Войти
Оперативная таксономическая единица (OTU ) - это рабочее определение, используемое для классификации групп тесно связанных лиц. Термин был впервые введен в 1963 году Робертом Р. Сокалом и Питером Х.А. Снитом в контексте числовой таксономии, где «Оперативная таксономическая единица» просто группа организмов, изучаемая в настоящее время. В этом смысле OTU - это прагматическое определение группировки индивидов по сходству, эквивалентное, но не обязательно совпадающее с классической таксономией Линнея или современной эволюционной таксономией.
Однако в настоящее время термин " OTU »также используется в другом контексте и относится к кластерам (некультивируемых или неизвестных) организмов, сгруппированных по сходству последовательности ДНК конкретного таксономического маркерного гена (первоначально обозначенного как mOTU; молекулярная OTU). Другими словами, OTU являются прагматическими заместителями для «видов » (микробных или многоклеточных) на разных таксономических уровнях в отсутствие традиционных систем биологической классификации, доступных для макроскопических организмов. В течение нескольких лет OTU были наиболее часто используемыми единицами разнообразия, особенно при анализе наборов данных последовательностей маркерных генов малых субъединиц 16S (для прокариот) или 18S рРНК (для эукариот).
Последовательности могут быть сгруппированы в соответствии с их сходством друг с другом, и операционные таксономические единицы определяются на основе порога сходства (обычно сходство 97%; однако также распространено 100% сходство, также известное как одиночный варианты ), установленные исследователем. Остается спорным, насколько хорошо этот широко используемый метод воспроизводит истинную филогению или экологию микробных видов. Хотя OTU можно рассчитывать по-разному при использовании разных алгоритмов или пороговых значений, недавнее исследование Schmidt et al. (2014) продемонстрировали, что микробные OTU в целом были экологически последовательными в разных средах обитания и в нескольких подходах к кластеризации OTU. Количество определенных OTU может быть завышено из-за ошибок при секвенировании ДНК.
