Домен SH3

редактировать
Малый домен белка, обнаруженный в некоторых киназах и GTPases
Домен SH3
1shg SH3 domain.png Ленточная диаграмма домена SH3, альфа-спектрин, от цыпленок (код доступа PDB 1SHG), цвет от синего (N-конец) до красного (C-конец).
Идентификаторы
СимволSH3_1
Pfam PF00018
Pfam clanCL0010
InterPro IPR001452
SMART SM00326
PROSITE PS50002
SCOPe 1shf / SUPFAM
CDD cd00174

Гомология 3 домена SRC (или домен SH3 ) представляет собой небольшой белковый домен примерно из 60 аминокислот кислотные остатки. Первоначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адапторном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src. Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: PI3-киназа, Ras белок, активирующий GTPase и cdc25. Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет, белок Ras, киназу Src и многие другие. Белки SH3 взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. Взаимодействуя с тирозинкиназами, белки SH3 обычно связываются далеко от активного сайта. Приблизительно 300 SH3 доменов обнаружены в белках, кодируемых в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль межбелковых взаимодействий в путях передачи сигнала и регулирование взаимодействий белков, участвующих в передаче сигналов в цитоплазме.

Содержание

  • 1 Структура
  • 2 Связывание пептидов
  • 3 взаимодействия SH3
  • 4 Белки с доменом SH3
  • 5 См. Также
  • 6 Ссылки
  • 7 Внешние ссылки

Структура

Домен SH3 имеет характерная складка бета-ствола, которая состоит из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов. Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка SH3-типа - это древняя складка, обнаруженная как у эукариот, так и у прокариот.

Связывание пептидов

Классический домен SH3 обычно находится в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковые комплексы, обычно через связывание с богатыми пролином пептидами в их соответствующих партнерах по связыванию. Классические домены SH3 ограничены у человека внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков MIA человека также содержит домен с SH3-подобной складкой.

Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность, которая может быть представлена ​​как регулярное выражение или Короткий линейный мотив :

-XPpXP- 1 2 3 4 5

, где 1 и 4 являются алифатическими аминокислотами, 2 и 5 всегда и 3 иногда представляют собой пролин. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом R-x-x-K. Примерами являются С-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. Д.). Появились и другие связывающие SH3 мотивы, которые все еще появляются в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.

SH3-интерактомы

Опосредованные доменом SH3 сети взаимодействия белок-белок, то есть SH3-интерактомы, показали, что SH3-интерактом червя напоминает аналогичную дрожжевую сеть, поскольку он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе. Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно изменяются между червем и дрожжами.

Белки с доменом SH3

См. Также

Ссылки

  1. ^Pawson T, Schlessingert J (июль 1993). «Домены SH2 и SH3». Текущая биология. 3 (7): 434–42. DOI : 10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-W. PMID 15335710. S2CID 53273571.
  2. ^Майер Б.Дж. (апрель 2001 г.). «Домены SH3: сложность в умеренности». Журнал клеточной науки. 114 (Pt 7): 1253–63. PMID 11256992.
  3. ^Musacchio A, Gibson T., Lehto VP, Saraste M (июль 1992 г.). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции». Письма FEBS. 307 (1): 55–61. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-R. PMID 1639195. S2CID 8564342.
  4. ^Майер Б.Дж., Балтимор, Д. (январь 1993 г.). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии. 3 (1): 8–13. DOI : 10.1016 / 0962-8924 (93) 90194-6. PMID 14731533.
  5. ^Поусон Т. (февраль 1995 г.). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа. 373 (6515): 573–80. doi : 10.1038 / 373573a0. PMID 7531822. S2CID 4324726.
  6. ^Шлессингер Дж. (Февраль 1994 г.). «Сигнальные белки SH2 / SH3». Текущее мнение в области генетики и развития. 4 (1): 25–30. DOI : 10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6. PMID 8193536.
  7. ^Кох, Калифорния, Андерсон Д., Моран М.Ф., Эллис С., Поусон Т. (май 1991 г.). «Домены SH2 и SH3: элементы, которые контролируют взаимодействия цитоплазматических сигнальных белков». Наука. 252 (5006): 668–74. doi : 10.1126 / science.1708916. PMID 1708916.
  8. ^Whisstock JC, Lesk AM (апрель 1999 г.). «Домены SH3 в прокариотах». Направления биохимических наук. 24 (4): 132–3. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3. PMID 10322416.
  9. ^ Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Вс, Линь; Го, Айлань; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01.01.2013). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой». Молекулярная системная биология. 9 : 652. doi : 10.1038 / msb.2013.9. ISSN 1744-4292. PMC 3658277. PMID 23549480.
  10. ^Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П.; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01.10.2009). «Байесовское моделирование интерактома дрожжевого домена SH3 предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза». PLOS Биология. 7 (10): e1000218. doi : 10.1371 / journal.pbio.1000218. ISSN 1545-7885. PMC 2756588. PMID 19841731.

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-06 03:19:30
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте