Молекулярная конфигурация из молекулы является постоянной геометрией, которая является результатом пространственного расположения ее облигаций. Способность одного и того же набора атомов образовывать две или более молекул с разными конфигурациями является стереоизомерией. Используемые в качестве лекарственных средств соединения с разной конфигурацией обычно обладают различной физиологической активностью, включая желаемый фармакологический эффект, токсикологию и метаболизм.
Конфигурация отличается от химической конформации, формы, достижимой вращением связей.