Наука с открытой записной книжкой

редактировать

Наука с открытой записной книжкой - это практика создания всей первичной записи исследовательского проекта общедоступно в сети в том виде, в каком оно записано. Это предполагает размещение в Интернете личной или лабораторной записной книжки исследователя вместе со всеми необработанными и обработанными данными и любыми связанными с ними материалами по мере их создания. Подход можно описать лозунгом «никакой инсайдерской информации». Это логическая крайность из прозрачных подходов к исследованию и явно включает в себя предоставление доступа к неудавшимся, менее значимым и другим неопубликованным экспериментам; так называемые «темные данные». Практика открытых записных книжек, хотя и не является нормой в академическом сообществе, в последнее время привлекла значительное внимание исследователей и средств массовой информации в целом как часть общей тенденции к более открытым подходам в исследовательской практике и публикации. Таким образом, наука об открытых записных книжках может быть описана как часть более широкого движения за открытую науку, которое включает пропаганду и принятие публикаций в открытом доступе, открытых данных, краудсорсинга данных, и гражданская наука. Он частично вдохновлен успехом программного обеспечения с открытым исходным кодом и использует многие из его идей.

Содержание
  • 1 История
  • 2 Практикующие
    • 2.1 Активные
      • 2.1.1 Экспериментальные (в алфавитном порядке по фамилии)
      • 2.1.2 Теоретические
    • 2.2 Архивные (в алфавитном порядке по фамилии)
    • 2.3 Повторяющиеся (образовательные)
    • 2.4 Частично открытые / псевдооткрытые записные книжки
  • 3 Преимущества
  • 4 Недостатки
  • 5 Финансирование и спонсорство
  • 6 Логотипы
  • 7 См. Также
  • 8 Ссылки
История

Термин «открытая записная книжка» впервые был использован в 2006 году в блоге Жан-Клода Брэдли, доцента химии в Университет Дрекселя в то время. Брэдли описал науку об открытых записных книжках следующим образом:

... есть URL-адрес лабораторной записной книжки, которая находится в свободном доступе и индексируется в обычных поисковых системах. Необязательно, чтобы он выглядел как бумажный блокнот, но важно, чтобы вся информация, доступная исследователям для того, чтобы делать выводы, была в равной степени доступна остальному миру

— Жан-Клод Брэдли
Практикующие

Активный

Экспериментальный (в алфавитном порядке по фамилии)

«Команда новаторских ученых из SGC теперь делится своими лабораторными записными книжками в Интернете».

Теоретический

  • Тобиас Дж. Осборн
  • Карл Боеттигер, Теория и компьютерное моделирование в экологии и эволюции.
  • Дрор Бар-Натан
  • Андрес Г. Саравиа, доктор физико-математических наук. студент в.
  • Дэниел Химмельштейн, руководивший проектом Rephetio - исследованием по замене лекарств, в котором использовались GitHub и Thinklab для научных исследований и совместной работы с открытыми блокнотами в реальном времени., к.ф.-м.н. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Жан-Клод Брэдли
  • Джеремайя Фейт
  • Надежда Фернандес-Оропеза, доктор биомедицинской инженерии. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Майк Лоуренс
  • Линь Ле, бакалавр физики и выпускник лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Энди Мэлони, научный сотрудник лаборатории Смита Техасского университета. Кандидат наук. в лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико (2011)
  • Кэмерон Нейлон
  • Алехандро Тамайо
  • Происхождение и эволюция гриппа

Рецидивирующий (образовательный)

Частично открытые / псевдооткрытые записные книжки

Эти инициативы более открыты, чем традиционные лабораторные записные книжки, но не имеют ключевого компонента для полной открытой науки о записных книжках. Обычно к записной книжке делятся только частично или с большой задержкой.

  • Open Notebook Science Network - это сеть блогов WordPress, предназначенная для создания и поддержки индивидуальных / лабораторных записных книжек. По состоянию на январь 2018 года в настоящее время насчитывается 126 активных членов этой группы.
  • разрешает совместное использование и хранение лабораторных протоколов.
  • Sci-Mate позволяет пользователям определять права доступа, но может использоваться как открытая записная книжка.
  • Vinod Scaria
  • OpenWetWare (содержит множество лабораторий и позволяет выборочно обмениваться информацией, относящейся к каждой исследовательской группе)
  • Калеб Морс
  • Гас Росания
  • Энтони Гарретт Лиси
  • Рози Редфилд, микробиолог из Университета Британской Колумбии; все результаты обсуждаются, но необработанная экспериментальная записная книжка не публикуется.
  • Мартин Джонсон, морской химик из Университета Восточной Англии.
  • Грег Ланг, научный сотрудник лаборатории Дэвида Ботстайна в Принстонском университете. - делится примерно раз в неделю
Преимущества

В общедоступной лабораторной тетради удобно указывать точные примеры экспериментов, которые используются для обоснования аргументов в статьях. Например, в статье по оптимизации реакции Уги для характеристики используются три разные партии продукта, и каждый спектр ссылается на конкретный эксперимент, в котором использовалась каждая партия: EXP099, EXP203 и EXP206. Эта работа была впоследствии опубликована в Journal of Visualized Experiments, демонстрируя, что данные о целостности происхождение могут сохраняться от лабораторной записной книжки до окончательной публикации в рецензируемом журнале.

Без дополнительных оговорок Open Notebook Science подразумевает, что отчеты об исследовании публикуются на постоянной основе без необоснованной задержки или фильтрации. Это позволяет другим точно понять, как на самом деле проводятся исследования в рамках области или конкретной исследовательской группы. Такая информация может быть полезна для сотрудников, будущих студентов или будущих работодателей. Предоставление доступа к отдельным страницам записной книжки или введение периода запрета не соответствовало бы значению термина «Открыть» в этом контексте. Если не будут сообщены исправления ошибок, неудачные эксперименты и неоднозначные результаты, сторонний наблюдатель не сможет точно понять, как делается наука. Такие термины, как «Псевдо» или «Частично», использовались в качестве определителей для выборочного или со значительными задержками обмена информацией из лабораторных журналов.

Недостатки

Аргументы против принятия теории открытых записных книжек в основном делятся на три категории, которые имеют разное значение в разных областях науки. Основное беспокойство, выражаемое, в частности, учеными-биологами и медиками, вызывает «кража данных » или «сгребание». Хотя степень, в которой исследовательские группы крадут или адаптируют результаты других, остается предметом споров, определенно верно то, что страх не опубликовать публикацию первым во многом определяет поведение, особенно в некоторых областях. Это связано с акцентом в этих областях на опубликованной рецензируемой статье как на главном показателе карьерного успеха.

Второй аргумент против науки об открытых записных книжках состоит в том, что они представляют собой предварительную публикацию, что делает невозможным патентование и затрудняет публикацию результатов в традиционном рецензируемом литература. Что касается патентов, публикация в сети явно классифицируется как раскрытие. Таким образом, хотя могут быть споры по поводу ценности патентов и подходов, позволяющих обойти эту проблему, очевидно, что открытая наука о записных книжках не подходит для исследований, для которых патентная защита является ожидаемым и желаемым результатом. Что касается публикации в рецензируемой литературе, дело обстоит не так однозначно. Большинство издателей научных журналов принимают материалы, которые ранее были представлены на конференции или в виде препринтов. Те издатели, которые принимают материалы, которые ранее были опубликованы в этих формах, как правило, неофициально указали, что публикация данных в Интернете, включая науку об открытых записных книжках, попадает в эту категорию. Проекты Open Notebook были успешно опубликованы в рецензируемых журналах с высоким импакт-фактором, но это не было протестировано с широким кругом издателей. Следует ожидать, что те издатели, которые явно исключают эти формы предварительной публикации, не будут принимать материалы, ранее раскрытые в открытой записной книжке.

Последний аргумент касается проблемы «наводнения данных». Если текущий объем рецензируемой литературы слишком велик для того, чтобы с ним мог справиться кто-либо один, то как можно ожидать, что кто-то справится с огромным количеством нерецензируемых материалов, которые потенциально могут быть доступны, особенно когда некоторые, возможно, большинство, было бы плохого качества? Связанный с этим аргумент состоит в том, что «моя записная книжка слишком специфична», чтобы заинтересовать кого-либо еще. С этим связан вопрос, как найти качественный и актуальный материал. Проблема курирования и проверки данных и методологического качества является серьезной проблемой, которая, возможно, имеет значение не только для открытой науки о блокнотах, но и здесь представляет собой особую проблему.

Финансирование и спонсорство

Open Notebook Science Challenge, теперь направленный на сообщение результатов измерений растворимости в неводном растворителе, получил спонсорскую поддержку от Submeta, Nature и Sigma-Aldrich. Первой из десяти победительниц конкурса в декабре 2008 года стала Дженни Хейл.

Логотипы

Логотипы могут использоваться на ноутбуках для обозначения условий обмена. Полностью открытые записные книжки помечаются как «все содержимое» и «немедленный доступ». Частично открытые блокноты могут быть помечены как «выбранный контент» и / или «отложенный».

См. Также
Ссылки
Последняя правка сделана 2021-06-01 12:35:43
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте