Консорциум структурной геномики

редактировать

Структурная Genomics Consortium (SGC) является государственно-частным партнерством сосредоточив внимание на выяснение функции и болезнь уместности всех белков, кодируемых геном человека, с акцентом на тех, которые относительно изучены недостаточно. SGC размещает все результаты своих исследований в открытом доступе без ограничений, не подает заявки на патенты и продолжает продвигать открытую науку. Две недавние публикации пересматривают аргументы в пользу открытой науки. Основанная в 2003 году и созданная по образцу Консорциума базы данных одиночного нуклеотидного полиморфизма (dbSNP), SGC является благотворительной компанией, в состав членов которой входят организации, которые вносят в SGC более 5,4 миллиона евро в течение пятилетнего периода. В Совет директоров входят по одному представителю от каждого члена и независимый председатель, срок полномочий которых составляет 5 лет. В настоящее время председателем является Анке Мюллер-Фарнов (Германия), а предыдущими председателями были Майкл Морган (Великобритания), Уэйн Хендриксон (США), Маркус Грюеттер (Швейцария) и Тецуюки Маруяма (Япония). Основателем и нынешним генеральным директором является Алед Эдвардс (Канада). Членами-учредителями компании SGC были Канадские институты исследований в области здравоохранения, Genome Canada, Исследовательский фонд Онтарио, GlaxoSmithKline и Wellcome Trust. Текущие (март 2021 г.) члены включают AbbVie, Bayer Pharma AG, Boehringer Ingelheim, Институт инноваций Эшельмана, Genentech, Genome Canada, Janssen, Merck KGaA, Pfizer, Takeda и Wellcome Trust.

Исследовательская деятельность SGC осуществляется в скоординированной сети университетских лабораторий - в Университете Гете во Франкфурте, Каролинском институте, Университете Макгилла и университетах Северной Каролины в Чапел-Хилл и Торонто. Исследовательская деятельность поддерживается как средствами компании SGC, так и грантами, предоставленными учеными, участвующими в программах SGC. В каждом университете научные группы возглавляют главный научный сотрудник, это Стефан Кнапп (Франкфуртский университет Гете), Майкл Сундстром (Каролинский институт), Тед Фон (Университет Макгилла), Тим Уилсон (Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл), и Шерил Эрроусмит (Университет Торонто). В настоящее время SGC насчитывает около 200 ученых.

СОДЕРЖАНИЕ

  • 1 Известные достижения
    • 1.1 Химическая биология белков человека
    • 1.2 Белки нечеловеческого происхождения
    • 1.3 Открытая наука
    • 1.4 Открытое открытие лекарств
  • 2 История
    • 2.1 Концепция
      • 2.1.1 Этап I (2004-2007 гг.)
      • 2.1.2 Этап II (2007-2011)
      • 2.1.3 Этап III (2011-2015)
      • 2.1.4 Этап IV (2015-2020 гг.)
  • 3 Будущее - цель до 2035 года
  • 4 Избранные публикации
    • 4.1 Хемогеномика, деградация белка
    • 4.2 Анализ клеток, полученных от пациента
    • 4.3 Открытая наука
    • 4.4 Воспроизводимость
  • 5 Внешние ссылки
  • 6 Ссылки

Заметные достижения

Химическая биология белков человека

Структурная биология человеческих белков - К до сих пор способствовали более 2000 белковых структурам человеческих белков потенциальной значимости для обнаружения наркотиков в общественное достояние с 2003 года Структуры, которые образуют комплексы с синтетическими малыми молекулами способствовали партнерству с синхротроном Даймонда в Оксфордшир. Программа химических зондов отдает приоритет (членам) семейств белков, которые относительно мало изучены или которые в настоящее время могут иметь отношение к биологии человека и открытию новых лекарств. Эти семейства включают эпигенетическую передачу сигналов, транспорт растворенных веществ, протеостаз белка и фосфорилирование белка. Подход семейства белков поддерживается общедоступными инструментами биоинформатики (ChromoHub, UbiHub), семейным производством и биохимией белка, кристаллографией и определением структуры, биофизикой и клеточной биологией (например, анализами взаимодействия с мишенью). SGC (на данный момент) предоставил ~ 120 химических зондов в общественное достояние за последнее десятилетие, иgt; 25000 образцов этих зондов были распространены среди научного сообщества. Химические зонды соответствуют теперь общепринятым критериям качества, разработанным SGC и его совместной сетью.

  1. Эпигенетические химические зонды, которые вызвали клинический интерес к своим мишеням, включают PFI-1 и JQ1 для семейства BET, UNC0642 для G9a / GLP, UNC1999 для EZH2 / H1, LLY-283 и GSK591 для PRMT5 и OICR-9429 для WDR5. Химический зонд WDR5 был оптимизирован (компанией, не входящей в SGC) для клинической применимости и является предметом инвестиций компании Celgene.
  2. Киназы видели 50 лекарств, одобренных FDA для лечения рака, воспалений и фиброза. Обзор двух с половиной лет назад, недавний препринт и рецензируемая публикация подчеркивают низкий охват киназ как рецензируемыми публикациями, так и трехмерными структурами. За последние 4 года лаборатории во Франкфурте, Северной Каролине и Оксфорде разработали химическое вещество, чтобы помочь биологам изучать недостаточно представленные киназы. В сотрудничестве с фармацевтическими компаниями и академическими кругамибыли совместно разработаны15 химических зондов и версия 1.0 из 187 хемогеномных ингибиторов (также известных как KCGS) для 215 киназ.
  3. Интегральные мембранные белки постоянно прикреплены к клеточной мембране. Семейство включает белки-переносчики растворенных веществ (SLC). SLC в значительной степени не исследованы терапевтически, ~ 30% считаются «осиротевшими», поскольку их субстратная специфичность и биологическая функция неизвестны. В 2019 году государственно-частное партнерство, в которое вошли 13 партнеров, включая SGC, сформировало Консорциум RESOLUTE при финансовой поддержке IMI. Цель RESOLUTE - поощрять исследования SLC.
  4. Target Включение пакета (ТЭП) представляет собой набор реагентов и знания о белка - мишени, направленной на катализируют биохимические и химической разведки, и характеризации белков с генетической связью с ключевыми областями болезней. SGC открыла для общественности целевые номинации.
  5. Программа неограниченного использования целей для развития исследований и открытия лекарств (ULTRA-DD), финансируемая Европейской комиссией по инновационным лекарственным средствам (IMI), направлена ​​на выявление и проверку недостаточно изученных целей в моделях аутоиммунных и воспалительных заболеваний. Клеточные линии, полученные от пациентов, подвергаются скринингу на химические модуляторы (включая химические зонды и хемогеномные соединения) с целью получения фенотипических считываний в контексте заболевания.
  6. Программа « Включение и разблокирование биологии в открытом» (EUbOPEN), финансируемая IMI, направлена ​​на создание хемогеномной библиотеки для ~ 1000 белков, открытие ~ 100 высококачественных химических зондов, создание инфраструктуры для характеристики этих соединений, распространение надежных протоколов для первичные анализы на основе клеток пациента, одновременно создавая инфраструктуру для инициирования глобальных усилий по изучению всего генома, подверженного воздействию наркотиков.

Белки нечеловеческого происхождения

Коалиция по открытию лекарств, управляемая структурой (SDDC), включает Сиэтлский центр структурной геномики инфекционных заболеваний (SSGCID), Среднезападный центр структурной геномики, Центр структурной геномики инфекционных заболеваний (CSGID), а также группы разработчиков лекарств из академических кругов и промышленности. позволил выявить 7 первых лекарств от туберкулеза (ТБ), малярии и криптоспоридиоза. SDDC получает финансирование от участвующих академических инициатив и Фонда Билла и Мелинды Гейтс.

Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл и Институт инноваций Эшелмана запустили быстроразвивающуюся инициативу по разработке противовирусных препаратов (READDI ™) и Инициативу по прекращению приема лекарств (VIMI ™). REDDI ™ создан по образцу некоммерческой инициативы по исследованию и разработке лекарств «Лекарства от забытых болезней» (DNDi). READDI ™ и VIMI ™ - это некоммерческие открытые научные инициативы, которые сосредоточены на разработке терапевтических средств для всех вирусов, способных к пандемии.

Открытая наука

Открытая наука - ключевой принцип работы. Трест Соглашение подписано до того реагенты совместно с исследователями. Эти реагенты включают клоны кДНК ( Addgene ), химические зонды и трехмерные структуры. К инструментам содействия открытой науке относятся рабочие тетради в лабораторных условиях. Последняя платформа используются для исследования делится на (например) диффузной внутренней мостовой глиоме (DIPG), фибродисплазия, болезнь Хантингтона, болезнь Паркинсона, и Хордом.

Открытое открытие лекарств

Коммерческие дочерние компании M4K Pharma (Лекарства для детей), M4ND Pharma (Лекарства от неврологических заболеваний) и M4ID Pharma (Лекарства от инфекционных заболеваний) не подают патенты и не практикуют открытую науку. Компании M4 полностью принадлежат канадской благотворительной организации Agora Open Science Trust, чьей задачей является обмен научными знаниями и обеспечение доступного доступа ко всем лекарствам. M4K Pharma реализует самую передовую открытую программу открытия лекарств и пользуется финансовой поддержкой Института Онтарио по исследованию рака, Благотворительного фонда по изучению опухолей головного мозга, Лаборатории Чарльза Ривер и Биологии реакций, а также при участии ученых из университетов Макгилла, Северная Каролина, Оксфорд., Пенсильвания и Торонто, а также в больнице Сан-Хуан-де-Деу, больницах Университетской сети здравоохранения, Больнице для больных детей и Институте исследований рака. M4K Pharma разрабатывает селективный ингибитор ALK2 для DIPG, смертельной опухоли головного мозга у детей.

История

Концепция

В 2000 году группа компаний и Wellcome задумали создать консорциум структурной геномики, чтобы сосредоточиться на определении трехмерных структур белков человека. Консорциум должен без ограничений размещать всю структурную информацию и вспомогательные реагенты в открытом доступе. Эти усилия были разработаны, чтобы дополнить другие программы структурной геномики в мире.

Этап I (2004-2007 гг.)

Была запущена научная программа SGC, деятельность которой осуществляется в университетах Оксфорда и Торонто, и с мандатом внести более 350 структур белков человека в общественное достояние. Чтобы соответствовать этим целям, белки должны были быть получены из заранее определенного списка, а белковые структуры должны были соответствовать заранее определенным критериям качества. Качество белковых структур оценивалось и продолжает оцениваться комитетом независимых академических ученых. Майкл Морган был председателем Совета SGC, а научную деятельность возглавляли Шерил Эрроусмит (Торонто) и Майкл Сандстрем (Оксфорд). В середине 2005 года VINNOVA, Фонд Кнута и Алисы Валленберг и Фонд стратегических исследований (SSF) создали шведский исследовательский узел SGC. Экспериментальная деятельность началась в Каролинском институте в Стокгольме под руководством Пэра Нордлунда и Йохана Вайгельта. Вместе три лаборатории SGC внесли в общественное достояние 392 структуры белков человека. Также была начата пилотная программа по структурной биологии белков малярийных паразитов.

Фаза II (2007-2011 гг.)

Новой целью для структур было 650. SGC сосредоточил значительную деятельность в областях убиквитинирования, фосфорилирования белков, малых G-белков и эпигенетики, а также инициировал усилия в области структурной биологии интегральных мембранных белков. На этом этапе SGC определила структуры 665 белков человека из своего целевого списка. При поддержке Wellcome и GSK SGC запустил программу по разработке свободно доступных химических зондов для белков, участвующих в эпигенетической передаче сигналов, которые в то время находились в стадии изучения. Качество каждого химического зонда подвергалось двухуровневой проверке перед их распространением среди общественности. Первый был внутренним, через Комитет совместного управления, в который входили представители каждой организации-члена. Второй был предоставлен группой независимых экспертов, выбранных из академических кругов. Этот уровень контроля направлен на разработку реагентов, поддерживающих воспроизводимые исследования. В конечном итоге это привело к созданию портала по химическим исследованиям. В состав SGC вошли компании Merck, Sharpe and Dohme и Novartis. Уэйн Хендриксон был председателем правления SGC.

Этап III (2011-2015 гг.)

Мандат SGC расширился и включил 200 белков человека, включая 5 интегральных мембранных белков и химические зонды (30). Многие программы химических зондов были предприняты в партнерстве с учеными фармацевтических компаний, которые взяли на себя обязательство внести совместный химический зонд в общественное достояние без каких-либо ограничений. На этапе III SGC вместе с SSGCID (https://www.ssgcid.org/) и CSGID (https://csgid.org/) запустили SDDC. Членство в SGC: AbbVie, Bayer AG, Boehringer Ingelheim, Eli Lilly и Janssen. Из консорциума вышли компании Merck, Sharpe and Dohme и Канадские институты исследований в области здравоохранения. Маркус Грёттер стал председателем правления SGC.

Этап IV (2015-2020 гг.)

Этот этап основан на целях предыдущих этапов, но включает хорошо изученные антитела к человеческим белкам. SGC инициировал согласованные усилия по разработке клеточных анализов, связанных с заболеванием, с использованием (первичных) клеток или тканей пациентов. На этом этапе началась исследовательская деятельность в Университете Гете во Франкфурте, в Университете Макгилла, а также в университетах Кампинаса и Северной Каролины, а также участие в ULTRADD и RESOLUTE в рамках IMI. Членство в SGC: Merck KGaA, Институт инноваций Эшелмана, Merck, Sharpe и Dohme присоединились, а GSK и Eli Lilly ушли. Тецуюки Маруяма стал председателем совета директоров.

Будущее - цель до 2035 года

Target 2035 - это открытое научное движение, целью которого является создание химических и / или биологических инструментов для всего протеома к 2035 году. Запуск в ноябре 2020 года и ежемесячные вебинары по-прежнему бесплатны. В число поддерживаемых в настоящее время проектов входят программа SGC по эпигенетическим химическим зондам, инициатива Национального института здравоохранения по изучению недостаточно изученных киназ, GPCR и ионных каналов,проектIMI RESOLUTE по SLC человека и проект IMI «Включение и разблокирование биологии в открытом доступе» ( EUbOPEN ). Эти команды связаны с глобальной сетью сотрудничества SGC.

Избранные публикации

Хемогеномика, деградация белков

Клеточные анализы, полученные от пациентов

Открытая наука

Воспроизводимость

внешние ссылки

использованная литература

Последняя правка сделана 2023-04-17 01:45:02
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте