База данных классификации транспортеров

редактировать
классификация мембранных белков, включая ионные каналы

База данных классификации транспортеров (или TCDB ) - это утвержденная Международным союзом биохимии и молекулярной биологии (IUBMB) система классификации для мембранных транспортных белков, включая ионных каналов.

Содержание

  • 1 Классификация
    • 1.1 1. Каналы и поры
      • 1.1.1 1.A каналы α-типа
      • 1.1.2 1.B. β-бочкообразные порины и другие белки внешней мембраны
      • 1.1.3 1.C Порообразующие токсины (белки и пептиды)
      • 1.1.4 1.D Каналы, не синтезируемые рибосомами
      • 1.1.5 1.E Холины
      • 1.1.6 1.F Поры слияния везикул
      • 1.1.7 1.G Поры слияния вирусов
      • 1.1.8 1.H Параклеточные каналы
      • 1.1.9 1.I Связанные с мембраной каналы
    • 1,2 2. Электрохимические переносчики потенциала
      • 1.2.1 2.A Портеры (унипортеры, симпортеры, антипортеры)
      • 1.2.2 2.B Нерибосомно синтезированные переносчики
      • 1.2.3 2.C Ионно- активизаторы, управляемые градиентом
    • 1.3 3. Первичные активные транспортеры
      • 1.3.1 3.A. Транспортеры, управляемые гидролизом P-P-связи
      • 1.3.2 3.B Транспортеры, управляемые декарбоксилированием
      • 1.3.3 3.C Транспортеры, управляемые метилпереносом
      • 1.3.4 3.D. Транспортеры, управляемые окислением и восстановлением
      • 1.3.5 3.E. Транспортеры, управляемые поглощением света
    • 1.4 4. Групповые транслокаторы
      • 1.4.1 4.A Групповые транслокаторы, управляемые фосфопереносом
      • 1.4.2 4.B Транспортеры захвата никотинамид-рибонуклеозида
      • 1.4.3 4.C Ацил Транспортеры, связанные с КоА-лигазой
      • 1.4.4 4.D Полисахарид-синтаза / Экспортеры
      • 1.4.5 4.E. Групповые транслокаторы, катализируемые вакуолярными полифосфат-полимеразой
    • 1,5 5. Транспортные переносчики электронов
      • 1.5.1 5.A Трансмембранные переносчики 2-электронов
      • 1.5.2 5.B Трансмембранные переносчики 1-электронов
    • 1,6 8. Дополнительные факторы, участвующие в транспорте
      • 1.6.1 8.A Вспомогательные транспортные белки
      • 1.6.2 8.B Белковые / пептидные токсины, синтезируемые рибосомами, которые нацелены на каналы и носителей
      • 1.6.3 8.C Не- синтезированные рибосомами токсины, которые нацелены на каналы и носители
    • 1,7 9. Не полностью охарактеризованные транспортные системы
      • 1,7.1 9.A Распознанные переносчики с неизвестным биохимическим механизмом
      • 1.7.2 9.B Предполагаемые транспортные белки
      • 1.7. 3 9.C Функционально охарактеризованные транспортеры без идентифицированных последовательностей
  • 2 Ссылки
  • 3 Внешние ссылки

Классификация

Верхний уровень классификации и несколько примеров белков с известной трехмерной структурой:

1. Каналы и поры

1.A каналы α-типа

1.B. β-бочкообразные порины и другие белки внешней мембраны

1.C порообразующие токсины (белки и пептиды)

1.D Каналы, синтезированные не рибосомами

  • 1.D.1 Семейство каналов грамицидин A
  • 1.D.2 Каналообразующее Сирингомицин Семейство
  • 1.D.3 Семейство каналообразующих сирингопептинов
  • 1.D.4 Семейство толаазиновых каналов
  • 1.D.5 Аламетицин или Пептаибол Канальная форма антибиотика Семейство ing
  • 1.D.6 Семейство комплексных поли 3-гидроксибутиратных каналов Са (cPHB-CC)
  • 1.D.7 Семейство бетиколина
  • 1.D.8 Семейство сапонинов
  • 1.D.9 Семейство ионных каналов (PG-IC)
  • 1.D.10 Керамид -формирование семейства каналов
  • 1.D.11 Семейство сурфактина
  • 1.D.12 Семейство Боверицина (Боверицина)
  • 1.D.13 Амфипатические пептидные антибиотики с доставкой ДНК (DAPA)
  • 1.D.14 Семейство синтетических Leu / Ser амфипатических каналообразующих пептидов (l / S-SCP)
  • 1.D. 15 Семейство даптомицина (даптомицина)
  • 1.D.16 Семейство синтетических амфипатических порообразующих гептапептидов (SAPH)
  • 1.D.17 Комбинаторно-разработанное, порообразующее, β- лист Семейство пептидов
  • 1.D.18 Семейство порообразующих конъюгатов гуанозин-желчная кислота
  • 1.D.19 Препарат, образующий канал Са, Дигитоксин Семейство
  • 1.D.20 Семейство порообразующих полиеновых макролидных антибиотиков / грибковых агентов (PMAA)
  • 1.D.21 Lipid Nanopo re (LipNP) Семейство
  • 1.D.22 Каротиноидный пигмент, перемещающий протоны, Зеаксантин Семья
  • 1.D.23 Фениленэтиниленовый порообразующий антимикробный препарат (PEPA) Семейство
  • 1.D.24 Семейство морских губок из политеонамида B (pTB)
  • 1.D.25 Семейство ариламиновых фолдамеров (AAF)
  • 1.D. 26 Семейство 9'-O-β-D-глюкозидов дигидродегидродикониферилового спирта (DDDC9G)
  • 1.D.27 Семейство изостер тиомочевины
  • 1.D.28 Семейство липопептаиболов
  • 1.D.29 Семейство макроциклических олигохолатов
  • 1.D.30 Семейство искусственных гидразид-связанных столбов [5] ареновых каналов (HAPA-C)
  • 1.D. 31 Семейство Амфотерицин B
  • 1.D.32 Семейство порообразующих
  • 1.D.33 Семейство каналообразующих
  • 1.D.34 Каналообразующие олигоэфирные Bolaamphiphiles
  • 1.D.35 Порообразующие циклические семейства
  • 1.D.36 Семейство ионных каналов
  • 1. D.37 Семейство
  • 1.D.38 Семейство циклических пептидных нанотрубок (cPepNT)
  • 1.D.3 9 Семейство контролируемых светом амфифильных молекулярных ионных каналов на основе азобензола (AAM-IC)
  • 1.D.40 Семейство тороидальных липидных пор, индуцированных белком
  • 1.D.41 Спротетонат Семейство ионофоров (спирогексанолидов) типа
  • 1.D.42 Семейство Phe-Arg трипептид-столб [5] ареновый канал (TPPA-C)
  • 1.D.43 Триазол- семейство адаптированных гуанозиндинуклеозидных каналов (TT-GDN-C)
  • 1.D.44 Синтетические ионные каналы с редокс-активным ферроценом (ICRF) Семейство
  • 1.D.45 Сонопорация и Семейство пор мембран электропорации (SEMP)
  • 1.D.46 Семейство ДНК-нанопор (DnaNP)
  • 1.D.47 Семейство порообразующих синтетических циклических пептидов (PSCP)
  • 1.D.48 Семейство порообразующих Сирингомицина E
  • 1.D.49 Семейство трансмембранных каротиноидных радикальных каналов (CRC)
  • 1.D.50 Семейство переносчиков амфифильных бис-катехол-анионов (AC-AT)
  • 1.D.51 Семейство белковых нанопор (ProNP)
  • 1.D.52 Нанопо макроцикла ароматических олигоамидов Семейство re (OmnNP)
  • 1.D.53 Семейство альфа, гамма-пептидных нанотрубок (a, gPepNT)
  • 1.D.54 Калий-селективный гексил-бензоуреидо-15- Семейство краун-5-эфирных ионных каналов (HBEC)
  • 1.D.55 Семейство нанопор на основе порфирина (PorNP)
  • 1.D.56 Олигомерный альфа-аминоизобутират (Aib) Семейство нанопор (AibNP)
  • 1.D.57 Семейство липидных электро-пор (LEP)
  • 1.D.58 Семейство продигиозена (продигиозена), переносящего анионы
  • 1.D.59 Семейство переносчиков анионов перенозина (перенозина)
  • 1.D.60 Семейство альфа, гамма-циклических пептидов (AGCP)
  • 1.D.61 Анионофорное 2, Семейство 6-бис (бензимидазол-2-ил) пиридина (ABBP)
  • 1.D.62 Семейство производных бис-триазолилдигуанозина, образующих каналы (TDG)
  • 1.D.63 Семейство нанопор на основе пептидов (PepNP)
  • 1.D.64 Семейство углеродных нанотрубок (CarNT)
  • 1.D.65 Семейство порообразующих амфидинолов (амфидинол)
  • 1.D.66 Семейство спиральных макромолекул и нанопор (HmmNP)
  • 1.D.67 Семейство спиральных пептидных ионных каналов (CEHP), модифицированных эфиром Краун
  • 1.D.68 Семейство порообразующих плейроновых блочных полимеров (PPBP)
  • 1. D.69 Семейство конических нанопор (ConNP)
  • 1.D.70 Семейство металлических (Au / Ag / Pt / графен) нанопор (MetNP)
  • 1.D.71 Синтетические Семейство пептидов TP359 (TP359)
  • 1.D.72 Семейство триазиновых рецепторов на основе хлорид-носителей (CCTTR)
  • 1.D.73 Семейство мезопористых нанопор кремнезема (SilNP)
  • 1.D.74 Семейство синтетических жестких п-октифенилстейвных пор (SSROP), реагирующих на стимул

1.E Холины

1.F Слияние везикул поры

  • 1.F.1 Семейство слияния синаптосомных пузырьков (SVF-Pore)
  • 1.F.2 Семейство октамерных экзоцист (экзоцист)

1.G Слияние вирусов поры

  • 1.G.1 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков-1 (VMFP1)
  • 1.G.2 Вирусные порообразующие слитые мембранные протеины-2 (VMFP2) Семья
  • 1.G.3 Защита от слияния вирусных порообразующих мембран Семейство ein-3 (VMFP3)
  • 1.G.4 Семейство вирусных порообразующих мембранных слитых белков (VMFP4)
  • 1.G.5 Вирусные порообразующие слитые мембраны Семейство белков-5 (VMFP5)
  • 1.G.6 Семейство слитых белков гепаднавируса S (белок HBV-S)
  • 1.G.7 Слитые белки FAST реовируса (R-FAST) Семейство
  • 1.G.8 Семейство слитых белков аренавируса (AV-FP)
  • 1.G.9 Семейство синцитина (синцитина)
  • 1.G. 10 Семейство слитых мембранных комплексов вируса простого герпеса (HSV-MFC)
  • 1.G.11 Семейство комплексов входных белков поксвирусных клеток (PEP-C)
  • 1.G.12 Птичий лейкоз Семейство слитых белков вируса gp95 (ALV-gp95)
  • 1.G.13 Семейство малых трансмембранных белков, связанных с слиянием ортореовирусов (FAST)
  • 1.G.14 Гемагглютинин / поры слияния вируса гриппа Семейство гриппа-образующих белков (Influenza-H / FPP)
  • 1.G.15 Семейство гликопротеинов основной оболочки вируса ядерного полиэдроза Autographa californica GP64 (GP64)
  • 1.G.16 Иммунодефицит человека Vi rus Семейство слитых пептидов типа 1 (ВИЧ-1) (HIV-FP)
  • 1.G.17 Семейство гликопротеинов оболочки вируса лейкемии крупного рогатого скота (BLV-Env)
  • 1.G.18 Пептид слияния SARS-CoV в семействе предшественников гликопротеинов Spike (SARS-FP)
  • 1.G.19 Семейство ротавирусных порообразующих комплексов слияния мембран (Rotavirus MFC)
  • 1.G.20 Семейство гликопротеинов слияния с оболочкой Gc хантавируса (Gc-EFG)
  • 1.G.21 Семейство вирусов Эпштейна-Барра (вирус герпеса 4 человека) Gp42 (Gp42)
  • 1.G. 22 Семейство гликопротеинов gO (gO) цитомегаловируса (вируса герпеса человека 5)

1.H

  • 1.H.1 Семейство Claudin Tight Junction (Claudin1)
  • 1. H.2 Семейство PMP22-Claudin (Claudin2) беспозвоночных

1.I

2. Транспортеры, управляемые электрохимическим потенциалом

2.A Портеры (унипортеры, симпортеры, антипортеры )

2.B Нерибосомно синтезированные портеры

  • 2.B.1 Валиномицин Семейство носителей
  • 2.B.2 Семейство Монензин
  • 2.B.3 Семейство Нигерицин
  • 2.B.4 Семейство антибиотиков (MA)
  • 2.B.5 Семейство макроциклических полиэфиров (MP)
  • 2.B.6 Иономицин Семейство
  • 2.B.7 Семейство трансмембранной α-спиральной транслокации пептид-фосфолипидов (TMP-PLT)
  • 2.B.8 Бафиломицин A1 (бафиломицин) Семейство
  • 2.B.9 Функциональное семейство пептидов, проникающих в клетки (CPP)
  • 2.B.10 Синтетические CPP, семейство
  • 2.B.11 Семейство ионофоров носителя кальцимицина или A23187
  • 2.B.12 Семейство салиномицина
  • 2.B. 13 т Семейство тетрапирролических макроциклических анионов (TPMC-AA)
  • 2.B.14 Семейство ласалоцидов A или X-537A Ionophore (Lasalocid)
  • 2.B.15 Трис-тиомочевина Триподаль Семейство хлоридных носителей (TTT-CC)
  • 2.B.16 Семейство анионных носителей, содержащих галогеновые связи (HCAC)
  • 2.B.17 Производное изофталаминда H: Семейство ко-переносчиков Cl (IDC)
  • 2.B.18 Семейство производных пиридин-2,6-дикарбоксамина (PDCA) H +: Cl
  • 2.B.19 Семейство каликс (4) производных пиррола (C4P)
  • 2.B.20 Семейство хлорид / бикарбонатный обменник продигиозина (продигиозина)
  • 2.B.21 Орто-фенилендиамин-бис-мочевина Семейство производных переносчиков анионов (oPDA-U)
  • 2.B.22 Семейство переносчиков анионов, функционализированных имидазолием (IAT)
  • 2.B.23 Гомотетрамерные трансмембранные Zn / Co: синтетические протоны Антипортер, семейство рокеров (рокеров)
  • 2.B.24 Семейство 2,6-бис (бензимидазол-2-ил) пиридин-анион-носителей (BBP-AC)
  • 2.B. 25 Семейство опосредованных пептидами липидных триггеров (PLFF)
  • 2.B.26 Семейство бис (имидазолил) -функционализированных бис (холоил) конъюгатов (BIBCC)
  • 2.B.27 Семейство транспортеров анионов трис-мочевины
  • 2.B.29 Анионофорные морские алкалоиды Тамбджамин Семейство

2.C Активизаторы, управляемые ионным градиентом

  • 2.C.1 Семейство вспомогательных белков TonB-ExbB-ExbD / TolA-TolQ-TolR (TonB) для активации активного транспорта, опосредованного рецепторами внешней мембраны (OMR)

3. Первичные активные транспортеры

3.A. Управляемые гидролизом PP-связи транспортеры

  • 3.A.1 ABC-транспортеры включая BtuCD, транспортер захвата молибдата, регулятор трансмембранной проводимости при муковисцидозе и другие
  • 3.A.2 Суперсемейство АТФазы H- или Na-типа F-типа, АТФазы V-типа и АТФазы A-типа
  • 3.A.3 АТФаза P-типа Надсемейство
  • 3.A.4 Отток арсенита-антимонита семейство
  • 3.A.5 Общий секретор путь (сек) транслокон (препротеин транслоказа SecY)
  • 3.A.6 Семейство секреторных путей типа III (связанные с вирулентностью) (IIISP)
  • 3.A.7 The Type IV (Conjugal DNA-Protein Transfer or VirB) Secretory Pathway (IVSP) Family
  • 3.A.8 The Mitochondrial Protein Translocase (MPT) Family
  • 3. A.9 The Chloroplast Envelope Protein Translocase (CEPT or Tic-Toc) Family
  • 3.A.10 H, Na-translocating Pyrophosphatase family
  • 3.A. 11 The Bacterial Competence-related DNA Transformation Transpor ter (DNA-T) Family
  • 3.A.12 The Septal DNA Translocator (S-DNA-T) Family
  • 3.A.13 The Filamentous Phage Exporter (FPhE) Family
  • 3.A.14 The Fimbrilin/Protein Exporter (FPE) Family
  • 3.A.15 The Outer Membrane Protein Secreting Main Terminal Branch (MTB) Family
  • 3.A.16 The Endoplasmic Reticular Retrotranslocon (ER-RT) Family
  • 3.A.17 The Phage T7 Injectisome (T7 Injectisome) Family
  • 3.A.18 The Nuclear mRNA Exporter (mRNA-E) Family
  • 3.A.19 The TMS Recognition/Insertion Complex (TRC) Family
  • 3.A.20 The Peroxisomal Protein Importer (PPI) Family
  • 3.A.21 The C-terminal Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis/ Insertion Complex (TAMP-B) Family
  • 3.A.22 The Transcription-coupled TREX/TAP Nuclear mRNA Export Complex (TREX) Family
  • 3.A.23 The Type VI Symbiosis/Virulence Secretory Pathway (VISP) Family
  • 3.A.24 Type VII or ESX Protein Secretion System (T7SS) Family
  • 3.A.25 The Symbiont-specif ic ERAD-like Machinery (SELMA) Family
  • 3.A.26 The Plasmodium Translocon of Exported proteins (PTEX) Family

3.B Decarboxylation-driven transporters

  • 3.B.1 The Na-transporting Carboxylic Acid Decarboxylase (NaT-DC) Family

3.C Methyltransfer-driven transporters

  • 3.C.1 The Na Transporting Methyltetrahydromethanopterin:Coenzyme M Methyltransferase (NaT-MMM) Family

3.D. Oxidoreduction-driven transporters

They include a number of transmembrane cytochrome b -like proteins including coenzyme Q - cytochrome c reductase (cytochrome bc1); cytochrome b6f complex ; formate dehydrogenase, respiratory nitrate reductase ; succinate - coenzyme Q reductase (fumarate reductase); and succinate dehydrogenase. See electron transport chain.

  • 3.D.1 The H or Na-translocating NADH Dehydrogenase ("complex I") family
  • 3.D.2 The Proton-translocating Transhydrogenase (PTH) Family
  • 3.D.3 The Proton-translocating Quinol:Cytochrome c Reductase ) Superfamily
  • 3.D.4 Proton-translocating Cytochrome Oxidase (COX) Superfamily
  • 3.D.5 The Na-translocating NADH:Quinone Dehydrogenase (Na-NDH or NQR) Family
  • 3.D.6 The Putative Ion (H or Na)-translocating NADH:Ferredoxin Oxidoreductase (NFO or RNF) Family
  • 3.D.7 The H2:Heterodisulfide Oxidoreductase (HHO) Family
  • 3.D.8 The Na- or H-Pumping Formyl Methanofuran Dehydrogenase (FMF-DH) Family
  • 3.D.9 The H-translocating F420H2 Dehydrogenase (F420H2DH) Family
  • 3.D.10 The Prokaryotic Succinate Dehydrogenase (SDH) Family

3.E. Light absorption-driven transporters

4. Group translocators

4.A Phosphotransfer-driven group translocators

  • 4.A.1 The PTS Glucose-Glucoside (Glc) Family
  • 4.A.2 The PTS Fructose-Mannitol (Fru) Family
  • 4.A.3 The PTS Lactose-N,N'-Diacetylchitobiose-β-glucoside (Lac) Family
  • 4.A.4 The PTS Glucitol (Gut) Family
  • 4.A.5 The PTS Galactitol (Gat) Family
  • 4.A.6 The PTS Mannose-Fructose-Sorbose (Man) Family
  • 4.A.7 The PTS L-Ascorbate (L-Asc) Family

4.B Nicotinamide ribonucleoside uptake transporters

  • 4.B.1 The Nicotinamide Ribonucleoside (NR) Uptake Permease (PnuC) Family

4.C Acyl CoA ligase-coupled transporters

  • 4.C.1 The Proposed Fatty Acid Transporter (FAT) Family
  • 4.C.2 The Carnitine O-Acyl Transferase (CrAT) Family
  • 4.C.3 The Acyl-CoA Thioesterase (AcoT) Family

4.D Polysaccharide Synthase/Exporters

  • 4.D.1 The Putative Vectorial Glycosyl Polymerization (VGP) Family
  • 4.D.2 The Glycosyl Transferase 2 (GT2) Family
  • 4.D.3 The Glycan Glucosyl Transferase (OpgH) Family

4.E. Групповые транслокаторы, катализируемые вакуолярной полифосфат-полимеразой

  • 4.E.1 Семейство вакуолярных (ацидокальцисом) полифосфат-полимераз (V-PPP)

5. Транспортные переносчики электронов

5.A Трансмембранные переносчики 2-электронов

  • 5.A.1 Семейство оксидоредуктазы D с дисульфидной связью (DsbD)
  • 5.A.2 Оксидоредуктаза с дисульфидной связью Семейство B (DsbB)
  • 5.A.3 Семейство прокариотических молибдоптерин-содержащих оксидоредуктаз (PMO)

5.B Трансмембранные переносчики 1-электронов

  • 5.B.1 Фагоцит (gp91phox) Семейство НАДФН-оксидазы
  • 5.B.2 Семейство эукариотических цитохромов b561 (Cytb561)
  • 5.B.3 Семейство Geobacter Nanowire Electron Transfer (G-NET)
  • 5.B.4 Семейство суперкомплексов фотосистемы I (PSI) растений
  • 5.B.5 Семейство внеклеточных металлооксидоредуктаз (EMOR)
  • 5.B.6 Трансмембранный эпителий Семейство антиген-протеин-3 ферроредуктазы (STEAP)
  • 5.B.7 Семейство YedZ (YedZ)
  • 5.B.8 Транс-внешний мембранный комплекс порин / цитохром для переноса электронов ( Семейство ET-PCC
  • 5.B.9 Семейство порин-цитохром c (Cyc2)

8. Дополнительные факторы, участвующие в транспорте

8.A Вспомогательные транспортные белки

8.B Белковые / пептидные токсины, синтезируемые рибосомами, которые нацелены на каналы и носителей

8.C Синтезируются не рибосомами токсины, нацеленные на каналы и носителей

9. Неполностью охарактеризованные транспортные системы

9.A Распознанные переносчики с неизвестным биохимическим механизмом

9.B Предполагаемые транспортные белки

9.C Функционально охарактеризованные переносчики без идентифицированных последовательностей

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-11 10:07:33
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте