Пептидаза_M48 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Условное обозначение | Пептидаза_M48 | ||||||||
Pfam | PF01435 | ||||||||
Клан пфам | CL0126 | ||||||||
ИнтерПро | IPR001915 | ||||||||
МЕРОПЫ | M48 | ||||||||
OPM суперсемейство | 394 | ||||||||
Белок OPM | 4aw6 | ||||||||
Мембранома | 317 | ||||||||
|
Пептидаза_M50 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Условное обозначение | Пептидаза_M50 | ||||||||
Pfam | PF02163 | ||||||||
Клан пфам | CL0126 | ||||||||
ИнтерПро | IPR008915 | ||||||||
МЕРОПЫ | M50 | ||||||||
OPM суперсемейство | 184 | ||||||||
Белок OPM | 3b4r | ||||||||
|
Металлопротеиназы или металлопротеиназы, является любой протеазы фермент, чей каталитический механизм включает в себя металл. Примером этого может быть ADAM12, который играет важную роль в слиянии мышечных клеток во время развития эмбриона в процессе, известном как миогенез.
Большинству металлопротеаз требуется цинк, но некоторые используют кобальт. Ион металла координируется с белком через три лиганда. Лиганды, координирующие ион металла, могут варьироваться в зависимости от гистидина, глутамата, аспартата, лизина и аргинина. Четвертую координационную позицию занимает лабильная молекула воды.
Обработка хелатирующими агентами, такими как ЭДТА, приводит к полной инактивации. ЭДТА - хелатор металлов, который удаляет цинк, необходимый для жизнедеятельности. Они также ингибируются хелатором ортофенантролин.
Выделяют две подгруппы металлопротеиназ:
В базе данных MEROPS семейства пептидаз сгруппированы по их каталитическому типу, первый символ представляет каталитический тип: A, аспарагиновая; С, цистеин ; G, глутаминовая кислота; М, металло; S, серин ; Т, треонин ; и U, неизвестно. Сериновые, треониновые и цистеиновые пептидазы используют аминокислоту в качестве нуклеофила и образуют промежуточный ацил - эти пептидазы также могут легко действовать как трансферазы. В случае аспарагиновой, глутаминовой и металлопептидаз нуклеофилом является активированная молекула воды. Во многих случаях структурная складка белка, которая характеризует клан или семейство, может потерять свою каталитическую активность, но при этом сохранить свою функцию распознавания и связывания белков.
Металлопротеиназы являются наиболее разнообразными из четырех основных типов протеаз, на сегодняшний день классифицировано более 50 семейств. В этих ферментах двухвалентный катион, обычно цинк, активирует молекулу воды. Ион металла удерживается на месте аминокислотными лигандами, обычно их три. Известными металлическими лигандами являются гистидин, глутамат, аспартат или лизин, и для катализа требуется по крайней мере еще один остаток, который может играть электрофильную роль. Из известных металлопротеаз около половины содержат мотив HEXXH, который, как было показано в кристаллографических исследованиях, является частью сайта связывания металла. Мотив HEXXH является относительно распространенным, но для металлопротеаз его можно более строго определить как abXHEbbHbc, где a чаще всего представляет собой валин или треонин и образует часть субсайта S1 в термолизине и неприлизине, b - незаряженный остаток. и 'c' гидрофобный остаток. Пролин никогда не встречается в этом сайте, возможно, потому, что он нарушил бы спиральную структуру, принятую этим мотивом в металлопротеазах.
Металлопептидазы семейства M48 представляют собой интегральные мембранные белки, связанные с эндоплазматическим ретикулумом и Гольджи, связывающие один ион цинка на субъединицу. Эти эндопептидазы включают СА пренили протеазы 1, который протеолитический удаляет С-концевыми три остатков из farnesylated белков.
Ингибиторы металлопротеиназ обнаружены у многих морских организмов, включая рыб, головоногих моллюсков, водоросли и бактерии.
Члены семейства металлопептидаз М50 включают протеазу сайта 2, связывающую стерин-регуляторный элемент (SREBP) млекопитающих, и протеазу EcfE Escherichia coli, белок FB стадии споруляции IV.