Транспортер калия TrkH / TrkA | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Символ | Trk | ||||||||
Pfam | PF02386 | ||||||||
InterPro | IPR003445 | ||||||||
TCDB | 2.A.38 | ||||||||
суперсемейство OPM | 8 | ||||||||
белок OPM | 4j7c | ||||||||
|
Семейство Kтранспортеров (Trk) является членом суперсемейства потенциалзависимых ионных каналов (VIC). белки семейства Trk происходят из грамотрицательных и грамположительных бактерий, дрожжей и растений.
Филогенетическое дерево показывает, что белки группируются в соответствии с филогенезом исходного организма с
S. cerevisiae обладает по крайней мере двумя паралогами, K-переносчиками с высоким и низким сродством. Паттерн сворачивания, наблюдаемый в белках Trk, напоминает четырехкратно дублированные примитивные K-каналы суперсемейства VIC (TC # 1.A.1 ) вместо типичных 12 носителей TMS. Гомология была установлена между носителями Trk и каналами семейства VIC.
Размеры членов семейства Trk варьируются от 423 остатков до 1235 остатков. Бактериальные белки состоят из 423-558 остатков, белок Triticum aestivum состоит из 533 остатков, а дрожжевые белки варьируются от 841 до 1241 остатка. Эти белки обладают 8 предполагаемыми трансмембранными α-спиральными гаечными ключами (TMS). Топология 8 TMS с N- и C-концами внутри была установлена для AtHKT1 A. thaliana. и Trk2 из S. cerevisiae. Этот шаблон сворачивания напоминает учетверенные примитивные K каналов суперсемейства VIC (TC # 1.A.1 ) вместо типичных 12 несущих TMS. Поскольку гомология была установлена между носителями Trk и каналами семейства VIC.
Члены семейства Trk регулируют различные транспортеры K во всех трех сферах жизни. Эти регуляторные субъединицы обычно называют транспортными / нуклеотидными субъединицами К. Домены TrkA могут связывать NAD и NADH, что, возможно, позволяет транспортерам K реагировать на окислительно-восстановительное состояние клетки. Отношение NADH / NAD может контролировать стробирование. Множественные кристаллические структуры двух доменов KTN в комплексе с NAD или NADH показывают, что эти лиганды контролируют олигомерное (тетрамерное) состояние KTN. Результаты показывают, что KTN по своей природе гибок, претерпевая большие конформационные изменения посредством шарнирного движения. Домены KTN каналов Kef динамически взаимодействуют с транспортером. Затем конформация KTN контролирует активность пермеазы.
Считается, что обе дрожжевые транспортные системы функционируют посредством симпорта K: H, но белок пшеницы функционирует посредством симпорта K: Na. Возможно, что некоторые из этих белков могут функционировать по механизму канального типа. Положительно заряженные остатки в TMS8 нескольких транспортеров ktr / Trk / HKT, вероятно, обращены к каналу и блокируют конформационные изменения, которые необходимы для активности канала, обеспечивая при этом возможность вторичного активного транспорта.
Предполагаемая генерализованная транспортная реакция, катализируемая семейством Trk. элементы:
K (выход) + H (выход) ⇌ K (вход) + H (вход).
На данный момент в этой статье используется контент из "2. A.38 Семейство K + Transporter (Trk) ", которое лицензировано способом, допускающим повторное использование в соответствии с непортированной лицензией Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0, но не в соответствии с GFDL. Все соответствующие условия должны быть соблюдены.