Последовательность Шайна – Далгарно

редактировать
Рибосомный сайт связывания в прокариотической информационной РНК

Последовательность Шайна – Далгарно (SD) представляет собой сайт связывания рибосомы в бактериальной и архейной информационной РНК, обычно расположены около 8 оснований выше от стартового кодона AUG. Последовательность РНК помогает рекрутировать рибосому в информационную РНК (мРНК), чтобы инициировать синтез белка, выравнивая рибосому с стартовым кодоном. После набора тРНК может добавлять аминокислоты в последовательности, продиктованной кодонами, перемещаясь вниз по течению от сайта начала трансляции.

Последовательность Шайна – Далгарно распространена у бактерий, но реже у архей. Он также присутствует в некоторых транскриптах хлоропластов и митохондрий. Консенсусная последовательность из шести оснований представляет собой AGGAGG ; в Escherichia coli, например, последовательность представляет собой AGGAGGU, тогда как более короткий GAGG доминирует в E. coli вируса Т4 ранние гены.

Последовательность Шайна-Далгарно была предложена австралийскими учеными Джоном Шайном и.

Содержание

  • 1 Распознавание
    • 1.1 Сайты начала трансляции
    • 1.2 Окончание трансляции
  • 2 Последовательность и экспрессия белка
  • 3 См. Также
  • 4 Ссылки
    • 4.1 Дополнительная литература
  • 5 Внешние ссылки

Распознавание

Сайты начала трансляции

Использование метода, разработанного Хантом, Шайном и Далгарно, показало, что нуклеотидный тракт на 3'-конце E.coli 16S рибосомная РНК (рРНК) (то есть конец, с которого начинается трансляция ) является богатой пиримидином и имеет специфическую последовательность Y ACCUCCU UA. Они предположили, что эти рибосомные нуклеотиды распознают комплементарную богатую пуринами последовательность AGGAGGU, которая обнаруживается перед стартовым кодоном AUG в ряде мРНК, обнаруженных в вирусах, поражающих E. coli. Многие исследования подтвердили, что спаривание оснований между последовательностью Шайна – Далгарно в мРНК и 3'-концом 16S рРНК имеет первостепенное значение для инициации трансляции бактериальными рибосомами.

Учитывая комплементарную связь между рРНК и Шайном. –Последовательность Дальгарно в мРНК, было высказано предположение, что последовательность на 3'-конце рРНК определяет способность прокариотической рибосомы транслировать определенный ген в мРНК. Спаривание оснований между 3'-концом рРНК и последовательностью Shine-Dalgarno в мРНК является механизмом, с помощью которого клетка может различать инициаторные AUG и внутренние и / или выходящие за рамки AUG последовательности. Степень спаривания оснований также играет роль в определении скорости инициации в различных кодонах инициатора AUG.

Прерывание трансляции

В 1973 г. Далгарно и Шайн предположили, что у эукариот 3'-конец малой 18S рРНК может играть роль в прекращении синтеза белка. комплементарным спариванием оснований с терминирующими кодонами. Это произошло из их наблюдения, что 3'-концевые последовательности 18S рРНК из клеток Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae и кролика идентичны: GAUCAUUA -3'OH. Сохранение этой последовательности между такими удаленно родственными эукариотами подразумевает, что этот нуклеотидный тракт играет важную роль в клетке. Поскольку эта консервативная последовательность содержала комплемент каждого из трех кодонов терминации эукариот (UAA, UAG и UGA), было предложено играть роль в прекращении синтеза белка у эукариот. Аналогичная роль 3'-конца 16S рРНК в распознавании терминирующих триплетов в E.coli была предложена в 1974 году Шайном и Далгарно на основании взаимосвязей комплементарности между 3'-концевым UUA-OH в 16S рРНК и терминацией E.coli. кодоны. В фаге F1, классе вирусов, инфицирующих бактерии, последовательность, кодирующая первые несколько аминокислот, часто содержит триплеты терминации в двух неиспользуемых рамках считывания. В комментарии к этой статье было отмечено, что комплементарное спаривание оснований с 3'-концом 16S рРНК может служить для прекращения образования пептидной связи после противофазной инициации.

Последовательность и экспрессия белка

Мутации в последовательности Шайна – Далгарно могут уменьшать или увеличивать трансляцию у прокариот. Это изменение связано с уменьшением или повышением эффективности спаривания мРНК-рибосома, о чем свидетельствует тот факт, что компенсаторные мутации в 3'-концевой последовательности 16S рРНК могут восстанавливать трансляцию.

См. Также

Ссылки

Дополнительная литература

  • Воет Д. и Воет Дж. (2004). Биохимия (3-е изд.). John Wiley and Sons Inc., стр. 1321–1322 и 1342–1343.
  • Hale WG, Marham JP, Saunders VA eds (1995) Словарь биологии Коллинза, (2-е изд) Последовательность Шайна-Далгарно (SD). p 565.
  • Левин, Б. (1994) Genes V. Oxford University Press. стр 179, 269.
  • Альбертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рафф М., Робертс К., Уотсон Дж. Д. (1994) Молекулярная биология клетки (3-е изд.) стр. 237, 461.
  • Малис Н., Маккарти Дж. Э. (2011). «Инициирование перевода: можно ожидать вариаций в механизме». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 68 (6): 991–1003. doi : 10.1007 / s00018-010-0588-z. PMID 21076851.
  • Чичек Мустафа, Мутлу Озал, Эрдемир Айсегуль, Озкан Эбру, Сарикай Юнус, Тургут-Балик Дилек (2013). «Единичная мутация в последовательности, подобной шайну-Далгарно, присутствующей в амино-терминале лактатдегидрогеназы плазмодия, влияет на продукцию эукариотического белка, экспрессируемого в прокариотической системе». Молекулярная биотехнология. 54 (2): 602–608. doi : 10.1007 / s12033-012-9602-z. PMID 23011788. CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка )

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-08 05:36:29
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте