Белковая метка - это пептидные последовательности, генетически привитые к рекомбинантному белку. Часто эти метки можно удалить с помощью химических агентов или ферментативных средств, таких как протеолиз или сплайсинг интеина. Теги прикрепляются к белкам для различных целей.
Аффинные теги добавляются к белкам, чтобы их можно было очистить от их сырого биологического источника с использованием метода аффинности. К ним относятся хитинсвязывающий белок (CBP), мальтозосвязывающий белок (MBP), Strep-tag и глутатион-S-трансфераза (GST). Тег poly (His) - широко используемый тег белка, который связывается с металлическими матрицами.
Теги солюбилизации используются, особенно для рекомбинантных белков, экспрессируемых у видов с дефицитом шаперона, таких как E. coli, чтобы помочь в правильном сворачивании белков и предотвратить их осаждение. К ним относятся тиоредоксин (TRX) и поли (NANP). Некоторые аффинные теги играют двойную роль в качестве солюбилизирующего агента, например MBP и GST.
Хроматографические метки используются для изменения хроматографических свойств белка, чтобы обеспечить различное разрешение в зависимости от конкретной методики разделения. Часто они состоят из полианионных аминокислот, таких как FLAG-tag.
Эпитоп, теги представляют собой короткие пептидные последовательности, которые выбраны потому, что высокоаффинные антитела можно надежно продуцировать во многих различных виды. Обычно они происходят из вирусных генов, что объясняет их высокую иммунореактивность. Теги эпитопа включают ALFA-tag, Myc-tag, HA-tag, Spot-tag и NE-tag. Эти теги особенно полезны для экспериментов по вестерн-блоттингу, иммунофлуоресценции и иммунопреципитации, хотя они также находят применение при очистке антител.
Флуоресцентные метки используются для визуального считывания белков. GFP и его варианты являются наиболее часто используемыми флуоресцентными метками. Более продвинутые применения GFP включают его использование в качестве складывающего репортера (флуоресцентный, если свернутый, бесцветный, если нет).
Белковые метки могут допускать специфическую ферментативную модификацию (например, биотинилирование биотинлигазой) или химическую модификацию (например, реакцию с FlAsH-EDT2 для визуализации флуоресценции). Часто теги объединяются, чтобы соединить белки с множеством других компонентов. Однако с добавлением каждой метки возникает риск того, что нативная функция белка может быть нарушена или нарушена взаимодействиями с меткой. Поэтому после очистки метки иногда удаляют путем специфического протеолиза (например, протеазой TEV, тромбином, фактором Ха или энтеропептидазой ).
Содержание
- 1 Список белковых тегов
- 1.1 Пептидные теги
- 1.2 Ковалентные пептидные теги
- 1.3 Белковые теги
- 1.4 Другое
- 2 Приложения
- 3 Ссылки
Список протеиновых меток
(См. Протеиногенная аминокислота # Химические свойства для аминокислотных кодов AZ)
Пептидные метки
- ALFA-tag, созданный de novo спиральная пептидная метка (SRLEEELRRRLTE) для биохимических и микроскопических приложений. Тег распознается репертуаром однодоменных антител
- AviTag, пептида, позволяющего биотинилирование ферментом BirA, и поэтому белок может быть выделен с помощью стрептавидина ( GLNDIFEAQKIEWHE)
- C-tag, пептид, который связывается с однодоменным антителом верблюжьей лиды, вырабатываемым посредством фагового дисплея (EPEA)
- , пептида, связанного с белком кальмодулином (KRRWKKNFIAVSAANRFKKISSSGAL)
- полиглутаматная метка, пептид, эффективно связывающийся с анионообменной смолой, такой как Mono-Q (EEEEEE)
- полиаргининовая метка, пептид, эффективно связывающийся с катионообменной смолой (от 5 9 последовательных R)
- E-tag, пептид, распознаваемый антителом (GAPVPYPDPLEPR)
- FLAG-tag, пептид, распознаваемый антителом (DYKDDDDK)
- HA-tag, пептид из гемагглютинина, распознаваемый антителом (YPYDVPDYA)
- His-tag, 5-10 гистидинов, связанных хелатом никеля или кобальта (HHHHHH)
- Myc-tag, пептид, полученный из c- myc, распознаваемый антиb ody (EQKLISEEDL)
- NE-tag, синтетический пептид из 18 аминокислот (TKENPRSNQEESYDDNES), распознаваемый моноклональным антителом IgG1, который используется в широком спектре применений, включая вестерн-блоттинг, ELISA, проточную цитометрию, иммуноцитохимия, иммунопреципитация и аффинная очистка рекомбинантных белков
- Rho1D4-tag относится к последним 9 аминокислотам внутриклеточного С-конца бычьего родопсина (TETSQVAPA). Это очень специфическая метка, которую можно использовать для очистки мембранных белков.
- S-tag, пептида, полученного из рибонуклеазы A (KETAAAKFERQHMDS)
- SBP-tag, пептида, который связывается со стрептавидином (MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP)
- , для экспрессии в млекопитающих (SLAELLNAGLGGS)
- , для прокариотической экспрессии (TQDPSRVG)
- Пятно-метка a) для иммунопреципитации, аффинной очистки, иммунофлуоресценции и микроскопии сверхвысокого разрешения
- Strep-tag, пептид, который связывается со стрептавидином или модифицированным стрептавидином, называемым стрептактином (Strep-tag II: WSHPQFEK)
- , эпитопная метка, полученная из главного капсидного белка Т7 гена Т7 (MASMTGGQQMG). Используется в различных иммуноанализах, а также в аффинной очистке В основном используется
- тег TC, тетрацистеиновый тег, который распознается биомышьяковыми соединениями FlAsH и ReAsH (CCPGCC)
- (EVHTNQDPLD)
- , пептид, распознаваемый антителом (GKPIPNPLLGLDST)
- VSV-tag, пептид, распознаваемый антителом (YTDIEMNRLGK)
- (DLYDDDDK)
Ковалентные пептидные метки
- Изопептаг, пептид, ковалентно связывающийся с белком пилин-C (TDKDMTITFTNKKDAE)
- SpyTag, пептид, ковалентно связывающийся с белком SpyCatcher (AHIVMVDAYKPTK)
- , пептид, ковалентно связывающийся с белком SnoopCatcher (KLGDIEFIKVNK). Второе поколение, SnoopTagJr, также было разработано для связывания либо с SnoopCatcher, либо с DogTag (опосредованным SnoopLigase) (KLGSIEFIKVNK)
- DogTag, пептидом, который ковалентно связывается с SnoopTagJr, опосредованным SnoopLigase (DIPATYEFTEP27KHP). 88>SdyTag, пептид, ковалентно связывающийся с белком SdyCatcher (DPIVMIDNDKPIT). SdyTag / SdyCatcher обладает кинетически-зависимой перекрестной реактивностью с SpyTag / SpyCatcher.
Белковые метки
- BCCP (биотин-карбоксильный несущий белок), белковый домен, биотинилированный BirA, позволяющий распознавать стрептавидин
- Глутатион- S-трансфераза -tag, белок, который связывается с иммобилизованным глутатионом
- Green fluorescent protein -tag, белком, который спонтанно флуоресцирует и может связываться с нанотелами
- HaloTag, мутировавшим бактериальная галоалкандегалогеназа, которая ковалентно присоединяется к галогеналкану субстратам
- SNAP-tag, мутантной эукариотической ДНК-метилтрансферазе, которая ковалентно присоединяется к бензилгуанину производные
- CLIP-tag, мутированная эукариотическая ДНК-метилтрансфераза, которая ковалентно присоединяется к производным
- HUH-tag, специфичному для последовательности одноцепочечному ДНК-связывающему белку который ковалентно связывается со своей последовательностью-мишенью
- Мальтозосвязывающий белок -tag, белок, который связывается с амилозной агарозой
- Тиоредоксин -tag
- Fc -tag, полученный из домена Fc иммуноглобулина, допускает димеризацию и солюбилизацию. Может использоваться для очистки на протеин-сефарозе
- Разработанные внутренне неупорядоченные метки, содержащие аминокислоты, вызывающие нарушение (P, E, S, T, A, Q, G,...)
- - tag, белок, который связывается с лактозной агарозой или сефарозой
Другое
Применения
Ссылки
