Содержание | |
---|---|
Описание | эпигеномные наборы данных. |
Контакт | |
Исследовательский центр | Национальный центр биотехнологической информации |
Авторы | Ян М. Фингерман |
Первичное цитирование | Fingerman al. (2011) |
Дата выпуска | 2010 |
Доступ | |
Веб-сайт | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics |
База данных Epigenomics в Национальном центре биотехнологической информации была база данных для полногеномных эпигенетических наборов данных. Он был удален 1 июня 2016 года.
База данных по эпигеномике Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения (NIH) была запущена в июне 2010 г. как средство для сбора карт эпигенетических модификации и их появление в геноме человека. Эта база данных представляет собой общедоступный ресурс для карт в стволовых клетках и первичных тканях ex vivo, которые подробно описывают общегеномные ландшафты эпигенетических факторов, которые встречаются в развитии и заболеваниях человека.
Основные ресурсы для содержания базы данных эпигеномики получены из двух архивных баз данных в NCBI: Омнибус экспрессии генов (GEO) и Архив чтения последовательностей (SRA). Омнибус экспрессии генов - это система данных для высокопроизводительных геномных данных, которые генерируются с помощью микрочипов и технологий секвенирования следующего поколения. Данные, используемые в базе данных эпигеномики, представляют собой комбинацию подмножеств GEO и SRA, специфичных для эпигенетических факторов. Эти данные подвергаются дополнительному обзору и упорядочиваются в более доступной форме перед добавлением в базу данных Epigenomics.
Все эксперименты и соответствующие образцы в базе данных Epigenomics отображаются в браузер по умолчанию. По состоянию на октябрь 2013 года в базе данных доступно 4112 экспериментов и 1257 образцов. Пять изученных видов представлены в базе данных, и доступно множество треков данных, включая экспрессию микро- и малых РНК, модификацию гистонов и ферменты, модифицирующие гистоны, доступность хроматина и факторы, связанные с хроматином, а также факторы транскрипции. Одним из таких примеров из базы данных является исследование определенных эпигенетических факторов у Drosophila melanogaster на стадии эмбрионального развития от 20 до 24 часов.
Браузер базы данных Epigenomics содержит две фундаментальные записи поиска., «Эксперименты» и «Образцы».
Запись поиска эксперимента относится к одному или нескольким экспериментам с рядом научных целей. Здесь пользователь может получить полную информацию об источнике данных. Эта информация включает в себя организацию отправителя, ссылки на исходные данные, представленные в GEO и SRA, ссылки на ссылки на литературу в PubMed и / или полнотекстовые статьи в Pubmed. Записи эксперимента содержат уникальный номер доступа, который включает префикс 'ESS'.
Запись поиска образца соответствует биологическому материалу, исследованному в данном эксперименте в базе данных, и предоставляет подробную информацию о исходные атрибуты со значениями из контролируемых словарей. Доступно более 20 полей биологических атрибутов, и среди них - штамм, сорт, экотип, индивидуум, пол, возраст, стадия развития, линия клеток, тип клеток, тип ткани и состояние здоровья.
В Интернете есть много доступных ресурсов для помощи в навигации и использовании базы данных Epigenomics. Раздел «Epigenetics Help» справочного руководства NCBI содержит информацию о базе данных с возможностью поиска и предоставляет пользователю инструменты для использования, управления, загрузки и выгрузки, а также для навигации по базе данных. Также имеются руководства по навигации по базе данных, предназначенные для конкретных исследователей и областей исследований, таких как исследования стволовых клеток.
В 2007 году Национальные институты здравоохранения (NIH) запустил проект эпигеномики дорожной карты . Цель проекта - разработка общедоступных эталонных карт эпигеномов различных типов клеток. Эти эпигенетические карты предназначены для предоставления ресурсов для изучения эпигенетических событий, которые подчеркивают человеческое развитие, разнообразие и болезни. Об аналогичных усилиях см. Проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), инициативы которого дополняют проект Roadmap Epigenomics.
эпигеном состоит из записи химических изменений белков ДНК и гистонов в организме. Эти химические изменения влияют на экспрессию генов во многих типах тканей и стадиях развития. Эти эпигенетические изменения включают методы изменения экспрессии генов, которые не включают изменений в лежащей в основе первичной последовательности ДНК; к ним относятся метилирование ДНК, подавление гена и структура хроматина, а также участие некодирующей РНК.