Производство семян и разнообразие генов

Генетический разнообразие часто является важным фактором, например, при выращивании лесных культур.

Групповое происхождение популяции

Рассмотрите генофонд семенного сада культуры или другого источника семян от родителей. Генофонд велик, поскольку в семенной культуре много семян, поэтому нет генетического дрейфа. Вероятность того, что первый ген происходит от генотипа i в семенном саду, равна p i, а вероятность того, что второй происходит от генотипа j, равна p j. Вероятность того, что эти два гена происходят от генотипов фруктовых садов i и j, идентичны по происхождению (IBD), составляет θ ij. Это метод родства Малеко (или «коэффициент родства»; «коэффициент родства» - аналогичный показатель, который можно вычислить) между генотипами i и j. Вероятность того, что любая пара генов является IBD, Θ, может быть найдена путем сложения всех возможных пар генов от N родителей. Формула для групповой coancestry (на основе которой можно получить разнообразие генов) семенных садовых культур.

Θ=$\sum \; i\; =\; 1\; N\; \sum \; j\; =\; 1\; N\; \{\backslash \; displaystyle\; \backslash \; sum\; \_\; \{i\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\; \backslash \; sum\; \_\; \{j\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\}$pipjθij.. Групповую коанцестрию семенного сада можно разделить на два термина: один для самоконсестрии, а другой - для кросс-коанцестрии.

Θ=$\sum \; я\; знак\; равно\; 1\; N\; \{\backslash \; Displaystyle\; \backslash \; сумма\; \_\; \{я\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\}$pi(1 + F я) / 2 + $\sum \; я\; =\; 1\; N\; \{\backslash \; displaystyle\; \backslash \; sum\; \_\; \{i\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\}$$\sum \; j\; =\; 1\; N\; \{\backslash \; displaystyle\; \backslash \; sum\; \_\; \{j\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\}$pipjθij, последнее суммирование, исключая j = я.

Рассмотрим простой случай. Если генотипы семенного сада не связаны между собой, второй член равен нулю, если инбридинга нет, первый член становится простым. При отсутствии родства и инбридинга номер статуса (N S, эффективное количество родителей) становится

NS= 1 / $\sum \; i\; =\; 1\; N\; \{\backslash \; displaystyle\; \backslash \; sum\; \_\; \{i\; =\; 1\}\; ^\; \{N\}\}$pi

Подобные, но менее развитые выражения использовались много раз раньше, они имеют сходство с концепцией эффективного размера совокупности, определенной в.

Ссылки