База данных мембран

База данных мембран предоставляет структурную и функциональную информацию о более чем 6000 однопроходных (битопных) трансмембранных белков из Homo sapiens, Arabidopsis thaliana, Dictyostelium discoideum, Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli и Methanocaldococcus jannaschii. Белки битопической мембраны состоят из одной трансмембранной альфа-спирали, соединяющей водорастворимые домены белка, расположенные на противоположных сторонах биологической мембраны. Эти белки часто участвуют в передаче сигналов и коммуникации между клетками многоклеточных организмов.

База данных предоставляет информацию об отдельных белках, включая сгенерированные с помощью вычислений трехмерные модели их трансмембранных альфа-спиралей, пространственно расположенных в мембране, топологию, внутриклеточную локализацию, аминокислотные последовательности, архитектуру домена, функциональную аннотацию и доступные экспериментальные структуры из банка данных по белкам.. Она также обеспечивает классификацию bitopic белков в 15 функциональных классов, более 700 структурных надсемейств и 1400 семей, наряду с 3D - структур bitopic белковых комплексов, которые также классифицируются к разным семействам. Вторая версия Membranome предоставляет 3D-модели более 2000 параллельных гомодимеров, образованных TM α-спиралями битопных белков из разных организмов, которые были созданы с помощью программы TMDOCK. Модели гомодимеров были проверены путем сравнения с имеющимися экспериментальными данными для почти 600 белков. База данных включает загружаемые файлы координат трансмембранных спиралей и их гомодимеров с рассчитанными границами мембран.

Веб-сайт базы данных обеспечивает доступ к соответствующим веб-серверам, FMAP и TMDOCK, которые были разработаны для моделирования отдельных альфа-спиралей и их димерных комплексов в мембранах. База данных и веб-серверы использовались в экспериментальных и биоинформатических исследованиях битопических мембранных белков.