TCAIM

редактировать
TCAIM
Идентификаторы
Псевдонимы TCAIM, C3orf23, TOAG-1, TOAG1, ингибитор активации Т-клеток, митохондрии, активация Т-клеток ингибитор митохондрий
Внешние идентификаторыMGI: 1196217 HomoloGene: 45481 GeneCard: TCAIM
Расположение гена (человек)
Хромосома 3 (человек)
Chr. Хромосома 3 (человек)
Хромосома 3 (человек) Геномное расположение TCAIM Геномное расположение TCAIM
Полоса 3p21.31Начало44,338,119 bp
Конец44,409,451 bp
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Энтрез

285343

382117

Энсембл

ENSG00000179152

ENSMUSG00000046603

UniProtN <2343>Q 231>Q66JZ4

RefSeq (мРНК)

NM_0010132405q (белок) 317>NP_001025011. NP_001269842. NP_001269843. NP_001269844.

NP_776187

NP_001013423

Местоположение (UCSC)Chr 3: 44,34 - 44,41 Мб <304 122,81 Мб - Chr PubMed searchWikidata
View / Edit Human View / Edit Mouse

TCAIM - это белок, который у людей кодируется TCAIM ген (ингибитор активации Т-клеток, митохондриальный).

.

Содержание
  • 1 Ген
    • 1.1 Транскрипт
  • 2 Белок
    • 2.1 Общие свойства
    • 2.2 Структура
    • 2.3 Экспрессия
    • 2.4 Субклеточная локализация
    • 2.5 Посттрансляционные модификации
      • 2.5.1 Сайты расщепления
      • 2.5.2 Фосфорилирование
      • 2.5.3 О-связанное гликозилирование
  • 3 Гомология и эволюция
    • 3.1 Гомологи
    • 3.2 История эволюции
  • 4 Функция
  • 5 Клиническая значимость
  • 6 Ссылки
  • 7 Внешние ссылки
  • 8 Дополнительная литература
Ген

Ген расположен на хромосоме 3, в положении 3p21.31, и имеет длину 71 333 базиса. График изображения показан ниже на рис. 1.2. Белок TCAIM имеет длину 496 остатков и вес 57925 Да. Он существует в четырех различных изоформах. TCAIM является высококонсервативным среди различных видов, но не было обнаружено гомологии с семействами белков с известными функциями.

Транскрипт

Имеется 8 альтернативно сплайсированных экзонов, которые кодируют 4 вариантов транскрипции. Первичный транскрипт длиной 3520 п.н. хорошо консервативен среди ортологов, при этом человеческая изоформа 1 имеет высокую идентичность с ортологичными белками. Транскрипт X1 содержит 11 экзонов, которые дают полипептид длиной 496 аминокислотных остатков.

Иллюстрация геномного контекста Иллюстрация геномного контекста для C3orf23. Этот сегмент отображает приблизительно 1 500 000 пар оснований хромосомы 3. Красные ромбы с зелеными линиями обозначают начало транскрипции. C3orf23 транскрибируется в том же направлении, что и вышележащий ген, в то время как он транскрибируется в направлении, противоположном нижележащему гену.
Белок

Общие свойства

СвойствоПре-белокРасщепленный белокЗрелый белок
Длина аминокислоты496470470
Изоэлектрическая точка8,78,58,2-8,6
Молекулярный вес58 кДал55 кДал~ 55-57

Изоэлектрическая точка значительно выше среднего для белков человека (6,81).

Структура

Справа показана предсказанная третичная структура белка. Он состоит в основном из длинных альфа-спиралей с несколькими спиральными участками и цепями, рассредоточенными по всей длине белка. Концы белка состоят из участков спирали, противоположных N- и C-концевым концам.

Прогнозируемая третичная структура TCAIM, созданная с помощью программного обеспечения ITASSER.

Выражение

TCAIM умеренно экспрессируется (50-75%) в большинстве тканей тела. Однако исследование NCBI GEO, в котором обсуждается влияние болезненных состояний на экспрессию TCAIM мРНК, показало, что экспрессия белка на самом деле повышена в HPV-положительных тканях по сравнению с HPV-отрицательными тканями. Другое исследование показало, что экспрессия TCAIM была повышена у лиц с диабетом 2 типа и инсулинорезистентностью. Экспрессия TCAIM, по-видимому, во многих случаях зависит от конкретного болезненного состояния.

Экспрессия TCAIM в организме человека.

Субклеточная локализация

Белок содержит митохондриальный сигнальный пептид локализует его в митохондриальном матриксе. Анализ с помощью программы локализации EXPASY подтвердил этот вывод. Высокая изоэлектрическая точка человеческого белка является дополнительным доказательством митохондриальной локализации из-за высокого pH митохондриального матрикса.

Посттрансляционные модификации

Сайты расщепления

Первоначально белок расщепляется для удаления 26 аминокислот с N-конца. Он представляет собой сигнальный пептид после того, как он локализуется в митохондрии.

Фосфорилирование

Существует ряд предсказанных сайтов фосфорилирования, как показано на рисунке справа. Остатки серина с большей вероятностью подвергаются фосфорилированию, чем остатки треонина или тирозина.

Сайты фосфорилирования TCAIM.

О-связанное гликозилирование

Справа показан ряд предсказанных о-связанных сайтов. До сих пор ни один из них не был определен экспериментально.

TCAIM O-связанные сайты гликозилирования.
Гомология и эволюция

Гомологи

Выравнивание TCAIM и Danio rerio у Homo sapiens (рыбки данио) гомологов было выполнено с использованием рабочей среды SDSC. Между двумя ортологами существует приблизительно 55% идентичности, с общим счетом выравнивания 1817. Два ортолога неизменно похожи на протяжении всей своей последовательности. Различия между двумя генами обусловлены кажущимися случайными сегментами неконсервативных и полуконсервативных остатков, разбросанных по двум выравниваниям. Это различие может быть связано с отсутствием родства между двумя организмами.

Эволюция TCAIM по сравнению с цитохромом C и фибриногеном.

История эволюции

TCAIM сильно разошлась быстрее, чем цитохром C, но немного медленнее, чем фибриноген.

Функция

О функции известно немного; предполагается, что этот белок может играть роль в апоптозе Т-клеток. TCAIM может играть роль в передаче сигналов врожденного иммунитета через митохондрии.

Клиническая значимость

Исследовательское исследование было выполнено Vogel et al. Ранее они обнаружили, что TCAIM сильно экспрессируется в трансплантатах и ​​тканях пациентов с развивающейся толерантностью после трансплантации и что белок локализован в митохондриях. В этом исследовании они обнаружили, что TCAIM взаимодействует с CD11c (+) дендритными клетками и регулируется ими. Еще одна статья Хендриксона и др. el кратко упоминает TCAIM. Они обнаружили, что генетические варианты в ядерно-кодируемых митохондриальных генах влияют на прогрессирование СПИДа. Третья статья представляет собой еще одно исследование, которое находит доказательства того, что TCAIM (наряду с митохондриальными генами) может использоваться в качестве маркера у пациентов, чтобы предсказать, смогут ли они принять аллотрансплантат или отвергнуть его. 169>

Ссылки
Внешние ссылки
Далее чтение

.

Последняя правка сделана 2021-06-09 05:37:37
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте