Последовательность Шайна – Далгарно (SD) представляет собой сайт связывания рибосомы в бактериальной и архейной информационной РНК, обычно расположены около 8 оснований выше от стартового кодона AUG. Последовательность РНК помогает рекрутировать рибосому в информационную РНК (мРНК), чтобы инициировать синтез белка, выравнивая рибосому с стартовым кодоном. После набора тРНК может добавлять аминокислоты в последовательности, продиктованной кодонами, перемещаясь вниз по течению от сайта начала трансляции.
Последовательность Шайна – Далгарно распространена у бактерий, но реже у архей. Он также присутствует в некоторых транскриптах хлоропластов и митохондрий. Консенсусная последовательность из шести оснований представляет собой AGGAGG ; в Escherichia coli, например, последовательность представляет собой AGGAGGU, тогда как более короткий GAGG доминирует в E. coli вируса Т4 ранние гены.
Последовательность Шайна-Далгарно была предложена австралийскими учеными Джоном Шайном и.
Использование метода, разработанного Хантом, Шайном и Далгарно, показало, что нуклеотидный тракт на 3'-конце E.coli 16S рибосомная РНК (рРНК) (то есть конец, с которого начинается трансляция ) является богатой пиримидином и имеет специфическую последовательность Y ACCUCCU UA. Они предположили, что эти рибосомные нуклеотиды распознают комплементарную богатую пуринами последовательность AGGAGGU, которая обнаруживается перед стартовым кодоном AUG в ряде мРНК, обнаруженных в вирусах, поражающих E. coli. Многие исследования подтвердили, что спаривание оснований между последовательностью Шайна – Далгарно в мРНК и 3'-концом 16S рРНК имеет первостепенное значение для инициации трансляции бактериальными рибосомами.
Учитывая комплементарную связь между рРНК и Шайном. –Последовательность Дальгарно в мРНК, было высказано предположение, что последовательность на 3'-конце рРНК определяет способность прокариотической рибосомы транслировать определенный ген в мРНК. Спаривание оснований между 3'-концом рРНК и последовательностью Shine-Dalgarno в мРНК является механизмом, с помощью которого клетка может различать инициаторные AUG и внутренние и / или выходящие за рамки AUG последовательности. Степень спаривания оснований также играет роль в определении скорости инициации в различных кодонах инициатора AUG.
В 1973 г. Далгарно и Шайн предположили, что у эукариот 3'-конец малой 18S рРНК может играть роль в прекращении синтеза белка. комплементарным спариванием оснований с терминирующими кодонами. Это произошло из их наблюдения, что 3'-концевые последовательности 18S рРНК из клеток Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae и кролика идентичны: GAUCAUUA -3'OH. Сохранение этой последовательности между такими удаленно родственными эукариотами подразумевает, что этот нуклеотидный тракт играет важную роль в клетке. Поскольку эта консервативная последовательность содержала комплемент каждого из трех кодонов терминации эукариот (UAA, UAG и UGA), было предложено играть роль в прекращении синтеза белка у эукариот. Аналогичная роль 3'-конца 16S рРНК в распознавании терминирующих триплетов в E.coli была предложена в 1974 году Шайном и Далгарно на основании взаимосвязей комплементарности между 3'-концевым UUA-OH в 16S рРНК и терминацией E.coli. кодоны. В фаге F1, классе вирусов, инфицирующих бактерии, последовательность, кодирующая первые несколько аминокислот, часто содержит триплеты терминации в двух неиспользуемых рамках считывания. В комментарии к этой статье было отмечено, что комплементарное спаривание оснований с 3'-концом 16S рРНК может служить для прекращения образования пептидной связи после противофазной инициации.
Мутации в последовательности Шайна – Далгарно могут уменьшать или увеличивать трансляцию у прокариот. Это изменение связано с уменьшением или повышением эффективности спаривания мРНК-рибосома, о чем свидетельствует тот факт, что компенсаторные мутации в 3'-концевой последовательности 16S рРНК могут восстанавливать трансляцию.