Список программного обеспечения для масс-спектрометрии

редактировать

Статья со списком в Википедии

Программное обеспечение для масс-спектрометрии - это программное обеспечение, используемое для сбора данных, анализ или представление в масс-спектрометрии.

Содержание

1 Программное обеспечение для протеомики
- 1.1 Алгоритмы поиска в базе данных
- 1.2 Алгоритмы секвенирования De novo
- 1.3 Алгоритмы поиска гомологии
2 МС / МС количественное определение пептидов
3 Другое программное обеспечение
4 См. также
5 Ссылки
6 Внешние ссылки

Программное обеспечение Proteomics

В масс-спектрометрии белков тандемной масс-спектрометрии (также известные как MS / MS или MS) эксперименты используются для идентификации белка / пептида. Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и поиск de novo. Первый поиск выполняется в базе данных, содержащей все последовательности аминокислот, которые предположительно присутствуют в анализируемом образце, тогда как последний позволяет вывести пептидные последовательности без знания данных генома.

Алгоритмы поиска в базе данных

Имя	Тип	Описание
ProSightPC и ProSightPD	проприетарные	ProSightPC / PD программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных UniProt. Используя набор известных протеоформ, программное обеспечение может эффективно искать известное пространство протеоформ, идентифицируя и характеризуя протеоформы.
TopPIC	с открытым исходным кодом	TopPIC (Идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров против белка база данных последовательностей. TopPIC является преемником MS-Align +. Он эффективно идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (PTM), точно оценивает статистическую значимость идентификаций и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Он использует несколько методов, таких как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и оценка идентификации модификации (MIScore), для увеличения скорости, чувствительности и точности.
TopMG	открытый исходный код	TopMG (Идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графиков) - это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множественными вариабельными PTM и неожиданными изменениями, такие как протеоформы гистонов и фосфорилированные. Он использует массовые графы, которые эффективно представляют кандидатные протеоформы с несколькими переменными PTM, чтобы увеличить скорость и чувствительность идентификации протеоформ. Кроме того, для фильтрации последовательностей белков используются методы приблизительной спектральной фильтрации, а для оценки статистической значимости идентификаций используется метод Монте-Карло с цепью Маркова (TopMCMC).
Andromeda (часть MaxQuant)	бесплатное программное обеспечение	Andromeda - это поисковая система пептидов, основанная на вероятностной оценке. В отношении протеомных данных Andromeda работает так же, как Mascot, широко используемая коммерческая поисковая машина, если судить по анализу чувствительности и специфичности, основанному на поиске ложных целей. Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью массы фрагментов, он способен назначать и оценивать сложные шаблоны посттрансляционных модификаций, таких как сильно фосфорилированные пептиды, и вмещает чрезвычайно большие базы данных. Andromeda может работать независимо или интегрироваться в MaxQuant. Эта комбинация позволяет анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. Идентификация ко-фрагментированных пептидов увеличивает количество идентифицированных пептидов. Разработан Юргеном Коксом и другими из Института биохимии Макса Планка.
Byonic	, проприетарный	алгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc., с оригинальными разработками PARC, который выполняет поиск данных МС / МС со всех типов инструментов и внутренне использует программу Combyne, которая объединяет идентификацию пептидов для получения оценок белков и вероятностей идентификации.
Comet	открытый исходный код	алгоритм поиска в базе данных, разработанный в Вашингтонском университете, доступный для Windows и Linux. Обратите внимание, что Comet - это просто двоичный файл командной строки, который выполняет поиск в базе данных MS / MS. Он принимает спектры в некотором поддерживаемом формате ввода и записывает файлы.pep.xml,.pin.xml,.sqt и / или.out. Вам понадобится какой-то другой инструмент (а) поддержки, чтобы действительно использовать результаты Comet (графический интерфейс доступен только для Windows).
Tide (переписанный Crux)	с открытым исходным кодом	Tide - это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был полностью переработан, чтобы добиться тысячекратного увеличения скорости при точном воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Разработан в Вашингтонском университете.
Грейлаг	с открытым исходным кодом	Алгоритм поиска в базе данных, разработанный в Институте медицинских исследований Стоуэрса и предназначен для выполнения большого поиска по вычислительные кластеры с сотнями узлов.
InsPecT	с открытым исходным кодом	Алгоритм поиска MS-выравнивания доступен в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего
Mascot	запатентованный	Выполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами.
MassMatrix	бесплатное ПО	MassMatrix - это алгоритм поиска в базе данных для тандема масс-спектрометрические данные. Для ранжирования совпадений пептидов и белков используется модель вероятностной оценки, чувствительная к массе.
MassWiz	открытый исходный код	Алгоритм поиска, разработанный в Институте геномики и интегративной биологии, доступен как инструмент командной строки Windows.
MS-GF +	с открытым исходным кодом	MS-GF + (также известный как MSGF + или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров MS / MS против пептидов, полученных из базы данных последовательностей белков. Он поддерживает стандартный входной файл HUPO PSI (mzML) и сохраняет результаты в формате mzIdentML, хотя результаты можно легко преобразовать в TSV. ProteomeXchange поддерживает отправку полных данных с использованием результатов поиска MS-GF +. Разработан в Центре вычислительной масс-спектрометрии при Калифорнийском университете в Сан-Диего, а затем работал в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL)
MSFragger	бесплатное ПО	Быстрый поиск в базе данных на основе эффективной индексации ионных фрагментов. Возможность открытого (толерантного к массе) поиска для посттрансляционных модификаций открытие, O- и N-связанных гликопротеомических поисков, полу- и неферментативных поисков в дополнение к традиционным поискам в базе данных. Разработана в Мичиганском университете.
MyriMatch	с открытым исходным кодом	Программа поиска в базе данных, разработанная в Медицинском центре Университета Вандербильта и предназначена для работы в одно- компьютерная среда или весь кластер узлов обработки.
MS-LAMP	Open Source	Автономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации ионизации электрораспылением (ESI) и / или с помощью матрицы данные масс-спектрометрии липидов с лазерной десорбцией и ионизацией (MALDI).
OMSSA	бесплатно	Открытый алгоритм поиска масс-спектрометрии (OMSSA) - это эффективная поисковая машина для идентификации пептидов MS / MS спектры путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA оценивает значимые совпадения с помощью шкалы вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST. Он разработан в Национальном центре биотехнологической информации.
PEAKS DB	проприетарная	поисковая машина в базе данных, работающая параллельно с секвенированием de novo для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет получать большее число найденных последовательностей для данного коэффициента ложного обнаружения. В дополнение к обеспечению независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены как часть многопроцессорного программного обеспечения (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) консенсусного инструмента отчетности inChorus. Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно путем секвенирования de novo.
pFind	freeware	pFind Studio - это вычислительное решение для протеомики, основанное на масс-спектрометрии. Оно появилось в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
Phenyx	запатентованный	Разработан Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве со Швейцарским институтом биоинформатики (SIB). Phenyx включает OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые могут быть адаптированы для всех видов инструментов, инструментальных установок и общих методов обработки образцов.
ProbID	с открытым исходным кодом	PI - мощный пакет для анализа тандемного масс-спектра. ProbID стремится удовлетворить потребность в глубоком анализе тандемного масс-спектра, включая правила фрагментации, предпочтение расщепления, нейтральные потери и т. Д. Разработано в группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
ProLuCID	freeware	ProLuCID - это быстрая и чувствительная программа идентификации белков на основе тандемных масс-спектров, недавно разработанная Тао Сю и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса.
Программное обеспечение ProteinPilot	запатентованное	Использует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который сочетает в себе создание коротких тегов последовательностей ('taglets') для вычисления значений температуры последовательности и оценок вероятностей признаков, чтобы обеспечить идентификацию пептидов с учетом сотни модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Использует алгоритм Pro Group для анализа логического вывода белков, чтобы сообщить минимальный набор белков, обоснованный на основе данных о пептидах. Поддерживает количественную оценку рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Слой перевода переводит элементы управления пользовательского интерфейса на язык исследователя-протеомика в базовые комплексные параметры информатики.
Protein Prospector	open source	Protein Prospector - это пакет, содержащий около двадцати протеомных анализов. инструменты, разработанные в Калифорнийском университете в Сан-Франциско. Программное обеспечение для тандемного масс-спектрометрического поиска - это Batch-Tag / Batch-Tag Web, при этом результаты обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare. Он использует системы оценки, адаптированные к инструментам и режиму фрагментации, чтобы оптимизировать анализ различных типов данных фрагментации.
RAId	lost	Надежная точная идентификация (RAId), разработанная в Национальном центре биотехнологической информации, представляет собой набор инструментов протеомики для анализа данных тандемной масс-спектрометрии с точной статистикой.
SEQUEST	проприетарный	Идентифицирует коллекции тандемных масс-спектров для пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных последовательностей белков.
SIMS	с открытым исходным кодом	SIMS (поиск последовательных интервалов) - это программный инструмент, предназначенный для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам; пользователям не нужно характеризовать потенциальные PTM. Вместо этого пользователям нужно только указать диапазон масс модификации для каждой отдельной аминокислоты.
SimTandem	freeware	Механизм поиска по базе данных для идентификации пептидных последовательностей с помощью ЖХ / МС / МС данные; механизм может использоваться в качестве внешнего инструмента в OpenMS / TOPP.
SQID	с открытым исходным кодом	SeQuence IDentification (SQID) - это идентификация белка с включенной интенсивностью алгоритм тандемной масс-спектрометрии.
X! Tandem	открытый исходный код	Сопоставляет тандемные масс-спектры с пептидными последовательностями.
WsearchVS2020	бесплатное ПО	Программное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные на коммерческих приборах МС. Может также выполнять поиск / сопоставление коммерческой базы данных NIST.

Алгоритмы секвенирования De novo

Алгоритмы секвенирования пептидов De novo в основном основаны на подходе, предложенном в Bartels et al. (1990).

Имя	Тип	Описание
CycloBranch	с открытым исходным кодом	Автономный, кроссплатформенный и открытый - исходный механизм de novo для идентификации нерибосомных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленных) на основе точных спектров продуктовых ионов. полученные с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, доставляющих полные и / или частичные пептидные последовательности (теги последовательностей).
DeNoS		Секвенирование пептидов с использованием всей информации из спектров CAD и ECD; часть программного инструмента Proteinmatching Analysis Software (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS).
Lutefisk	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для de novo интерпретация спектров CID пептидов.
Novor	запатентованный, бесплатный для академических исследований	Механизм de novo пептидного секвенирования в реальном времени, который является быстрым, точным и простым для интеграции в исследовательские программы. Novor может de novo секвенировать более 300 спектров МС / МС в секунду на портативном компьютере Macbook Pro.
PEAKS	запатентованная	Секвенирование de novo для каждого пептида, оценки достоверности при назначении отдельных аминокислот с В ручном режиме и при автоматическом секвенировании de novo всего цикла ЖХ данные обрабатывались быстрее, чем 1 спектр в секунду.
Supernovo	запатентованный	Уникальное решение для непрерывной работы без помощи рук. end de novo секвенирование моноклональных антител

Алгоритмы поиска гомологии

Название	Тип	Описание
MS-Homology	открытый исходный код	MS-Homology - это программа поиска в базе данных в пакете Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, которые объединяют массы и аминокислотные отрезки, где можно указать количество допустимых несоответствий аминокислот.
SPIDER	запатентованный	Алгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться вместе с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS.

Количественное определение пептидов МС / МС

Название	Тип	Описание
Программное обеспечение MarkerView	собственное	Коммерческое программное обеспечение для статистического анализа количественные наборы данных масс-спектрометрии из приложений метаболомики и протеомного профилирования.
Mascot Distiller	патентованное	Программное обеспечение для пикового измерения и предварительной обработки исходных данных. Имеет дополнительный набор инструментов для количественной оценки без меток, а также для изобарической метки и изотопной метки. Поддерживает необработанные форматы файлов от всех основных поставщиков инструментов.
Mascot Server	проприетарный	Поисковая машина поддерживает количественную оценку на основе изобарической маркировки, если вся необходимая информация является частью спектра МС / МС.
MassChroQ	с открытым исходным кодом	Количественный анализ пептидов без метки или различных методов мечения изотопов (SILAC, ICAT, N-15, C-13…), работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения, поддерживает комплексную обработку данных, например фракционирование пептидов или белков перед анализом ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. Д.).
MaxQuant	бесплатно	Программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка в Мартинсрид, Германия написано на C #, что позволяет проводить анализ протеомических экспериментов на основе без метки и SILAC.
Программное обеспечение MultiQuant	запатентованное	Может обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Acquisition.
OpenMS / TOPP	открытый исходный код	Программная библиотека C ++ для управления данными ЖХ-МС / МС и анализа, которая предлагает инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Позволяет количественное определение пептидов и метаболитов, поддерживая количественное определение без метки и количественное определение на основе изотопных меток (например, iTRAQ и TMT и SILAC ), как а также целевой количественный анализ SWATH-MS.
Веб-сайт OpenPIP	, открытый доступ	OpenPIP - это веб-инструмент с открытым доступом, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пики, полученные в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на рекуррентных нейронных сетях и было обучено огромному количеству аннотированных вручную хроматографических пиков.
ProtMax	freeware	ProtMAX - это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии протеомики дробовика, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета.
Spectronaut	запатентованное	Коммерческое программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) на основе алгоритма mProphet, позволяющего проводить целевой анализ сбора данных, не зависящих от данных (DIA) наборы данных для количественного определения пептидов без меток, также называемого приобретением SWATH.
Skyline	с открытым исходным кодом	Клиентское программное обеспечение Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss в Университете Вашингтон, который поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций ( PRM - Target MS / MS), сбора данных (DIA / SWATH) и целевого DDA с количественными методами MS1 и анализа результирующей массы данных спектрометра.
Программное обеспечение SWATH 2.0	запатентованное	Инструмент коммерческой обработки программного обеспечения в PeakView, который позволяет целенаправленно обрабатывать данные сбора данных SWATH. Используя библиотеку белков / пептидных, генерируют ионные хроматограммы с экстракцией ионных фрагментов (XIC), оценивают и количественно определяют пептиды из библиотеки. После анализа частоты ложных открытий (FDR) результаты фильтруются, количественные данные о пептидах / белках могут быть экспортированы для статистического анализа.
BACIQ	с открытым исходным кодом	BACIQ - это математически строгий подход, который объединяет мощности пептидов и соответствие измерения пептидов в доверительные интервалы для источниковений белков (BACIQ). BACIQ - это: 1) он устраняет необходимость порогового значения предполагаемого пептидного сигнала на основе произвольного отсечения, тем самым сообщая больше измерений из данного эксперимента; 2) доверие может быть присвоено без повторов; 3) для повторных экспериментов BACIQ обеспечивает доверительные интервалы для объединения, а не пересечение количественно определенных белков; 4) для повторных экспериментов доверительные интервалы BACIQ более предсказуемы, чем доверительные интервалы, основанные на согласовании измерений белка.

Другое программное обеспечение

Название	Тип	Описание
HIquant	с открытым исходным кодом	Модель из первых алгоритмов и алгоритм для количественной оценки стехиометрия протеоформ на основе восходящих данных.
TopFD	с открытым исходным кодом	TopFD (Нисходящее масс-спектральное обнаружение) - это программный инструмент для нисходящей спектральной деконволюции и преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и конвертирует изотопомерные оболочки в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает свойства протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС.
ArtIST от Clover Biosoft	проприетарный	(Artificial Intelligence Straing Typing) MALDI-TOF инструменты анализа данных MS и обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного обучения. Артист - это онлайн-сервис.
Advanced Chemistry Development	запатентованный	Коммерческие решения для интерпретации данных MS и xC / MS с согласованием структуры / структуры, указанием известных и неизвестных метаболитов, а также для идентификации соединений с помощью спектрального сравнения.
Аналитик	патентованное	Программное обеспечение от AB Sciex, подразделение Danaher Corporation.
AnalyzerPro	проприетарное	Независимое программное приложение от производителя из SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС с использованием качественной и количественной обработки данных и используется в метаболомике с помощью MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно расширен и включает инструменты статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyzerPro XD - это 64-битная версия, которая включает поддержку двухмерной обработки данных, такую как GCxGC-MS.
CFM-ID	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для in-silico прогнозирования спектров ESI-MS / MS, аннотации спектров MS / MS и идентификации соединений на основе MS / MS. Разработано в Wishartlab
Chromeleon	проприетарное	Программное обеспечение Thermo Fisher Scientific, используемое с масс-спектрометрическими приборами, а также с приборами для хроматографии.
Crosslinx	с открытым исходным кодом	Идентифицируйте сшитые пептиды из файлов mzML. Скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно для больших баз данных с двухэтапным подходом.
DeNovoGUI	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение с графическим пользовательским интерфейсом для запуска параллельных вариантов свободно доступных программных инструментов для секвенирования novo Novor и PepNovo +.
Easotope	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для архивирования, систематизации и анализа данных масс-спектрометра. В настоящее время ориентирован на анализ слипшегося CO 2, но также полезен для работы с объемным CO 2 и может быть расширен для других изотопных систем.
[El-MAVEN]	с открытым исходным кодом	Настольное программное обеспечение от Elucidata для обработки помеченных данных ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС / МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с использованием аналитического интерфейса для хранения и анализа, такого как относительный поток и количественная оценка.
ESIprot		Позволяет определить состояние заряда и вычислить молекулярную массу для ионизации электроэнергией с низким разрешением (ESI) данные масс-спектрометрии (МС) белков.
Экспрессионист	private	Корпоративное программное решение от Genedata для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в области применения, таких как определение характеристик биотерапевтических средств, мониторинг качества и связанные с ними приложения для протеомики и метаболомики.
KnowItAll Программное обеспечение для спектроскопии и библиотека масс-спектров	запатентованное	Программное обеспечение от Wiley решения для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (, структура,, свойство и т. д.), обработка, построение базы данных (МС или несколько методов, включая ИК, Раман, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральное вычитание, а также инструменты для составления отчетов и построения ChemWindow.
LabSolutions LCMS	запатентованное	программное обеспечение от Shimadzu Corporation, используемое с масс-спектрометрией и приборами для ВЭЖХ.
Mass ++	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для анализа масс-спектрометрии, которое может импортировать и экспортировать файлы с открытыми форматами (mzXML, mzML) и загрузить некоторые форматы поставщиков приборов ; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции как плагины Mass ++.
MassBank.jp	веб-сайт	веб-сайт Института передовых биологических наук в университете Кейо, город Цуруока, Ямагата, Япония с данными масс-спектрометрии соединений.
MassBank.eu	сайт	Европейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и размещается в Центре экологических исследований им. Гельмгольца (Лейпциг, Германия)
MassBank	с открытым исходным кодом	Веб-сайт разработки MassBank и RMassBank, предоставляющий Консорциум MassBank. Данные MassBank доступны по лицензии Creative Commons.
Запатентованное программное обеспечение MassCenter		от JEOL, используемое с масс-спектрометрическими приборами.
Mass Frontier	запатентованное	Программное обеспечение, используемое для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул.
MassLynx	проприетарное	Программное обеспечение от Waters Corporation.
MassMap	патентованное	Пакет программного обеспечения общего назначения для автоматической оценки данных МС с С помощью, подходит для ЖХ / и ГХ / МС всех видов молекул, анализа неповрежденных масс-спектров белков, анализа данных общих экспериментов HDX и анализа фрагментов HDX пептидов с определенным методом идентификации неожиданных / неизвестных компонентов даже в очень сложных смесях.
Mass-Up	open-source	Утилита для протеомики, разработанная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV и позволяет использовать коррекцию, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и согласование пиков. Кроме того, он позволяет применять методы машинного обучения и методы биоразнообразия обработанных данных для обнаружения статистических данных, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов.
massXpert	GPL с открытым исходным кодом	Графическое пользовательское программное обеспечение на основе интерфейса (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров. Преемник polyxmass. Программа из комплекса программного обеспечения msxpertsuite.org.
matchms	открытый код	библиотека Python для импорта, очистки, обработки и количественного сравнения спектров МС / МС.
База данных и технологическая платформа МЕТЛИН	запатентованная	Созданная в 2003 году, МЕТЛИН теперь включает более миллиона молекул, включая липиды, стероиды, метаболиты растений и бактерий, небольшие пептиды и т. Д. углеводы, экзогенные препараты / метаболиты, центральные углеродные метаболиты и токсиканты. Метаболиты и другие небольшие молекулы были индивидуально проанализированы для получения как эмпирических, так и in silico данных МС / МС.
mineXpert	GPL с открытым исходным кодом	Программное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса (GUI) для визуализации / анализа масс-спектральных данных. Поддерживает масс-спектрометрию ионной подвижности.. Программа из комплекса программного обеспечения msxpertsuite.org.
mMass	с открытым исходным кодом	Многоплатформенный пакет инструментов для анализа и интерпретации масс-спектрометрических данных, написанный на Python (больше не разработан).
MolAna		MolAna была предоставлена Phenomenome Discoveries Inc, (PDI) для использования в молекулярном анализаторе 3Q IONICS Mass Spectrometry Group, тройном квадрупольном масс-спектрометре
ms2mz	бесплатное ПО	Утилита для преобразования файлов масс-спектрометрических форматов, например, для преобразования проприетарных двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки файлов для загрузки в Proteome Cluster.
MSGraph	с открытым исходным кодом
MSight	бесплатно	Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарским институтом биоинформатики.
MSiReader	бесплатное ПО	Не зависящий от поставщика интерфейс, созданный на платформе Matlab, предназначенный для просмотра и анализа данных масс-спектрометрической визуализации (MSI). Matlab не требуется для использования MSiReader.
mspire	open-source	Набор инструментов для разработчиков информатики масс-спектрометрии, написанный на ruby, который включает считывающее / записывающее устройство mzML, расщепление in-silico и расчет изотопного образца и т. Д.; подмодули, такие как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональные возможности.
MSqRob	с открытым исходным кодом	R-пакет с графическим пользовательским интерфейсом для надежного дифференциального анализа численности без использования меток количественных данных протеомики.
Multimaging		Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации изображений МС.
multiMS-toolbox	open source	ms-alone и multiMS-toolbox - это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа.
mzCloud	website	Интернет-база данных масс-спектров, которая включает в себя коллекцию данных тандемной масс-спектрометрии с высоким и низким разрешением, полученными в ряде экспериментальных условий.
MZmine 2	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с основным упором на данные ЖХ-МС.
OmicsHub Proteomics		OmicsHub Proteomics сочетает в себе LIMS для управления информацией о массовых спецификациях анализа функций на одной платформе.
OpenChrom	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое может быть расширено с помощью плагинов и доступно для нескольких операционных систем (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и архитектур процессоров (x86, x86_64, ppc). с конвертерами для собственного доступа к различным файлам данных, например конвертеры для форматов файлов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian.
ORIGAMI	с открытым исходным кодом	Программный пакет для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии ионной подвижности. ORIGAMI был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS / развертки, вызванной столкновениями (CIU), и обеспечения бесшовной визуализации результатов. Недавно ORIGAMI был изменен, чтобы в большей степени воспринимать не относящиеся к MS, и позволяет визуализировать результаты из других источников, а также позволяет экспортировать все результаты в интерактивном формате, где пользователь может поделиться любым набором данных и визуализировать его в интернет-браузере.
PatternLab	freeware	Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных с помощью DTASelect или Census.
pyOpenMS	с открытым исходным кодом	pyOpenMS - это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально для анализа данных протеомики и метаболомики в Python.
SIM-XL	бесплатно	Машина для идентификации сшитых пептидов (SIM-XL) - это быстрая и чувствительная поисковая машина XL, которая является частью PatternLab для среды протеомики, для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов.
Peacock	с открытым исходным кодом	Разработанное приложение им Mac OS X может объявить для интерпретации данных газовой хроматографии / масс-спектрометрии (ГХ / МС) файлы данных.
PeakInvestigator	патентованный	Эффективное улучшение разрешения в 3-4 раза при постобработке исходных данных профиля, выводимых из массовых спецификаций. Усовершенствованное программное обеспечение Veritomyx для обработки сигналов для обнаружения пиков, деконволюции и центроида необработанных данных масс-спектрометрии выявляет несколько пиков, скрытых в перекрывающихся данных. Примечательные особенности: улучшение на порядок точности массы и содержания для деконволюционных пиков; локальная динамическая базовая линия; усовершенствованный алгоритм пороговой обработки изменения в широком динамическом диапазоне; статистически управляемый и полностью автоматизированный (без изменений от пользователя к пользователю). Более полные и точные результирующие списки масс позволяют более быстрое и экономичное последующее определение правильных биомолекулярных идентификаций.
Pinnacle	Запатентованный	От всестороннего количественного определения многих тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией до завершения N- связанная процедура идентификации гликопротеинов с очень глубоким анализом характеристик белков, включая картирование пептидов, поиск с ошибками и анализ дисульфидов, все это доступно в едином программном обеспечении. Анализ сотен образцов создает большие проблемы с вариациями ЖХ и МС в течение нескольких месяцев после сбора данных, и программное обеспечение может автоматически исправить это. Возможности визуализации, редактирования и аннотации могут быть настроены для работы на высоком уровне белков или на гораздо более низком уровне переходов или изотопов.
PIQMIe	web	Proteomics Identification / Quantitations Data Management and Integration Service - это веб-инструмент, который помогает в надежном и масштабируемом управлении данными, анализе и визуализации полуколичественных (SILAC ) протеомные эксперименты.
POTAMOS	с открытым исходным кодом	Веб-приложение, которое предоставляет рассчитанные масс-спектрометрические данные независимо от оборудования, ориентированного на хорошо известное семейство белков гистонов, чьи PTM считается, что они играют решающую роль в регуляции генов; вычисляет вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих данной пептидной последовательности и данной массе.
ProMass	запатентованный	ProMass - это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и создания отчетов, который используется для обработки данных ESI / LC / MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует новый алгоритм деконволюции, ZNova, для получения деконволюционных масс-спектров без артефактов. ProMass в настоящее время доступен для платформ Thermo, Waters и Shimadzu. Он также доступен в "облегченном" формате на основе браузера под названием ProMass для Интернета, который не требует установки или загрузки программного обеспечения.
PROTRAWLER		Приложение для обработки данных ЖХ / МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от множества известных производителей приборов) и создает списки триплетов {масса, время удерживания, интегральная интенсивность сигнала}, обобщающие ЖХ / Хроматограмма МС.
ProteoIQ	запатентованное	Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных Mascot, SEQUEST или X! Tandem.
Proteomatic	Бесплатное ПО	Конвейер обработки данных, созданный с целью оценки масс-спектрометрических протеомических экспериментов.
ProteomicsTools	с открытым исходным кодом	Программное обеспечение для пост-анализа MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, Результат поиска в базе данных PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator.
ProteoWizard	с открытым исходным кодом	Библиотека ссылок и инструменты, которые представляют собой набор модульных и расширяемых кросс- инструменты платформы и библиотеки программного обеспечения, которые облегчают анализ данных протеомики.
	патентованное	Облачное программное обеспечение для анализа протеомических данных, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet и обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотации данных.
Положение	с открытым исходным кодом	Облачное программное обеспечение, написанное на R для анализа протеомических данных, генерируемых MaxQuant. Это программное обеспечение предназначено для анализа данных дифференциальной количественной оценки и предоставляет инструменты, а также варианты визуализации для облегчения анализа. Можно обрабатывать данные без меток и данные с тандемными тегами.
pymzML	модуль с открытым исходным кодом	Python для интерфейса mzML data в Python на основе cElementTree с дополнительные инструменты для MS-информатики.
Pyteomics	Фреймворк с открытым исходным кодом	A Python для анализа протеомических данных.
Quantem		Программное обеспечение для количественной оценки ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Kruvelab, распространяется Quantem Analytics
Quantinetix		. Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований, которое совместимо с множеством инструментов MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo и iMZML.
Надстройка Excel Rational Numbers	запатентованный	инструмент идентификации De novo, работает с Microsoft Excel 2010, Excel 2013 и Excel 2016.
Rational Numbers Search	патентованный	Идентификация малых форм сравнения данных о фрагментации точной массой с базой данных из 250000 молекул, представленных в виде математических разделов
REGATTA		Приложение для сравнения списков ЖХ / МС, которое работает с ProTrawler (но принимает ввод в форме Excel / CSV) для предоставления среды для списков фильтрации и нормализации списков результатов ЖХ / МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}.
RemoteAnalyzer	проприетарное	Программное обеспечение от SpectralWorks для независимых от поставщика решений на базе клиент / сервер с открытым доступом для обеспечения быстрого доступа и использования ЖХ-МС и ГХ-МС система данных; поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживает приборы ЯМР и обработку данных.
Scaffold	запатентованный	Набор протеомных инструментов для анализа спектров, пептидов и белков в нескольких образцах.
	проприетарное	программное обеспечение следующего поколения от SCIEX, управляющее масс-спектрометрами серии X и поддержка анализа данных, полученных с помощью пакета программного обеспечения Analyst.
SCiLS Lab		Статистический анализ данных масс-спектрометрии изображений MALDI, которые интегрируются с изображениями Bruker MALDI.
SimGlycan	запатентованный	Предсказывает структуру гликанов и гликопептидов с использованием данных масс-спектрометрии MS / MS.
SIMION	патентованная	программа моделирования ионной оптики
Spectrolyzer		Spectrolyzer - это программный пакет на базе Microsoft Windows, который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров, ориентированных на поиск биомаркеров белка и обнаружение белковых отклонений.
Spectromania	запатентованное	Программное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных.
	бесплатное программное обеспечение	Программное обеспечение для идентификации сшитых пептидов по масс-спектрометрическим данным, записанным на Java, который можно использовать для широкого спектра перекрестных линкеров и протеаз, используемых в эксперименте перекрестного связывания MS; он сравнивает теоретические комбинации пептид-пептидных поперечных связей для анализируемых белков с данными МС / МС.
Swiss Mass Abacus	открытый исходный код	Swiss Mass Abacus - это калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Он специально сделан таким же простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции.
TOF-DS	запатентованное	Программное обеспечение Markes International, используемое с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF
TurboMass	запатентованное	Программное обеспечение ГХ / МС от PerkinElmer.
Trans-Proteomic Pipeline (TPP)	open source	Trans-Proteomic Pipeline (TPP) представляет собой набор интегрированных инструментов для протеомики MS / MS, которая включает PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковых систем, iProphet для проверки отдельной пептидной последовательности с использованием результатов PeptideProphet (также может объединять результаты нескольких поисковых систем) и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием PeptideProphet ИЛИ iProphet результаты. TPP также выполняет количественную оценку белков с помощью XPRESS (расчет относительных количеств пептидов и белков из меченных изотопами образцов МС / МС), ASAPRatio (автоматический статистический анализ отношения белков; альтернатива XPRESS) и Libra (количественная оценка образцов с изобарической меткой (например, iTraq, TMT и др.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST, MSGF +, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Разработано в (SPC).
Универсальный калькулятор массы		Универсальный калькулятор массы (UMC) для Windows, написанный на C ++, представляет собой проприетарный набор инструментов для вычисления релевантной информации из формул суммы, например распределение изотопов, разность масс, отклонения массы и информация о массе / изотопах элементов, степень дейтерирования.
VIPER		Анализ точной массы и хроматографический анализ времени удерживания характеристик ЖХ-МС (подход с точной массой и временной меткой).
Xcalibur	запатентованное	Программное обеспечение от Thermo Fisher Scientific используется с масс-спектрометрическими приборами.
XCMS Online (облачная)	патентованная	Свободно доступная и наиболее широко используемая платформа для обработки метаболомных и липидомных данных с более чем 21 000 пользователей по состоянию на 2017 год.

См. Также

Формат данных масс-спектрометрии : список средств просмотра данных масс-спектрометрии и конвертеров формата.
Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белка

Ссылки

Внешние ссылки

Масса Программное обеспечение для спектрометрии в Curlie