A фосфодиэфирная связь возникает, когда реагируют ровно две из гидроксильных групп в фосфорной кислоте с гидроксильными группами на других молекулах с образованием двух сложноэфирных связей.
Фосфодиэфирные связи являются центральными для всей жизни на Земле, поскольку они составляют основу нитей нуклеиновая кислота. В ДНК и РНК фосфодиэфирная связь представляет собой связь между 3 'атомом углерода одной молекулы сахара и 5' атомом углерода другого, дезоксирибозы в ДНК и рибозы в РНК. Прочные ковалентные связи образуются между фосфатной группой и двумя углеводами с 5-углеродным кольцом (пентозами) через две сложноэфирные связи.
Фосфатные группы в фосфодиэфирной связи заряжены отрицательно. Поскольку фосфатные группы имеют pKa около 0, они заряжены отрицательно при pH 7. Это отталкивание заставляет фосфаты занимать противоположные стороны цепей ДНК и нейтрализуется белками (гистонами ), ионами металлов. такие как магний и полиамины.
. Для образования фосфодиэфирной связи и соединения нуклеотидов трифосфатные или дифосфатные формы строительные блоки нуклеотидов разрушаются для выделения энергии, необходимой для запуска реакции , катализируемой ферментами,. Когда один фосфат или два фосфата, известные как пирофосфаты, отрываются и катализируют реакцию, образуется фосфодиэфирная связь.
Гидролиз фосфодиэфирных связей может катализироваться действием фосфодиэстераз, которые играют важную роль в восстановлении последовательностей ДНК.
Фосфодиэфирная связь между двумя рибонуклеотидами может быть разорвана щелочным гидролизом, тогда как связь между двумя дезоксирибонуклеотиды более стабильны в этих условиях. Относительная легкость гидролиза РНК является результатом присутствия 2 'гидроксильной группы.
Фосфодиэстераза - это фермент, который катализирует гидролиз фосфодиэфирных связей., например связь в молекуле циклического AMP или циклического GMP.
. Ферментом, который играет важную роль в восстановлении окислительного повреждения ДНК, является 3'-фосфодиэстераза.
Во время репликации ДНК между фосфатами в скелете остается дыра, оставленная ДНК-полимеразой I. ДНК-лигаза способна образовывать фосфодиэфирную связь между нуклеотидами.