Альфапедия

Список секвенированных пластомов

редактировать
Список геномов пластид, последовательность ДНК которых известна Карта гена пластома 156 kb Nicotiana tabacum. Карта пластидного генома размером 154 т.п.н. модельного цветкового растения (Arabidopsis thaliana : Brassicaceae). Высоко восстановленная пластомная карта размером 27 т.п.н. паразитического пластома Hydnora visseri.

A 110>- это геном пластиды, тип органеллы, обнаруженный в растениях и в различных протоктисты. Число известных последовательностей пластид генома быстро росло в первое десятилетие двадцать первого века. Например, 25 геномов хлоропластов были секвенированы для одного молекулярно-филогенетического исследования.

Цветковые растения особенно хорошо представлены в полных геномах хлоропластов. По состоянию на январь 2017 г. представлены все их заказы, кроме Commelinales, Picramniales, Huerteales, Escalloniales, Bruniales и Paracryphiales.

Компиляция всех доступных полных геномов пластид поддерживается NCBI в общедоступном хранилище.

Содержание
  • 1 Растения
    • 1.1 Bryophytes sl
    • 1.2 Папоротники и ликофиты
    • 1.3 Голосеменные
    • 1.4 Цветковые растения
  • 2 Зеленые водоросли
  • 3 Красные водоросли
  • 4 Глаукофиты
  • 5 Мета-водоросли и апикомлексоры
    • 5.1 Фотосинтетические хромальвеолаты
    • 5.2 Chlorarachniophytes
    • 5.3 Euglenophytes
    • 5.4 Apicomplexans
  • 6 Геномы нуклеоморфов
  • 7 Геномы цианелл
  • 8 См. Также
  • 9 Ссылки
  • 10 Внешние ссылки
Растения

Bryophytes sl

Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены СсылкаПримечания
Аневры 108,007печеночники-паразиты; пластом содержит много псевдогенов
Anthoceros 161,162122роголистник; обширное редактирование РНК пластома
Marchantia polymorpha 121,024печеночник
Nothoceros 153,208124роголистник
Pellia 120,546123печеночник
Physcomitrella patens 122,890118мох
Птилидиум 119,007122печеночник
Тортула сельский 122630мох

Папоротники и ликофиты

Секвенированные пластомы
Виды РазновидностьРазмер (bp )Гены СсылкаСемействоПримечания
Adiantum capillus-veneris 150,568Pteridaceae
Alsophila spinulosa 156,661117Cyatheaceae
Angiopteris evecta 153,901Marattiaceae
Equis etum arvense 133,309Equisetaceae
Huperzia lucidula 154,373Lycopodiaceae
Isoetes 145,303Isoetaceae
Psilotum nudum 138,829117Psilotaceae
Selaginella uncinata 138,829Selaginellaceae
Секвенированные пластомы папоротника и ликофита без информации о размере, количестве генов и / или ссылках.
Вид РазновидностьРазмер (bp )Гены СсылкаСемействоПримечания
Эквизетум hyemale Equisetaceae
Lygodium japonicum Lygodiaceae
Marsilea crenata Marsileaceae
Ophioglossum californicum Ophioglossaceae>Selaginella moellendorffii Selaginellaceae

Gymnosperms

Sequenced Plastomes
Виды РазновидностьРазмер (bp )Гены СсылкаСемействоПримечания
Cryptomeria japonica 131,810114Cupressaceae
Cycas micronesica Cycadaceae
Cycas taitungensis 163,403133Cycadaceae
Ephedra Ephedraceae
Ginkgo biloba 156,945134Ginkgoaceae
Gnetum Gnetaceae
Picea engelmannii Se404-851123,542114Pinaceae
Picea glauca PG29123,266114Pinaceae
Picea glauca WS77111123,4211 14Pinaceae
Picea sitchensis Q903124,049114Pinaceae
Pinus koraiensis 116,866Pinaceae
Pinus thunbergii 119,707Pinaceae
Podocarpus macrophyllus Podocarpaceae
Welwitschia mirabilis 119,726101Welwitschia 632>Цветущие растения

Ожидается, что в этой сортируемой таблице будут собраны полные пластидные геномы, представляющие самый большой диапазон размеров, количества генов и семейств покрытосеменных.

Секвенированные пластомы с полным размером генома, количеством уникальных генов, ссылкой и годом публикации.
Вид Размер (bp )Гены СсылкаГодСемействоПримечания
Acorus americanus 153,8192007Acoraceae
Agrostis stolonifera 135,5841102010Poaceae
Alniphyllum eberhardtii 155,3841132017Styracaceae
Альстромерия aurea1555101122013Alstroemeriaceae
Amborella trichopoda 162,6862003Amborellaceae
Anethum graveolens 153,3562007Apiaceae
Arabidopsis thaliana 154,4781999Brassicaceae
Atropa belladonna 156,6872002Solanaceae
Brachypodium distachyon 135,1991102010Poaceae
Buxus microphylla 159,0101132007Buxaceae
Calycanthus floridus var. Glaucus153,3371152003Calycanthaceae
Carpinus tientaiensis160,1041142017B etulaceae
157,7721132007Chloranthaceae
Citrus sinensis var. 'Ridge Pineapple'155,1892006Rutaceae
Cocos nucifera 154,7311302013Arecaceae
Coffea arabica 155,1892007Rubiaceae
Coix lacryma-jobi 140,7452009Poaceae
Conopholis americana 45,673422013Orobanchaceae нефосинтетический паразит
Cucumis sativus 155,2932007Cucurbitaceae
Cuscuta exaltata125,373 <860ae>2007Convolvulace
Cuscuta gronovii86,744862007Convolvulaceae
Cuscuta reflexa 121,521982007Convolvulaceae
Cypripedium formosanum 178,1312015Orchidaceae
Cytinus hypocistis 19,400232016Cytinaceae Holoparasitic 845>Daucus carota 155,9112006Apiaceae
Dioscorea elephantipes 152,6091122007Dioscoreaceae
Drimys granadensis 160,6041132006Winteraceae
Epifagus virginiana 70,028421992Orobanchaceae
Epipogium aphyllum 30,650272015Orchidaceae Mycoheterotrophic
Epipogium roseum19,047292015Orchidaceae Mycoheterotrophic
Erodium carvifolium116,9351072016Geraniaceae
Erodium chrysanthum168,946962016Geraniaceae
Erodium texanum 130,8121062011Geraniaceae
Eucalyptus globulus subsp. globulus160,2862005Myrtaceae
Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale159,5992008Polygonaceae
Geranium palmatum155,7941052011Geraniaceae
Глицин max 152,2182005Fabaceae
Gossypium barbadense 160,3171142006Malvaceae
Gossypium hirsutum 160,3012006Malvaceae
Helianthus annuus 151,1042007Asteraceae
Hordeum vulgare subsp. vulgare136,4821102010Poaceae
Hydnora visseri 27,233242016Aristolochiaceae Нефотосинтетический голопаразит
Illicium oligandrum148,5521132007Schisandraceae (sensu APG III )
Ipomoea purpurea 162,0462007Convolvulaceae
Jasminum nudiflorum 165,1212007Oleaceae
Juglans regia 160,3671292017Juglandaceae
Lactuca sativa 152,7652007Asteraceae
Lemna minor 165,9552008Araliaceae
Licania alba162,4671122014Chrysobalanaceae
Lilium longiflorum 152,7931142013Liliaceae
Liriodendron tulipifera 159,8662006Magnoliaceae
Lolium perenne 135,2821102010Poaceae
Lonicera japonica 155,0782010Caprifoliaceae
Лотос японская icus 150,5192000Fabaceae
Manihot esculenta 161,4532008Euphorbiaceae
Monotropa hypopitys 35,336452016Ericaceae Mycoheterotrophic
128,7871062011Geraniaceae
Morus indica156,5992006Moraceae
Musa balbisiana 169,5031132016Musaceae
Nandina domestica 156,5992006Berberidaceae
Neottia nidus-avis 92,060562011Orchidaceae Mycoheterotrophic
Nelumbo nucifera 163,3302010Nelumbonaceae
Nicotiana tabacum 155,9431131986Solanaceae
Nuphar advena 160,8661172007Nymphaeaceae
Nymphaea alba 159,9302004Nymphaeaceae
Oenothera штамм argillicola Douthat 1165,0551132008Onagraceae
Oenothera biennis штамм suaveolens Grado164, 8071132008Onagraceae
Oenothera elata subsp. hookeri штамм johansen Standard165,7281132008Onagraceae
Oenothera glazioviana штамм r / r-lamarckiana Sweden165,2251132008Onagraceae
Oenothera parviflora штамм atrovirens Standard163,3651132008Onagraceae
Oryza sativa indica 93-11134,4962005Poaceae
Oryza sativa japonica Nipponbare134,5511101989Poaceae
Oryza sativa japonica PA64S134,5512005Poaceae
Osyris alba 147,2531012015Santalaceae Hemiparasitic
Panax ginseng 156 3182004Araliaceae
Pelargonium × hortorum 217 9422006Geraniaceae <64110 Petrosavia stellaris103,835582014Petrosaviaceae Mycoheterotrophic
Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana148 9642006Orchidaceae
Phaseolus vulgaris 'Negro Jamapa'150,2852007Fabaceae
Pilostyles aethiopica11,34852016Apodanthaceae Endo-holoparasite
Pilostyles hamiltonii15,16752016Apodanthaceae Endo- голопаразит
Piper cenocladum 160,6241132006Piperaceae
Platanus occidentalis 161,7912006Platanaceae
Populus alba 156,5052006Salicaceae
Ranunculus macranthus155,1581172007Ranunculaceae
Rhizanthella gardneri 59,190332011Orchidaceae Подземный микогетеротроф
Saccharum officinarum 141,1821102010Poaceae
Sciaphila densiflora21,485282015Triuridaceae Mycoheterotrophic
Solanum tuberosum 155,2982006Solanaceae
S orghum bicolor 140,7541102010Poaceae
Spinacia oleracea 150,7252001Amaranthaceae
Trachelium caeruleum 162,3212008Campanulaceae
Trifolium subterraneum 144,7631112008Fabaceae
Triticum aestivum cv. Китайская весна134,5451102000Poaceae
Typha latifolia 165,5721132010Typhaceae
Vaccinium macrocarpon 176,0451472013Ericaceae
Viscum album 128,921962015Viscaceae Hemiparasitic
Viscum минимум131,016992015Viscaceae Hemiparasitic
Vitis vinifera 160,9282006Vitaceae
Yucca schidigera 156,1582005Assparagaceae (sensu APG III )
Zea mays 140,3841102010Poaceae
Секвенированные пластомы без информации о размере, количестве генов и / или ссылках.
Виды Размер (bp )Гены СсылкаГодСемействоПримечания
Acorus calamus 153 821Acoraceae
Aethionema cordifolium Brassicaceae
Aethionema grandiflorum Brassicaceae
Antirrhinum majus 2010Подорожник e
Arabis hirsuta Brassicaceae
Aucuba japonica 2010Garryaceae
Bambusa oldhamii 139,350Poaceae
Barbarea verna Brassicaceae
Berberidis 2010Berberidopsidaceae
Brassica rapa Brassicaceae
Bulnesia arborea 2010Zygophyllaceae
Capsella bursa-pastoris Brassicaceae
Carica papicaceae <563
Ceratophyllum demersum 2007Ceratophyllaceae
Cornus florida 2010Cornaceae
Brassicaceae
Convolvulaceae
Cuscuta reflexa Convolvulaceae <58821>13921>Poaceae
Dillenia indica 2010Dilleniaceae
Brassicaceae
Ehretia acuminata 2010Boraginaceae
Elaeis oleifera 2007Arecaceae
Euonymus americanus 614>2010Celastraceae
Festuca arundinacea Poaceae
Ficus sp.2010Moraceae
Guizotia abyssinica Asteraceae
Gunnera manicata 2010Gunneraceae
Hedyosmum неопубликованныйChloranthaceragaceae
2010Saxeraceae
Ilex cornuta 2010Aquifoliaceae
Lepidium virginicum Brassicaceae
Liquidambar styraciflua (син. Altingia styraciflua)2010Altingiaceae
Lobularia maritima 580>Brassicaceae
Lotus corniculatus Fabaceae
124,033Fabaceae
159,924Ranunculaceae
2010Sabiaceae
Nasturtium officinale Brassicaceae
Brassicaceae
741>Phoenix dactylifera Arecaceae
Nerium oleander 154,903Apocynaceae
Nicotiana sylvestris 155,941Solanaceae
Nicotiana tomentosiformis 155,745Oryza nivara 134,494Poaceae
Oxalis latifolia 2010Oxalidaceae
Passiflora biflora 2007Passifloraceae
Phoradendron leucarpum 2010Visc 752>Пламбаго аурический ulata 2010Plumbaginaceae
Populus trichocarpa 2006Salicaceae
Quercus nigra 2010Fagaceae
Rhododendron simsii 2010Ericaceae
Scaevola aemula 2007Gitudiniaceae
Solanum Bulbocastanum 155,371Solanaceae
Solanum lycopersicum 155,460Solanaceae
Staphylea colchica 2010Staphylea colchica 2010
Тритурия (син. Hydatella )неопубликованныйHydatellaceae
Trochodendron aralioides 2010Trochodendraceae
Ximenia americana 2010
Зеленые водоросли
Секвенированные пластомы
Виды РазновидностьРазмер (bp )Гены Ссылка
Bryopsis plumosa 106,859115
Chaetosphaeridium globosum 131,183124
Chara vulgaris
Chlamydomonas reinhardtii 203,39599
Chlorella vulgaris 150,613209
Chlorokybus atmophyticus 201,76370
Dunaliella salina CCAP 19/18269,044102
Emiliania huxleyi 105,309150
Helicosporidium 37,45454
Leptosira 195,081117
Mesostigma viride 42,424
Monomastix 114,52894
Нефросельмис 200,799127
Эдогониум 196,547103
Олтманнсиеллопсис 151,933105
Остреококк телец 71,66686
Pseudendoclonium 195,867105
Pycnococcus provasolii80,21198
Pyramimonas parkeae101,605110
Scenedesmus obliquus 161,45296
Staurastrum
Stigeoclonium 223,90297
Тайдемания Expeditionis 105,200125
Ulva sp.UNA0007182899,983102
Volvox carteri420,65091
Zygnema
Красные водоросли
Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены СсылкаГодТаксонПримечания
Ahnfeltia plicata 190,451205 (кодировка)2016
Apophlaea 182,437189 (кодировка)2016Hildenbrandiales
Asparagopsis taxiformis 177,091203 (кодировка)2016
204,784194 (кодировка)2016
Calliarthron tuberculosum178,9812382013
Ceramium japonicum 171,634199 (кодировка)2016
Chondrus crispus 180,0862402013Gigartinales
Cyanidioschyzon merolae 10D149,9872432003
RK11649212302000
Erythrotrichia carnea 210691191 (кодировка)2016
Galdieria sulphuraria 074W167,7412332015
Gelidium elegans174,7482342016
Gelidium sinicolaUC276620177,0952322019Может быть синонимом G. coulteri
Gelidium vagum179,8532342016
Gracilaria changii183,8552312018Gracilariales
Gracilaria chorda182,459201 ( кодирование)2016Gracilariales
Gracilaria salicornia179,7572352014Gracilariales
Gracilaria var. liui183,8832382004Gracilariales
Gracilaria vermiculophylla180,254239неопубликованоGracilariales
195,990265неопубликовано
191,2702662013
Гильденбрандия 189725184 (кодировка)2016
Hildenbrandia rubra 180,141190 (кодировка)2016
184,0252342018
Palmaria palmata 192,9602452018
Plocamium cartilagineum 171,392197 (кодировка)2016
Porphyra pulchra194,1752512016Bangiales
Porphyra purpurea 191,0282531993Bangiales
Porphyra umbilicalis 190,1732502017Bangiales
Porphyridium purpureum NIES 2140217,6942602014
Porphyridium sordidum 259,4292272016
Pyropia 187,2822015Частичный геном
Pyropia haita nensis PH 38195,5972542013
Pyropia 189,9312015Частичный геном
Pyropia perforata189,7892472015
Pyropia 191,9522642013
Rhodochaete 221,665195 (кодировка)2016
Родимения 194,153201 (кодирование)2016
sp.180,384202 (кодировка)2016
181,030202 (кодировка)2016
183,959204 (кодировка)2016
192,140205 (кодировка)2016
191,4642392016
Thorea hispida175,1932282018
Vertebrata lanosa 167,1581922015Также отнесен к роду Polysiphonia
Glaucophytes
Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены Ссылка
Cyanophora paradoxa
Meta-algae and apicomplexans

Meta -водоросли - это организмы с фотосинтетическими органеллами вторичного или третичного эндосимбиотического происхождения и их близкие нефотосинтетические, несущие пластиды родственники. Apicomplexans - вторично нефотосинтетическая группа хромальвеоатов, которые сохраняют восстановленную пластидную органеллу.

Фотосинтетические хромальвеолаты

Геномы пластид динофлагеллат не организованы в одну кольцевую молекулу ДНК как и другие пластидные геномы, но в виде набора мини-кругов.

Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены СсылкаПримечания
Chromera velia
Chroomonas mesostigmaticaCCMP1168139,403189
Chroomonas placoideaCCAP978 / 8139,432186Содержит 3 аннотированных псевдогена
Cryptomonas curvataCNUKR128,285182
Cryptomonas ParameciumCCAP977 / 2a77,717115
Эмилиания Хаксли CCMP 373105,309154
Гиллардиа тета 121,524167
Heterosigma akashiwo NIES 293159370198
Odontella sinensis 119,704175
Phaeodactylum tricornutum 117,369170
Rhodomonas salina CCMP1319135,854183
Storeatula sp.CCMP1868140,953187
Teleaulax amphioxeia HACCP-CR01129,772179
Thalassiosira pseudonana 128,814180

Chlorarachniophytes

Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены Ссылка
Bigelowiella natans 69,16698
Gymnochlora stellataCCMP205367,45197
Lotharella oceanicaCCMP62270,99794
Lotharella vacuolataCCMP24071,55795
Partenskyella glossopodiaRCC36572,62099

Euglenophytes
Секвенированные пластомы
Виды РазновидностьРазмер (bp )Гены Ссылка
Astasia 73,2kb84
Euglena gracilis 143.2kb128

Apicomplexans

Секвенированные пластомы
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены Ссылка
Chromera velia
Eimeria tenella Penn State34,8kb65
Plasmodium falciparum 34,7kb68
Th eileria parva Mugaga39.6kb71
Toxoplasma gondii RH35.0kb65
Нуклеоморфные геномы

У некоторых фотосинтезирующих организмов эта способность была приобретена посредством симбиоза с одноклеточной зеленой водорослью (хлорофит ) или красной водорослью (родофит ). В некоторых таких случаях не только хлоропласт бывшей одноклеточной водоросли сохраняет свой собственный геном, но также сохраняется остаток водоросли. Когда это сохраняет ядро ​​и ядерный геном, это называется нуклеоморф.

секвенированный нуклеоморфный геном
Виды РазновидностьРазмер (bp )Гены Ссылка
373,958340
Bigelowiella natans CCMP 621442036426 (кодирование белка 344)
Chroomonas CCMP1168702,852581 (кодирование белка 505)
Cryptomonas 487,066519 (кодирование белка 466)
Гиллардия theta 672,788743 (кодирование белка 632)
Hemiselmis 571,872525 (кодирование белка 471)
Lotharella 612,592654 (кодирование белка 608)
Lotharella 431 876359
Геномы цианелл

Одноклеточный эукариот хроматофор Paulinella обладает органеллой (цианелла ), который представляет собой независимый случай приобретения фотосинтеза посредством цианобактериального эндосимбиоза. (Примечание: термин цианелла также применяется к pl astids глаукофитов.)

Секвенированные геномы цианелл
Виды РазновидностиРазмер (bp )Гены Ссылка
Paulinella 1.02Mb867
См. Также
Ссылки
Внешние ссылки
  1. ^Dennis, Dennis (Январь 1976 г.). «Морфогенетические гормоны насекомых и механизмы развития нематоды Nematospiroides dubius». Сравнительная биохимия и физиология. А. Сравнительная физиология. 53 (1): 53–56. doi : 10,1016 / s0300-9629 (76) 80009-6. ISSN 0300-9629. PMID 184.
Последняя правка сделана 2021-05-28 12:57:47
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru