Орогенез Сан-Рафаэля был орогенез, затронувший часть западной Аргентины и Чили в позднем палеозое. Получающийся орогенный пояс имеет криволинейную форму СЗ-СЗЗ. Орогенез Сан-Рафаэля мог быть связан примерно с современным гондванидским орогенезом восточной Аргентины. Части отложений группы Choiyoi Group были деформированы орогенией Сан-Рафаэль. В течение неогена древние разломы, связанные с орогенией Сан-Рафаэль, обусловили геометрию блоков, затронутых андской орогенезой.
Некоторые из плутонов Эльки. -Limarí Batholith были положены в контекст утолщения земной коры, производного орогении Сан-Рафаэля.
.