A полярная мутация влияет на экспрессию нижележащих генов или оперонов. Он также может повлиять на экспрессию гена, в котором он встречается, если он встречается в транскрибируемой области. Эти мутации, как правило, возникают на ранних этапах последовательности генов и могут быть мутациями бессмысленного, сдвига рамки считывания или вставки. Полярные мутации обнаруживаются только у организмов, содержащих полицистронную мРНК.