Домен SH3 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ленточная диаграмма домена SH3, альфа-спектрин, от цыпленок (код доступа PDB 1SHG), цвет от синего (N-конец) до красного (C-конец). | |||||||||
Идентификаторы | |||||||||
Символ | SH3_1 | ||||||||
Pfam | PF00018 | ||||||||
Pfam clan | CL0010 | ||||||||
InterPro | IPR001452 | ||||||||
SMART | SM00326 | ||||||||
PROSITE | PS50002 | ||||||||
SCOPe | 1shf / SUPFAM | ||||||||
CDD | cd00174 | ||||||||
|
Гомология 3 домена SRC (или домен SH3 ) представляет собой небольшой белковый домен примерно из 60 аминокислот кислотные остатки. Первоначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адапторном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src. Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: PI3-киназа, Ras белок, активирующий GTPase и cdc25. Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет, белок Ras, киназу Src и многие другие. Белки SH3 взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. Взаимодействуя с тирозинкиназами, белки SH3 обычно связываются далеко от активного сайта. Приблизительно 300 SH3 доменов обнаружены в белках, кодируемых в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль межбелковых взаимодействий в путях передачи сигнала и регулирование взаимодействий белков, участвующих в передаче сигналов в цитоплазме.
Домен SH3 имеет характерная складка бета-ствола, которая состоит из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов. Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка SH3-типа - это древняя складка, обнаруженная как у эукариот, так и у прокариот.
Классический домен SH3 обычно находится в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковые комплексы, обычно через связывание с богатыми пролином пептидами в их соответствующих партнерах по связыванию. Классические домены SH3 ограничены у человека внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков MIA человека также содержит домен с SH3-подобной складкой.
Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность, которая может быть представлена как регулярное выражение или Короткий линейный мотив :
-XPpXP- 1 2 3 4 5
, где 1 и 4 являются алифатическими аминокислотами, 2 и 5 всегда и 3 иногда представляют собой пролин. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом R-x-x-K. Примерами являются С-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. Д.). Появились и другие связывающие SH3 мотивы, которые все еще появляются в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.
Опосредованные доменом SH3 сети взаимодействия белок-белок, то есть SH3-интерактомы, показали, что SH3-интерактом червя напоминает аналогичную дрожжевую сеть, поскольку он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе. Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно изменяются между червем и дрожжами.