Разнообразие нуклеотидов

редактировать

Разнообразие нуклеотидов - это концепция молекулярной генетики, которая используется для измерения степени полиморфизма в популяции.

Одна из часто используемых мер нуклеотидного разнообразия была впервые введена Неем и Ли в 1979 году. Эта мера определяется как среднее число нуклеотидных различий на сайт между двумя последовательностями ДНК во всех возможных парах в выборке и обозначается значком. ${\ displaystyle \ pi}$ $\Пи$

Оценка определяется по: ${\ displaystyle \ pi}$ $\Пи$

{\ displaystyle {\ hat {\ pi}} = {\ frac {n} {n-1}} \ sum _ {ij} x_ {i} x_ {j} \ pi _ {ij} = {\ frac {n } {n-1}} \ sum _ {i = 2} ^ {n} \ sum _ {j = 1} ^ {i-1} 2x_ {i} x_ {j} \ pi _ {ij}}

{\ displaystyle {\ hat {\ pi}} = {\ frac {n} {n-1}} \ sum _ {ij} x_ {i} x_ {j} \ pi _ {ij} = {\ frac {n } {n-1}} \ sum _ {i = 2} ^ {n} \ sum _ {j = 1} ^ {i-1} 2x_ {i} x_ {j} \ pi _ {ij}}

где и - соответствующие частоты th и th последовательностей, - количество нуклеотидных различий на нуклеотидный сайт между th и th последовательностями и - количество последовательностей в образце. Член перед суммами гарантирует беспристрастную оценку, которая не зависит от того, сколько последовательностей вы выбираете. ${\ displaystyle x_ {i}}$ $x_ {i}$ ${\ displaystyle x_ {j}}$ $x_ {j}$ ${\ displaystyle i}$ $я$ ${\ displaystyle j}$ $j$ ${\ displaystyle \ pi _ {ij}}$ ${\ displaystyle \ pi _ {ij}}$ ${\ displaystyle i}$ $я$ ${\ displaystyle j}$ $j$ ${\ displaystyle n}$ $п$

Нуклеотидное разнообразие - это мера генетической изменчивости. Обычно это связано с другими статистическими показателями популяционного разнообразия и аналогично ожидаемой гетерозиготности. Эта статистика может использоваться для мониторинга разнообразия внутри экологических популяций или между ними, для изучения генетической изменчивости сельскохозяйственных культур и родственных видов или для определения эволюционных взаимосвязей.

Нуклеотидное разнообразие может быть рассчитано путем непосредственного исследования последовательностей ДНК или может быть оценено на основе данных молекулярных маркеров, таких как данные случайной амплифицированной полиморфной ДНК ( RAPD ) и данные полиморфизма длины амплифицированного фрагмента ( AFLP ).

Программное обеспечение

DnaSP - DNA Sequence Polymorphism, представляет собой программный пакет для анализа нуклеотидного полиморфизма на основе данных выровненных последовательностей ДНК.
MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, представляет собой программный пакет, используемый для оценки скорости молекулярной эволюции, а также для создания филогенетических деревьев и выравнивания последовательностей ДНК. Доступно для Windows, Linux и Mac OS X (начиная с версии 5.x).
Программное обеспечение Arlequin3 можно использовать для расчетов нуклеотидного разнообразия и множества других статистических тестов для внутрипопуляционного и межпопуляционного анализа. Доступно для Windows.
Варискан
Пакет R PopGenome

Разнообразие нуклеотидов

Программное обеспечение

использованная литература