Церковь возникла в результате раскола в Пресвитерианская церковь в Чили. Национальная пресвитерианская церковь в Чили была образована 2 июля 1944 года в Сантьяго-де-Чили при церкви Святой Троицы. Присутствовало около 500 человек. В то время молодые чилийские лидеры утверждали, что пресвитерианская церковь в Чили стала элитарной церковью и не заинтересована в росте и евангелизации. В 1945 году церковь получила название Национальной евангелической пресвитерианской церкви. Церковь поддерживали голландские, корейские и австралийские миссионеры. В 1960 году в церкви произошел раскол, была основана пресвитерианская церковь национального фундаментализма.
В деноминации 25 конгрегаций и около 1500 членов, которых обслуживают 14 пасторов. Церковь признает Вестминстерское исповедание веры, Гейдельбергский катехизис, Апостольский символ веры и Никейский символ веры.