NCBI Epigenomics

редактировать
NCBI Epigenomics
US-NLM-NCBI-Logo.svg
Содержание
Описаниеэпигеномные наборы данных.
Контакт
Исследовательский центр Национальный центр биотехнологической информации
Авторы Ян М. Фингерман
Первичное цитированиеFingerman al. (2011)
Дата выпуска2010
Доступ
Веб-сайтhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics

База данных Epigenomics в Национальном центре биотехнологической информации была база данных для полногеномных эпигенетических наборов данных. Он был удален 1 июня 2016 года.

Содержание

  • 1 База данных Epigenomics
    • 1.1 Содержание базы данных Epigenomics
    • 1.2 Использование базы данных
      • 1.2.1 Экспериментальный поиск
      • 1.2.2 Пример поиска
      • 1.2.3 Навигация по базе данных и справочные ресурсы по использованию
  • 2 Roadmap Epigenomics Project
  • 3 Эпигеном
  • 4 См. Также
  • 5 Ссылки
  • 6 Внешние ссылки

База данных Epigenomics

База данных по эпигеномике Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения (NIH) была запущена в июне 2010 г. как средство для сбора карт эпигенетических модификации и их появление в геноме человека. Эта база данных представляет собой общедоступный ресурс для карт в стволовых клетках и первичных тканях ex vivo, которые подробно описывают общегеномные ландшафты эпигенетических факторов, которые встречаются в развитии и заболеваниях человека.

Содержание базы данных эпигеномики

Основные ресурсы для содержания базы данных эпигеномики получены из двух архивных баз данных в NCBI: Омнибус экспрессии генов (GEO) и Архив чтения последовательностей (SRA). Омнибус экспрессии генов - это система данных для высокопроизводительных геномных данных, которые генерируются с помощью микрочипов и технологий секвенирования следующего поколения. Данные, используемые в базе данных эпигеномики, представляют собой комбинацию подмножеств GEO и SRA, специфичных для эпигенетических факторов. Эти данные подвергаются дополнительному обзору и упорядочиваются в более доступной форме перед добавлением в базу данных Epigenomics.

Использование базы данных

Все эксперименты и соответствующие образцы в базе данных Epigenomics отображаются в браузер по умолчанию. По состоянию на октябрь 2013 года в базе данных доступно 4112 экспериментов и 1257 образцов. Пять изученных видов представлены в базе данных, и доступно множество треков данных, включая экспрессию микро- и малых РНК, модификацию гистонов и ферменты, модифицирующие гистоны, доступность хроматина и факторы, связанные с хроматином, а также факторы транскрипции. Одним из таких примеров из базы данных является исследование определенных эпигенетических факторов у Drosophila melanogaster на стадии эмбрионального развития от 20 до 24 часов.

Браузер базы данных Epigenomics содержит две фундаментальные записи поиска., «Эксперименты» и «Образцы».

Поиск эксперимента

Запись поиска эксперимента относится к одному или нескольким экспериментам с рядом научных целей. Здесь пользователь может получить полную информацию об источнике данных. Эта информация включает в себя организацию отправителя, ссылки на исходные данные, представленные в GEO и SRA, ссылки на ссылки на литературу в PubMed и / или полнотекстовые статьи в Pubmed. Записи эксперимента содержат уникальный номер доступа, который включает префикс 'ESS'.

Поиск образца

Запись поиска образца соответствует биологическому материалу, исследованному в данном эксперименте в базе данных, и предоставляет подробную информацию о исходные атрибуты со значениями из контролируемых словарей. Доступно более 20 полей биологических атрибутов, и среди них - штамм, сорт, экотип, индивидуум, пол, возраст, стадия развития, линия клеток, тип клеток, тип ткани и состояние здоровья.

Навигация по базе данных. и справочные ресурсы по использованию

В Интернете есть много доступных ресурсов для помощи в навигации и использовании базы данных Epigenomics. Раздел «Epigenetics Help» справочного руководства NCBI содержит информацию о базе данных с возможностью поиска и предоставляет пользователю инструменты для использования, управления, загрузки и выгрузки, а также для навигации по базе данных. Также имеются руководства по навигации по базе данных, предназначенные для конкретных исследователей и областей исследований, таких как исследования стволовых клеток.

Проект эпигеномики дорожной карты

В 2007 году Национальные институты здравоохранения (NIH) запустил проект эпигеномики дорожной карты . Цель проекта - разработка общедоступных эталонных карт эпигеномов различных типов клеток. Эти эпигенетические карты предназначены для предоставления ресурсов для изучения эпигенетических событий, которые подчеркивают человеческое развитие, разнообразие и болезни. Об аналогичных усилиях см. Проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), инициативы которого дополняют проект Roadmap Epigenomics.

Эпигеном

эпигеном состоит из записи химических изменений белков ДНК и гистонов в организме. Эти химические изменения влияют на экспрессию генов во многих типах тканей и стадиях развития. Эти эпигенетические изменения включают методы изменения экспрессии генов, которые не включают изменений в лежащей в основе первичной последовательности ДНК; к ним относятся метилирование ДНК, подавление гена и структура хроматина, а также участие некодирующей РНК.

См. также

Ссылки

  1. ^ Фингерман, Ян М.; МакДэниел Ли; Чжан Сюань; Ратзат Вальтер; Хасан Тарек; Цзян Чжифан; Коэн Роберт Ф; Шулер Грегори Д. (январь 2011 г.). «NCBI Epigenomics: новый общедоступный ресурс для изучения наборов эпигеномных данных». Nucleic Acids Res. 39 (Проблема с базой данных): D908–12. doi : 10.1093 / nar / gkq1146. PMC 3013719. PMID 21075792.
  2. ^«Обзор». Национальные институты здоровья. Управление стратегической координации - Общий фонд. Проверено 22 сентября 2013 г.
  3. ^Sayers, EW; и другие. (Январь 2010 г.). "Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации". Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D5–16. doi : 10.1093 / nar / gkp967. PMC 2808881. PMID 19910364.
  4. ^«База данных эпигеномики». Проверено 20 октября 2013 г.
  5. ^Negre, N; Моррисон CA; Шах П.К.; Bild NA; Белый КП (12 мая 2009 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина в стадиях эмбрионов дрозофилы, ChIP-seq». ModENCODE. GSE16013. Проверено 17 ноября 2013 г.
  6. ^Bethesda (MD) (2010). Справка по эпигеномике. Национальная медицинская библиотека США: Национальный центр биотехнологической информации (США).
  7. ^Karnik, R; Мейснер А. (3 июля 2013 г.). «Просмотр (Epi) геномов: руководство по ресурсам данных и браузерам эпигеномов для исследователей стволовых клеток». Стволовая клетка. 13 (1): 14–21. doi : 10.1016 / j.stem.2013.06.006. PMC 3750740. PMID 23827707.
  8. ^Бернштейн, Брэдли Э; Иоанн Стаматояннопулос ; Джозеф Ф. Костелло; Бинг Рен; Александар Милосавлевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис; Марко Марра; Артур Л. Боде; Джозеф Р. Эккер; Пегги Дж. Фарнхэм; Мартин Херст; Эрик С. Ландер; Тарьей С. Миккельсен; Джеймс Томсон (13 октября 2010 г.). «Консорциум картирования эпигеномики дорожной карты NIH». Природа Биотехнологии. 28 (10): 1045–1048. DOI : 10.1038 / nbt1010-1045. PMC 3607281. PMID 20944595.
  9. ^Проект кодирования, Консорциум (22 октября 2004 г.). «Проект ENCODE (Энциклопедия элементов ДНК)» (PDF). Наука. 306 (5696): 636–40. Bibcode : 2004Sci... 306..636E. doi : 10.1126 / science.1105136. PMID 15499007.
  10. ^Бернштейн, Брэдли Э; Александр Мейснер; Эрик С. Ландер (19 декабря 2011 г.). «Эпигеном млекопитающих». Cell. 4. 128 (4): 669–681. doi : 10.1016 / j.cell.2007.01.033. PMID 17320505.
  11. ^Руссо, Винченцо Э.А., Роберт А. Мартиенсен и Артур Д. Риггс. (1996). Эпигенетические механизмы регуляции генов. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. п. Абстрактный. ISBN 978-0-87969-490-6. CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка )
  12. ^Коста, Фабрицио Ф. (29 февраля 2008). «Некодирующие РНК, эпигенетика и сложность». Ген. 410 (1): 9–17. doi : 10.1016 / j.gene.2007.12. 008. PMID 18226475.

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-31 06:32:14
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте