Войти
| Семейство белок-подобных белков | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Три прокариотических убиквитин-подобных белка (синие), связанные с протеасомной АТФазой Mpa (красный | |||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||
| Символ | Pup / Mpa | ||||||||||
| Pfam | PF05639 | ||||||||||
| InterPro | IPR008515 | ||||||||||
| |||||||||||
Прокариотический убиквитин- Подобный протеину (Pup) является функциональным аналогом убиквитина, обнаруженного в прокариоте Mycobacterium tuberculosis. Как и убиквитин, он служит для направления белков в протеасому для деградации. Однако энзимология убиквитилирования и пупилата ion отличается из-за их различного эволюционного происхождения. В отличие от трехэтапной реакции убиквитилирования, пупилирование требует только двух стадий, и, таким образом, только два фермента участвуют в пупилировании. Ферменты, участвующие в пупилировании, происходят от глутамин синтетазы.
. Подобно убиквитину, Pup присоединяется к конкретным лизиновым остаткам субстратных белков с помощью изопептидных связей ; это называется пупилированием . Затем он распознается протеасомной протеасомной АТФазой Mycobacterium (Mpa) в механизме, который индуцирует сворачивание Pup. Mpa доставляет белок-субстрат к протеасоме для деградации путем сочетания гидролиза АТФ.
Открытие Pup указывает на то, что, как и эукариоты, бактерии могут использовать модификатор малых белков для контроля стабильности белка.
Ген Pup кодирует 64-аминокислотный белок с молекулярным размером 6,944 кДа : MAQEQTKRGGGGGDDDDIAGSTAAGQERREKLTEETDDLLDEIDDVLEENAEDFVRAYVQKGGQin
по сути
неупорядоченный белок. В 2010 году ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории определили рентгеновскую кристаллическую структуру комплекса между Pup и его ферментом доставки Mpa 3M9D и обнаружили, что связывание Pup с Mpa вызывает сворачивание уникальной альфа-спирали.
В 2017 г. сообщалось о присутствии гомологов Pup у видов бактерий, не входящих в группу грамположительных бактерий. Гомологи Pup были названы UBact (от Ubiquitin Bacterial), хотя не было доказано, что это различие филогенетически подтверждается отдельным эволюционным происхождением и не имеет экспериментальных доказательств. UBact является гомологом Pup и обнаружен в нескольких типах грамотрицательных бактерий (Pup обнаруживается преимущественно в грамположительных бактериальных типах Actinobacteria ). Ниже представлена последовательность UBact в бактерии Methylacidiphilum infernorum : MPTTEQGQKNKQMIPSPGPGGGSGPGPQAPKVEKPNTEEILKRMRKVDPDQARRYRQRTGE
