A Редко-режущий фермент представляет собой рестрикционный фермент с последовательностью распознавания, что редко встречается в геноме. Примером является NotI, который разрезает после первого GC последовательности 5'-GCGGCCGC-3 '; рестрикционные ферменты с последовательностями распознавания из семи и восьми пар оснований часто также называют ферментами с редкой резкой (гораздо чаще встречаются последовательности распознавания из шести пар оснований).
Например, ферменты с редкими разрезами с сайтами узнавания 7 нуклеотидов разрезают каждые 4 п.н. (16 384 п.н.), а ферменты с 8-ми нуклеотидными сайтами узнавания разрезают каждые 4 п.н. (65 536 п.н.) соответственно. Они используются в картировании сверху вниз, чтобы разрезать хромосому на куски в среднем такого размера.
.