Пресвитерианская церковь Африки была основана в 1898 г. преподобным Джеймс Мзимба, отколовшийся от церкви Шотландии. Он родился в Нгкуакаи, а его отец был дьяконом в пресвитерианской церкви. Мзимба стал пастором и был рукоположен в 1875 году. Он был отправлен в Шотландию на годовщину Свободной церкви Шотландии, но позже разорвал свои связи с деноминацией. В 1899 году он основал собственную независимую пресвитерианскую церковь. Он умер в 1911 году. Первый Синод был образован в Алисе, Капской колонии. У Мзамби был спор с Свободной церковью Шотландии по поводу земли и использования денег. Пресвитерианская церковь Африки - это преимущественно черная церковь. Это была небольшая группа церквей с двумя пресвитериями. Церковь неуклонно росла. Это одна из старейших независимых церквей в Африке.
Церкви расположены в Малави, Южной Африке, Замбии, Зимбабве. В Зимбабве у церкви один пресвитерий. Штаб-квартира церкви находится в Южной Африке. В ее составе 9 пресвитерий, а количество членов церкви составляет 3 400 000 человек, 9 000 конгрегаций и 600 домашних общин.
Деноминация подтверждает Апостольский символ веры и Вестминстерское исповедание веры.
. член Всемирного Сообщества Реформатских Церквей.