Войти
PRIDE (база данных PRoteomics IDEntifications) - это общедоступное хранилище данных масс-спектрометрии (MS) на основе протеомики и поддерживается Европейским институтом биоинформатики как часть группы по протеомике.
Первоначально разработан Леннартом Мартенсом в 2003 году во время пребывания в Европейский институт биоинформатики в качестве стипендиата Марии Кюри из Европейской комиссии в программе «Качество жизни» (номер контракта: QLRI-1999-50595), PRIDE был основан как производственная услуга в 2005 году. Оригинальный документ заявки на грант от июня 2013 года для начала строительства PRIDE был с тех пор опубликован в статье о точке зрения. Было создано несколько аналогичных протеомных баз данных, в том числе GPMDB, PeptideAtlas, Proteinpedia и NCBI Peptidome.
База данных PRIDE представляет собой репозиторий структурированных данных и хранит исходные экспериментальные данные исследователей без редакционного контроля за предоставленными данными.
В общей сложности PRIDE содержит данные примерно по 60 видам, большая часть которых получена из образцов человека (включая данные из двух черновых протеомов человека), за которыми следуют плодовая муха Drosophila melanogaster и мышь.
Поскольку подробные данные протеомики в настоящее время не могут быть выделены из существующей литературы, источником данных PRIDE являются исключительно материалы, предоставленные академическими исследователями.
PRIDE - это общедоступный репозиторий, соответствующий стандартам, что означает, что его собственный формат обмена данными на основе XML для представлений, PRIDE XML, был построен на основе Proteomics Standards Initiative стандарта mzData для масс-спектрометрии. Недавно PRIDE был адаптирован для работы с современными стандартами mzML и mzIdentML Proteomics Standards Initiative. Дополнительный формат, получивший название mzTab, может использоваться в качестве упрощенного способа представления количественных протеомических данных.
Поскольку в настоящее время на рынке представлено множество различных инструментов масс-спектрометрии и форматов программного обеспечения, ученые лаборатории влажных лабораторий без у сильных специалистов в области биоинформатики или информатики возникли проблемы с преобразованием своих данных в PRIDE XML. Разработка PRIDE Converter помогла решить эту проблему. PRIDE Converter - это инструмент, написанный на языке программирования Java, который преобразует 15 различных форматов входных данных масс-спектрометрии в PRIDE XML с помощью графического интерфейса пользователя, подобного мастеру. Он находится в свободном доступе и имеет открытый исходный код под разрешающей лицензией Apache. Новая версия PRIDE Converter была выпущена в 2012 году как PRIDE Converter 2. Эта новая версия представляет собой полностью переработанную версию, ориентированную на легкую адаптацию к различным (и развивающимся) источникам данных.
В настоящее время данные можно запрашивать из PRIDE через веб-интерфейс PRIDE, через автономный Java-клиент PRIDE Inspector или напрямую связывать их с несколькими поисковыми системами. через PeptideShaker. Более того, новый RESTful API обеспечивает удобный программный доступ к архиву PRIDE.
Широкое использование контролируемых словарей (CV) и онтологий для гибкой, но контекстно-зависимой аннотации данных, а также возможность выполнять интеллектуальные запросы этими аннотациями являются ключевыми особенностями PRIDE.
Консорциум ProteomeXchange был создан для обеспечения скоординированного представления данных протеомики MS в основные существующие репозитории протеомики, а также поощрять оптимальное распространение данных. Консорциум содержит несколько баз данных участников, включая PRIDE и PeptideAtlas. Самая ранняя концепция ProteomeXchange проистекает из встречи на конференции HUPO 2005 в Мюнхене, где основные репозитории протеомических данных в то время в принципе согласились обмениваться своими данными и, таким образом, предоставлять пользователю средства для поиска общедоступных протеомических данных в любом из участвующие базы данных. Из-за быстрого развития области и необходимости сначала разработать подходящие стандарты для обмена данными, после этой встречи потребовалось почти десять лет, чтобы фактически внедрить эту систему, усилия, которые были профинансированы грантом Координационного действия ProteomeXchange Седьмая рамочная программа Европейской комиссии.
База данных NCBI Peptidome была прекращена в 2011 году, но совместные усилия команд PRIDE и Peptidome привели к передаче всех Данные по пептидомам в PRIDE.
