при умеренных температурах. Хотя виды Thermotogae проявляют грамотрицательное окрашивание, они ограничены одноэлементной липидной мембраной, следовательно, они являются монодермальными бактериями. Из-за способности некоторых видов Thermotogae процветать при высоких температурах они считаются привлекательными объектами для использования в промышленных процессах. Метаболическая способность Thermotogae использовать различные сложные углеводы для производства газообразного водорода привела к тому, что эти виды были названы возможным биотехнологическим источником для производства энергии, альтернативной ископаемому топливу.
Это В настоящее время филум состоит из одного класса (Thermotogae), четырех порядков (Thermotogales и) и пяти семейств (Thermatogaceae, Fervidobacteriaceae, Kosmotogaceae, Petrotogaceae и Mesoaciditogaceae). Всего он насчитывает 15 родов и 52 вида. В деревьях 16S рРНК Thermotogae разветвляются с Aquificae (другой тип, включающий гипертермофильные организмы) в непосредственной близости от точки ветвления архей и бактерий. Однако тесная связь Thermotogae с Aquificae и глубокое разветвление последней группы видов не подтверждается филогенетическими исследованиями, основанными на других последовательностях генов / белков. а также консервативными инделями сигнатур в нескольких высококонсервативных универсальных белках. Thermotogae также были изучены на предмет их предположительно обильного бокового переноса генов с архейными организмами. Однако недавние исследования, основанные на более надежных методологиях, показывают, что частота LGT между Thermotogae и другими группами, включая архей, не так высока, как предполагалось в более ранних исследованиях.
До недавнего времени биохимические исследования не проводились. или молекулярные маркеры были известны, которые могли отличить виды из филума Thermotogae от всех других бактерий. Однако недавнее сравнительное геномное исследование выявило большое количество консервативных сигнатурных инделей (CSI) в важных белках, которые специфичны либо для всех видов Thermotogae, либо для ряда его подгрупп. Многие из этих CSI в важных белках домашнего хозяйства, таких как Pol1, RecA и TrpRS, и рибосомные белки L4, L7 / L12, S8, S9 и т. Д. Уникально присутствуют в различных секвенированных видах Thermotogae, обеспечивая новые молекулярные маркеры для этого типа. Эти исследования также определили CSI, специфичные для каждого заказа и каждой семьи. Эти индели являются предпосылкой для современной таксономической организации Thermotogae и убедительно подтверждены филогеномным анализом. Также были обнаружены дополнительные CSI, специфичные для Thermotoga и. Эти CSI специфичны для всех видов в пределах каждого соответствующего рода и отсутствуют у всех других бактерий, поэтому являются специфическими маркерами. Кладу, состоящую из видов с глубоким ветвлением Petrotoga mobilis, Kosmotoga olearia и Thermotogales bacterium mesG1, также поддерживали семь CSI. Кроме того, также сообщалось о некоторых CSI, которые предоставили доказательства LGT среди Thermotogae и других прокариотических групп. Недавно открытые молекулярные маркеры предоставляют новые средства для идентификации и ограничения видов из этого типа в молекулярных терминах и для будущих пересмотров его таксономии.
Филогения основана на работе проекта All-Species Living Tree Project.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот со статусом в номенклатуре (LSPN) и Национальным центром биотехнологической информации (NCBI).
Примечания:. ♠ Штамм обнаружен в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не включен в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). ♥ Никаких штаммов, зарегистрированных в Национальном центре биотехнологической информации NCBI и / или перечисленных в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)