Ассоциация морских национальных парков Сан-Франциско была основана в 1950 году как Ассоциация морских музеев Сан-Франциско для управления тогда еще независимым Морским музеем. В 1978 году Морской музей был передан Службе национальных парков, и теперь он составляет ядро Морского национального исторического парка Сан-Франциско.
. Сегодня ассоциация поддерживает Национальный исторический парк. Он также сохраняет и управляет, независимо от Национального исторического парка, подводной лодкой времен Второй мировой войны USS Pampanito, пришвартованной у пирса 45 в Рыбацкой пристани Сан-Франциско площадь.
.