Протестантизм в Пуэрто-Рико официально появился в 1872 г. когда на острове была основана первая протестантская церковь в англиканской традиции. До того, как острова Пуэрто-Рико перешли под суверенитет Соединенных Штатов в 1898 г., протестантизм был подавлен римско-католическим правлением Испании.
В Монтанье, Агуадилья, группа под названием «Los Bíblicos» тайно встретилась под руководством Антонио Бадильо. Многие вольнодумцы и протестанты принадлежали к масонским ложам, как и многие представители старшего поколения. В 1872 году первая протестантская церковь была основана в Пуэрто-Рико, когда епископ Уильям Валронд Джексон из англиканской епархии Антигуа предусмотрел создание англиканской церкви Святой Троицы. в Понсе, за которым несколько лет спустя последовала Англиканская церковь Всех Святых на Вьекес.
Вскоре после смены суверенитета Соединенные Штаты протестантская деноминации согласились разделить остров, чтобы облегчить миссионерское проникновение. Две существующие англиканские церкви в Понсе и Вьекесе послужили основой для новой епархии Епископальной церкви Соединенных Штатов, в которой с тех пор было семь епархиальных епископов. пресвитериане, методисты, баптисты, конгрегационалисты и ученики Христа начали миссионерскую работу. Хотя президент назначил губернаторов, эти конфессии оказали влияние на политику правительства. После 1940-х это изменилось; тем не менее, протестантизм продолжал расти, особенно пятидесятничество, которое распространялось в основном среди бедных и сельских жителей.
Протестанты основали образовательные и медицинские учреждения. Пресвитериане основали в 1912 г. Межамериканский университет с 11 кампусами и 40 000 студентов и основали в 1904 г. пресвитерианскую больницу Эшфорда в Сан-Хуане. Адвентисты седьмого дня основали адвентистский университет в 1961 году и больницу Белла Виста в 1954 году около Маягуэз. В 1907 году Епископальная церковь основала больницу Святого Луки в Понсе, которая сегодня является центром многопрофильной организации здравоохранения. Межконфессиональная семинария Seminario Evangélico de Puerto Rico была основана в 1919 году. Существует Совет церквей, основанный сотрудничающими деноминациями первоначального общинного соглашения.
В 1940 году Хуанита Гарсиа Пераса и ее последователи основали конгрегацию «Мита», единственную протестантскую религию пуэрториканского происхождения.
Оценки протестантского населения сильно разнятся. По оценке CIA World Factbook, 85% населения составляют католики, а остальные 15% - протестанты и представители других религий. Опросник Пабло Рамос заявил в 1998 году, что население составляло 38% католиков, 28% пятидесятников и 18% были членами независимых церквей, что даст протестантский процент 46%, если объединить последние два населения.. Протестанты вместе составили почти два миллиона человек. «Вывод состоит в том, что Пуэрто-Рико больше не является преимущественно католическим».
Другой исследователь дал более консервативную оценку доли протестантов: «Пуэрто-Рико, в силу своей давней политической ассоциации с Соединенными Штатами, является самая протестантская из латиноамериканских стран с протестантским населением приблизительно от 33 до 38 процентов, большинство из которых являются пятидесятниками. Дэвид Столл подсчитал, что если мы экстраполируем темпы роста евангелических церквей с 1960 по 1985 год на следующие 25 лет Пуэрто Рико станет евангелистом на 75 процентов ". Гватемала и Гондурас имеют схожие пропорции протестантов, причем Гватемала, вероятно, самая высокая.