МутацияTaster

MutationTaster - это бесплатное веб-приложение для оценки вариантов последовательностей ДНК на предмет их болезнетворного потенциала. Программное обеспечение выполняет серию тестов in silico для оценки влияния варианта на продукт гена / белок. Тесты проводятся как на уровне белка, так и на уровне ДНК, поэтому MutationTaster не ограничивается заменами отдельных аминокислот, но также может работать с синонимичными или интронными вариантами.

Содержание

• 1 Предпосылки
• 2 Подход и испытания
• 3 Развитие
• 4 ссылки
• 5 Внешние ссылки

Задний план

Многие генетические нарушения могут быть вызваны мутацией одного гена. Однако новые методы секвенирования показали, что у одного человека может быть до 3,5 миллионов изменений во всем геноме, большинство из которых не оказывает вредного воздействия на здоровье. Таким образом, задача инструментов прогнозирования состоит в том, чтобы отфильтровать безвредные мутации от вызывающих болезни. Важно отметить, что эти инструменты не предназначены для прогнозирования источников сложных заболеваний, таких как рак. Последние обычно не имеют моногенной причины, а вызваны множественными дефектами генов, которые в совокупности развиваются в заболевание.

Подход и тесты

Mutation Taster написан на Perl и может обрабатывать данные секвенирования нового поколения для всех основных платформ (Roche 454, Illumina Genome Analyzer и ABI SOLiD). Программа сначала отбрасывает известные безвредные полиморфизмы мутаций, сравнивая их с интегрированными базами данных. Остальные SNP ( однонуклеотидный полиморфизм ) тестируются в соответствии с изменением генов, которое они вызывают:

• Тихие синонимичные или интронные изменения, не приводящие к обмену аминокислот
• Мутации, влияющие на одну аминокислоту
• Мутации, вызывающие сложные изменения аминокислотной последовательности (например, инделки )

Для определения природы данного SNP выполняется несколько тестов. Эти тесты включают (среди прочего):

• аминокислотные замены
• сохранение затронутых аминокислот
• потенциальная потеря функциональных белковых доменов
• длина белка
• влияние на сращивание
• сохранение на уровне ДНК (phastCons / phyloP)
• потенциальная отмена регуляторных элементов (таких как сайты связывания факторов транскрипции)

Интегрированные источники данных (среди прочего):

• Ансамбль
• UniProt
• ClinVar
• ExAC
• Проект 1000 геномов
• филоп
• phastCons

Затем отдельные результаты оцениваются наивным байесовским классификатором, который решает, может ли их комбинированный эффект быть вредным для белка. «Необработанная» точность MutationTaster составляет около 90%, с учетом знаний об общих (безвредных) полиморфизмах и известных мутациях болезней фактическая скорость правильной классификации намного выше. Результат теста объясняет, является ли изменение известной или предсказанной безвредной или вызывающей заболевание мутацией, и дает подробную информацию о мутации.

Важно отметить, что предсказания клинических эффектов мутаций страдают от недостатка специфичности, что, по-видимому, является общим ограничением для всех недавно использовавшихся методов прогнозирования, включая упомянутые выше. Несмотря на это, прогнозы, полученные с помощью этих методов, имеют почти абсолютную чувствительность. Результаты методов прогнозирования часто используются некритически, особенно неспециалистами в данной области.

Развитие

Разработка MutationTaster началась в 2007 году, программное обеспечение доступно в Интернете с 2009 года. MutationTaster размещен в Charité Berlin, а его текущими разработчиками являются Оливия Эбнер, Даниэла Хомбах, Маркус Шюльке, Яна Мари Шварц, Доминик Зелоу. Текущие усилия сосредоточены на интеграции мутаций, которые не изменяют напрямую гены, кодирующие белки, но влияют на регуляцию и экспрессию генов.

Ссылки

внешние ссылки

• Официальный сайт | [1]