Протестанты в Нигерии составляют около 37,7% населения, или около 60 миллионов человек. Христианство в районе Йоруба традиционно было протестантским и англиканским. С политической независимостью пришли африканские священники в протестантских вероисповеданиях, хотя ритуалы и формы поклонения были строго такими же, как и на родине первоначальных миссионеров. По консервативным оценкам Нигерийская баптистская конвенция насчитывает три миллиона крещеных верующих и более шести миллионов поклонников. Сотни людей в северной и центральной Нигерии погибли в последние годы в результате насилия между христианскими и мусульманскими общинами. С момента введения законов шариата в 12 северных штатах насилие между мусульманами и христианами на севере увеличилось. Шариат применяется только к мусульманам в законе. Пресвитерианская церковь Нигерии насчитывает более 3,8 миллионов членов по всей стране, а также проповедует в соседних странах. Евангелическая церковь Западной Африки (ECWA) - одна из крупнейших неправительственных организаций в Нигерии, охватывающая около пяти миллионов человек. Основан в 1954 году. В его составе более 110 клиник.