Филиппинская православная церковь относится к каноническому православному присутствию в Филиппины в целом.
Армяне и Греки были первыми православными христианами на Лусоне. Документ восемнадцатого века, написанный Педро Мурильо Веларде, иезуитом историком, описывающий миссионерскую работу их ордена на Филиппинах, записывает присутствие таких поселенцев в Маниле еще в 1618 году.
Примерно в начале 20 века греческие моряки поселились в Маниле, однако одна группа пришла в Легаспи, Албай на острове Лусон. Их потомки в Легаспи, Албай теперь насчитывают не более 10 семей, которые сохранили свои греческие фамилии и стали выдающимися общественными деятелями и интеллектуалами, в том числе служили в консульстве Греции в Маниле. Одним из первых православных верующих, прибывших в провинцию Албай, был Александрос Атос Адамопулос (позже англичанин Александр А. Адамсон), который приехал в Легаспи-Сити в 1928 году. Вместе со своим братом и двоюродным братом он вместе -основан Университет Адамсона в 1932 году, который сейчас принадлежит отцам Винсента из Римско-католической церкви.
. В 1989 году Адамопулос увидел необходимость в создании первого греческого Православной церкви на Филиппинах и, таким образом, основал Hellenic Orthopaed Foundation, Inc., но он умер в 1993 году до того, как церковь была завершена. Благовещенский православный собор в Сукате, Параньяке, Метро Манила, был завершен в 1996 году и освящен Вселенским Патриархом Константинополя Варфоломеем I в 2000 году.
С тех пор, другие автокефальные православные церкви обосновались на Филиппинах.
В стране есть три автокефальных православных церкви, юрисдикции которых пересекаются друг с другом. Это:
В стране также есть группы, которые используют термин Православные от их имен, но которые не находятся в общении ни с одной из четырнадцати-шестнадцати признанных автокефальных православных церквей.