Округ Санта-Ана был одним из семи первоначальных участников, созданных в Нью-Мексико в рамках мексиканское правило. Под властью США он стал территориальным округом США с 1852 по 1876 год, когда был поглощен округом Берналилло. Сегодня он не существует как административная единица. Первоначальный административный центр округа Санта-Ана - это то, что сейчас является Форт-Дефайенс, Аризона. Округ был назван в честь Пуэбло Санта-Ана.
Территория, ограниченная первоначальным округом Санта-Ана, находилась в судебном округе № 1 с 1847 по 1863 год, затем в округе JD 2 до 1876 года, когда он был поглощен округом Берналилло.