Структурная Genomics Consortium (SGC) является государственно-частным партнерством сосредоточив внимание на выяснение функции и болезнь уместности всех белков, кодируемых геном человека, с акцентом на тех, которые относительно изучены недостаточно. SGC размещает все результаты своих исследований в открытом доступе без ограничений, не подает заявки на патенты и продолжает продвигать открытую науку. Две недавние публикации пересматривают аргументы в пользу открытой науки. Основанная в 2003 году и созданная по образцу Консорциума базы данных одиночного нуклеотидного полиморфизма (dbSNP), SGC является благотворительной компанией, в состав членов которой входят организации, которые вносят в SGC более 5,4 миллиона евро в течение пятилетнего периода. В Совет директоров входят по одному представителю от каждого члена и независимый председатель, срок полномочий которых составляет 5 лет. В настоящее время председателем является Анке Мюллер-Фарнов (Германия), а предыдущими председателями были Майкл Морган (Великобритания), Уэйн Хендриксон (США), Маркус Грюеттер (Швейцария) и Тецуюки Маруяма (Япония). Основателем и нынешним генеральным директором является Алед Эдвардс (Канада). Членами-учредителями компании SGC были Канадские институты исследований в области здравоохранения, Genome Canada, Исследовательский фонд Онтарио, GlaxoSmithKline и Wellcome Trust. Текущие (март 2021 г.) члены включают AbbVie, Bayer Pharma AG, Boehringer Ingelheim, Институт инноваций Эшельмана, Genentech, Genome Canada, Janssen, Merck KGaA, Pfizer, Takeda и Wellcome Trust.
Исследовательская деятельность SGC осуществляется в скоординированной сети университетских лабораторий - в Университете Гете во Франкфурте, Каролинском институте, Университете Макгилла и университетах Северной Каролины в Чапел-Хилл и Торонто. Исследовательская деятельность поддерживается как средствами компании SGC, так и грантами, предоставленными учеными, участвующими в программах SGC. В каждом университете научные группы возглавляют главный научный сотрудник, это Стефан Кнапп (Франкфуртский университет Гете), Майкл Сундстром (Каролинский институт), Тед Фон (Университет Макгилла), Тим Уилсон (Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл), и Шерил Эрроусмит (Университет Торонто). В настоящее время SGC насчитывает около 200 ученых.
Структурная биология человеческих белков - К до сих пор способствовали более 2000 белковых структурам человеческих белков потенциальной значимости для обнаружения наркотиков в общественное достояние с 2003 года Структуры, которые образуют комплексы с синтетическими малыми молекулами способствовали партнерству с синхротроном Даймонда в Оксфордшир. Программа химических зондов отдает приоритет (членам) семейств белков, которые относительно мало изучены или которые в настоящее время могут иметь отношение к биологии человека и открытию новых лекарств. Эти семейства включают эпигенетическую передачу сигналов, транспорт растворенных веществ, протеостаз белка и фосфорилирование белка. Подход семейства белков поддерживается общедоступными инструментами биоинформатики (ChromoHub, UbiHub), семейным производством и биохимией белка, кристаллографией и определением структуры, биофизикой и клеточной биологией (например, анализами взаимодействия с мишенью). SGC (на данный момент) предоставил ~ 120 химических зондов в общественное достояние за последнее десятилетие, иgt; 25000 образцов этих зондов были распространены среди научного сообщества. Химические зонды соответствуют теперь общепринятым критериям качества, разработанным SGC и его совместной сетью.
Коалиция по открытию лекарств, управляемая структурой (SDDC), включает Сиэтлский центр структурной геномики инфекционных заболеваний (SSGCID), Среднезападный центр структурной геномики, Центр структурной геномики инфекционных заболеваний (CSGID), а также группы разработчиков лекарств из академических кругов и промышленности. позволил выявить 7 первых лекарств от туберкулеза (ТБ), малярии и криптоспоридиоза. SDDC получает финансирование от участвующих академических инициатив и Фонда Билла и Мелинды Гейтс.
Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл и Институт инноваций Эшелмана запустили быстроразвивающуюся инициативу по разработке противовирусных препаратов (READDI ™) и Инициативу по прекращению приема лекарств (VIMI ™). REDDI ™ создан по образцу некоммерческой инициативы по исследованию и разработке лекарств «Лекарства от забытых болезней» (DNDi). READDI ™ и VIMI ™ - это некоммерческие открытые научные инициативы, которые сосредоточены на разработке терапевтических средств для всех вирусов, способных к пандемии.
Открытая наука - ключевой принцип работы. Трест Соглашение подписано до того реагенты совместно с исследователями. Эти реагенты включают клоны кДНК ( Addgene ), химические зонды и трехмерные структуры. К инструментам содействия открытой науке относятся рабочие тетради в лабораторных условиях. Последняя платформа используются для исследования делится на (например) диффузной внутренней мостовой глиоме (DIPG), фибродисплазия, болезнь Хантингтона, болезнь Паркинсона, и Хордом.
Коммерческие дочерние компании M4K Pharma (Лекарства для детей), M4ND Pharma (Лекарства от неврологических заболеваний) и M4ID Pharma (Лекарства от инфекционных заболеваний) не подают патенты и не практикуют открытую науку. Компании M4 полностью принадлежат канадской благотворительной организации Agora Open Science Trust, чьей задачей является обмен научными знаниями и обеспечение доступного доступа ко всем лекарствам. M4K Pharma реализует самую передовую открытую программу открытия лекарств и пользуется финансовой поддержкой Института Онтарио по исследованию рака, Благотворительного фонда по изучению опухолей головного мозга, Лаборатории Чарльза Ривер и Биологии реакций, а также при участии ученых из университетов Макгилла, Северная Каролина, Оксфорд., Пенсильвания и Торонто, а также в больнице Сан-Хуан-де-Деу, больницах Университетской сети здравоохранения, Больнице для больных детей и Институте исследований рака. M4K Pharma разрабатывает селективный ингибитор ALK2 для DIPG, смертельной опухоли головного мозга у детей.
В 2000 году группа компаний и Wellcome задумали создать консорциум структурной геномики, чтобы сосредоточиться на определении трехмерных структур белков человека. Консорциум должен без ограничений размещать всю структурную информацию и вспомогательные реагенты в открытом доступе. Эти усилия были разработаны, чтобы дополнить другие программы структурной геномики в мире.
Была запущена научная программа SGC, деятельность которой осуществляется в университетах Оксфорда и Торонто, и с мандатом внести более 350 структур белков человека в общественное достояние. Чтобы соответствовать этим целям, белки должны были быть получены из заранее определенного списка, а белковые структуры должны были соответствовать заранее определенным критериям качества. Качество белковых структур оценивалось и продолжает оцениваться комитетом независимых академических ученых. Майкл Морган был председателем Совета SGC, а научную деятельность возглавляли Шерил Эрроусмит (Торонто) и Майкл Сандстрем (Оксфорд). В середине 2005 года VINNOVA, Фонд Кнута и Алисы Валленберг и Фонд стратегических исследований (SSF) создали шведский исследовательский узел SGC. Экспериментальная деятельность началась в Каролинском институте в Стокгольме под руководством Пэра Нордлунда и Йохана Вайгельта. Вместе три лаборатории SGC внесли в общественное достояние 392 структуры белков человека. Также была начата пилотная программа по структурной биологии белков малярийных паразитов.
Новой целью для структур было 650. SGC сосредоточил значительную деятельность в областях убиквитинирования, фосфорилирования белков, малых G-белков и эпигенетики, а также инициировал усилия в области структурной биологии интегральных мембранных белков. На этом этапе SGC определила структуры 665 белков человека из своего целевого списка. При поддержке Wellcome и GSK SGC запустил программу по разработке свободно доступных химических зондов для белков, участвующих в эпигенетической передаче сигналов, которые в то время находились в стадии изучения. Качество каждого химического зонда подвергалось двухуровневой проверке перед их распространением среди общественности. Первый был внутренним, через Комитет совместного управления, в который входили представители каждой организации-члена. Второй был предоставлен группой независимых экспертов, выбранных из академических кругов. Этот уровень контроля направлен на разработку реагентов, поддерживающих воспроизводимые исследования. В конечном итоге это привело к созданию портала по химическим исследованиям. В состав SGC вошли компании Merck, Sharpe and Dohme и Novartis. Уэйн Хендриксон был председателем правления SGC.
Мандат SGC расширился и включил 200 белков человека, включая 5 интегральных мембранных белков и химические зонды (30). Многие программы химических зондов были предприняты в партнерстве с учеными фармацевтических компаний, которые взяли на себя обязательство внести совместный химический зонд в общественное достояние без каких-либо ограничений. На этапе III SGC вместе с SSGCID (https://www.ssgcid.org/) и CSGID (https://csgid.org/) запустили SDDC. Членство в SGC: AbbVie, Bayer AG, Boehringer Ingelheim, Eli Lilly и Janssen. Из консорциума вышли компании Merck, Sharpe and Dohme и Канадские институты исследований в области здравоохранения. Маркус Грёттер стал председателем правления SGC.
Этот этап основан на целях предыдущих этапов, но включает хорошо изученные антитела к человеческим белкам. SGC инициировал согласованные усилия по разработке клеточных анализов, связанных с заболеванием, с использованием (первичных) клеток или тканей пациентов. На этом этапе началась исследовательская деятельность в Университете Гете во Франкфурте, в Университете Макгилла, а также в университетах Кампинаса и Северной Каролины, а также участие в ULTRADD и RESOLUTE в рамках IMI. Членство в SGC: Merck KGaA, Институт инноваций Эшелмана, Merck, Sharpe и Dohme присоединились, а GSK и Eli Lilly ушли. Тецуюки Маруяма стал председателем совета директоров.
Target 2035 - это открытое научное движение, целью которого является создание химических и / или биологических инструментов для всего протеома к 2035 году. Запуск в ноябре 2020 года и ежемесячные вебинары по-прежнему бесплатны. В число поддерживаемых в настоящее время проектов входят программа SGC по эпигенетическим химическим зондам, инициатива Национального института здравоохранения по изучению недостаточно изученных киназ, GPCR и ионных каналов,проектIMI RESOLUTE по SLC человека и проект IMI «Включение и разблокирование биологии в открытом доступе» ( EUbOPEN ). Эти команды связаны с глобальной сетью сотрудничества SGC.