Войти
| Разработчик (и) | Суперкомпьютерный центр Сан-Диего |
|---|---|
| Стабильная версия | 1.2 / ноябрь 18, 2008; 11 лет назад (2008-11-18) |
| Операционная система | Кросс-платформенная : Windows, Linux, macOS |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Собственное бесплатное программное обеспечение для академических, некоммерческих |
| Веб-сайт | sirius.sdsc.edu |
Sirius - это система молекулярного моделирования и анализа, разработанная в суперкомпьютерном центре Сан-Диего. Sirius разработан с учетом требований продвинутых пользователей, которые выходят за рамки простого отображения небольших молекул и белков. Sirius поддерживает высококачественную интерактивную трехмерную графику, построение структуры, отображение белка или ДНК первичных последовательностей, доступ к удаленным источникам данных и визуализацию молекулярная динамика траектории. Его можно использовать для научной визуализации и анализа, а также для обучения химии и биологии.
Sirius поддерживает множество приложений с набором функций, в том числе:
Sirius основан на коде молекулярной графики и структурах данных, разработанных как часть набора инструментов Molecular Biology.
Sirius имеет команду интерпретатор строк, который можно использовать для быстрого изменения внешнего вида и ориентации конструкции. Набор команд создан по образцу RasMol, поэтому он полностью совместим с существующими скриптами. Добавленные команды, представленные в Sirius, обеспечивают поддержку для управления несколькими структурами, загруженными одновременно, и обеспечивают более гибкий выбор.
Существующие сценарии RasMol можно импортировать и запускать в Sirius для создания высококачественных представлений закодированных молекулярных сцен. Поскольку RasMol использует систему координат, которая отличается от системы Sirius, внутреннее преобразование выполняется при импорте скриптов RasMol, поэтому любые изменения ориентации отображаются правильно. Однако любые команды, вводимые вручную, выполняются в соответствии с системой координат Сириуса.
Сириус поддерживает несколько предопределенных наборов остатков атомов и цветовых схем, позволяет редактировать сценарии с помощью интерфейса панели команд, а логические операторы и скобки могут использоваться для создания сложных команд выбора.
Sirius содержит полнофункциональный компонент визуализации молекулярной динамики (МД). Он может читать выходные файлы из моделирования AMBER и CHARMM, включая сжатые файлы и файлы AMBER out. RMSD изменения вдоль траектории могут быть рассчитаны с использованием определенных пользователем подмножеств атомов и отображены на интерактивно обновляемом графике. Чтобы уменьшить требования к памяти, большие многофайловые модели могут загружаться в буферизованном режиме. Если моделирование включает изменения в белке кратности, Sirius может быть настроен на отслеживание и повторное вычисление отображаемых признаков вторичной структуры в реальном времени, что обеспечивает удобный способ наблюдения за преобразованиями структуры. Полную траекторию или выбранные кадры можно экспортировать как видео QuickTime или как набор снимков сцены POV-Ray, которые впоследствии можно преобразовать в высококачественный фильм.
Sirius бесплатно распространяется с веб-сайта проекта среди лиц, связанных с академическими и некоммерческими организациями. Установщики собственных настольных приложений доступны для Windows, Linux и macOS. Помимо загрузки, сайт проекта содержит справочную систему Sirius , учебные пособия и скриншоты.
