OMPdb
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | β-бочка белки внешней мембраны. |
| Организмы | грамотрицательные бактерии |
| Связаться | |
| Исследовательский центр | Афинский университет |
| Лаборатория | Департамент клеточной биологии и биофизики |
| Авторы | Константинос Д. Циригос, Пантелис Г. Багос и Ставрос Дж. Хамодракас |
| Основное цитирование | Tsirigos al. (2011) |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.ompdb.org |
OMPdb - это выделенная база данных, содержащая бета-бочонки (бета-бочонки) белки внешней мембраны из грамотрицательных бактерий. Такие белки отвечают за широкий спектр важных функций, таких как пассивное поглощение питательных веществ, активный транспорт больших молекул, секреция белка, а также адгезия к клеткам-хозяевам, посредством которой бактерии проявляют свою вирулентность активность.
Их биологическая важность вместе с неадекватной аннотацией и классификацией, обнаруженной в общедоступных базах данных, требует интенсивных исследований и точного сбора данных о β-стволовых белках.
Информация, включенная в OMPdb, состоит из данных последовательности, а также аннотации структурных характеристик (таких как трансмембранные сегменты ), литературных ссылок и ссылок на другие общедоступные базы данных, уникальные во всем мире функции. Мы также предлагаем информацию о существовании 3D-структуры данного белка, если она депонирована в базе данных PDB. Список записей о белках с решенной 3D-структурой также можно найти на странице каждой записи о семействе, если это применимо.
Наряду с базой данных, набор профилей скрытых марковских моделей, происходящих в основном из базы данных PFAM, которые, как было показано, характерны для наружной мембраны β-цилиндра. белки также были составлены. Этот набор, при использовании в сочетании с недавно представленным алгоритмом PRED-TMBB2, послужит мощным инструментом с точки зрения распознавания и классификации новых β-стволовых белков и анализа всего протеома.
Веб-интерфейс OMPdb предлагает пользователю возможность не только просматривать доступные данные, но и отправлять расширенные запросы для текстового поиска в записях белков базы данных или выполнять поиск белков и доменов.. Самую последнюю версию базы данных можно загрузить в различных форматах (простой текст, формат XML или необработанные последовательности FASTA ).
На странице загрузки пользователь может загрузить полный набор данных белков β-бочки, который составляется после регулярных обновлений базы данных PDBTM, OPM база данных и список мембранных белков известной 3D-структуры из лаборатории Стивена Уайта в Калифорнийском университете в Ирвине.
В период с 11 по 12 августа 2014 г. OMPdb участвовала в На семинаре по биоинформатике и общественным ресурсам в конференц-центре Wellcome Trust собрались главные исследователи нескольких специализированных ресурсов по белкам, а также исследователи из баз данных по белкам из крупных центров биоинформатики. Во время этой встречи были обсуждены некоторые общие ключевые проблемы, связанные с созданием и поддержанием таких ресурсов, а также различные подходы к их решению. Важным результатом стало создание сети специализированных белковых ресурсов, которая направлена на улучшение координации деятельности ресурсов, входящих в ее состав.
Ссылки
- ^ Циригос, Константинос Д.; Bagos Pantelis G; Хамодракас Ставрос J (январь 2011 г.). «OMPdb: база данных белков внешней мембраны {бета} -бочки грамотрицательных бактерий». Nucleic Acids Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D324-31. doi : 10.1093 / nar / gkq863. PMC 3013764. PMID 20952406.
- ^Finn, Robert D.; Коггилл, Пенелопа; Eberhardt, Ruth Y.; Эдди, Шон Р.; Мистри, Джайна; Митчелл, Алекс Л.; Поттер, Саймон С.; Пунта, Марко; Куреши, Мэтлоб (04.01.2016). «База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D279–285. doi : 10.1093 / nar / gkv1344. ISSN 1362-4962. ПМЦ 4702930. PMID 26673716.
- ^Циригос, Константинос Д.; Элофссон, Арне; Багос, Пантелис Г. (01.09.2016). «PRED-TMBB2: улучшенное прогнозирование топологии и обнаружение белков внешней мембраны бета-ствола». Биоинформатика. 32 (17): i665 – i671. doi : 10.1093 / bioinformatics / btw444. ISSN 1367-4811. PMID 27587687.
- ^Козьма, Даниэль; Саймон, Иштван; Тушнади, Габор Э. (01.01.2013). «PDBTM: банк данных о трансмембранных белках через 8 лет». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D524–529. doi : 10.1093 / nar / gks1169. ISSN 1362-4962. ПМЦ 3531219. PMID 23203988.
- ^Ломизе, Михаил А.; Погожева Ирина Д.; Джу, Хён; Мосберг, Генрих I; Ломизе, Андрей Л. (01.01.2012). «База данных OPM и веб-сервер PPM: ресурсы для позиционирования белков в мембранах». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (выпуск базы данных): D370–376. doi : 10.1093 / nar / gkr703. ISSN 1362-4962. ПМЦ 3245162. PMID 21890895.
- ^Holliday, Gemma L.; Байрох, Амос; Bagos, Pantelis G.; Шатонне, Арно; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Хенриссат, Бернар; Ландсман, Дэвид; Мэннинг, Джерард (2015-06-01). «Ключевые проблемы для создания и поддержания специализированных белковых ресурсов». Белки. 83 (6): 1005–1013. doi : 10.1002 / prot.24803. ISSN 1097-0134. ПМЦ 4446195. PMID 25820941.
- ^Babbitt, Patricia C.; Bagos, Pantelis G.; Байрох, Амос; Бейтман, Алекс; Шатонне, Арно; Чен, Марк Цзинань; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Глориам, Дэвид (01.01.2015). «Создание специализированной сети ресурсов по белкам: отчет о совещании по биоинформатике белков и выездных ресурсах сообщества». База данных: журнал биологических баз данных и курирования. 2015 : bav063. doi : 10.1093 / database / bav063. ISSN 1758-0463. ПМЦ 4499208. PMID 26284514.
Внешние ссылки
.
