Онондага была деревней, которая служила столицей ирокезов Лиги и основным поселением нации онондага. Это было место встречи Великого Совета ирокезов. Матери клана назвали мужчин, представляющих кланы на советах деревень и племен, и назначили 49 сахемов, которые периодически собирались здесь, в качестве правящего совета пяти конфедеративных Наций.
Местоположение деревни периодически менялось. В 1600 году он находился недалеко от нынешнего Казеновия, Нью-Йорк. С 1609 по 1615 год он находился на месте нынешнего Помпея, Нью-Йорк. После этого Онондага располагался в нескольких местах рядом с нынешним, до 1640 года, когда он переехал в то, что развивалось как современный Манлий, Нью-Йорк.
В 1720 году он был перемещен в Ручей Онондага. После того, как многие отряды воинов Онондага встали на сторону британцев в Войне за независимость США, Континентальная армия напала на деревню Онондага в составе экспедиции под руководством полковника Гуза Ван Шайка. В апреле 1779 года деревенские онондаги, в основном пожилые мужчины, женщины и дети, бежали при приближении армии. Американские войска методично разрушили заброшенное поселение, разрушив около 50 домов вдоль Онондага-Крик и сожгли зимние магазины.
Нынешнее место встречи Великого совета ирокезов находится в резервации Онондага в Нью-Йорке.