Альфапедия

Список секвенированных геномов архей

редактировать
Статья со списком Википедии

Этот список секвенированных геномов архей содержит все архей известно, что они имеют общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и депонированы в общедоступных базах данных. Methanococcus jannaschii был первым археоном, геном которого был секвенирован в 1996 году.

В настоящее время в этом списке 39 геномов, принадлежащих видам Crenarchaeota, 105 принадлежащих Euryarchaeota, 1 геном, принадлежащий Korarchaeota и Nanoarchaeota, 3 принадлежащий Thaumarchaeota и 1 геном, принадлежащий неклассифицированной архее, всего 150 геномов архей.

Содержание

  • 1 Crenarchaeota
    • 1.1 Acidilobales
    • 1.2 Desulforococcales
    • 1.3 Sulfolobales
    • 1.4 Thermoproteales
  • 2 Euryarchaeota
    • 2.1 Археоглоби
    • 2.2 Галобактерии
    • 2.3 Метанобактерии
    • 2.3 683>2,4 Methanococci
    • 2,5 Methanomicrobia
    • 2,6 Methanopyri
    • 2,7 Thermococci
    • 2,8 Thermoplasmata
    • 2,9 Неклассифицированные Euryarchaeota
  • 3 Korarchaeota
  • 4 Nanoarchaeota
  • 5 Thaumarchae Cenota <678ales
  • 5.2 Nitrosopumilales
  • 6 Неклассифицированные археи
  • 7 См. Также
  • 8 Ссылки
  • 9 Внешние ссылки

    • Crenarchaeota

    Acidilobales

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Acidilobus saccharovorans 345-151,496,0001,547CP001742 2010

    Desulforococcales

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Aeropyrum pernix K11,669,6952,694NC_000854 (эталонная последовательность NCBI)1999
    Desulfurococcus kamchatkensis 1221n1,365,0001,521CP001140 2009
    Гипертермус butylicus DSM 54561,667,0001,669CP000493 2007
    Ignicoccus hospitalis KIN4 / I, DSM 183861,297,0001,496CP000816 2008
    Ignisphaera агрегаты AQ1.S1, DSM 172301,875,0002,042CP002098 2010
    Pyrolobus фумарии 1A, DSM 112041,843,0002,038CP002838 2011
    Стафилотермус hellenicus P8, DSM 127101,580,0001,716CP002051 2011
    Стафилотермус маринус F1, DSM 36391,570,0001,659CP000575 2011
    Thermosphaera агрегаты M11TL, DSM 114861,316,0001,457CP001939 2010

    Sulfolobales

    Вид Stra в Базовых парах Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Acidianus W12,137,0002424CP002535 2011
    Metallosphaera куприна Ar-41840,0002077CP002656 2011
    Metallosphaera sedula DSM 53482,191,0002,347CP000682 2008
    Sulfolobus acidocaldarius DSM 6392,225,9592,223CP000077 2005
    Sulfolobus islandicus HVE10 / 42,655,000CP002426 2011
    Sulfolobus islandicus LD8.52,722,0002,996Хромосома CP001731.

    Плазмида pLD8501 CP001732

    		2009
    Sulfolobus islandicus LS2.152,736,0003,068CP001399 2009
    Sulfolobus islandicus M.14.252,608,0002,900CP001400 2009
    Sulfolobus islandicus M.16.272 692, 0002,956CP001401 2009
    Sulfolobus islandicus M.16.42,586,0002,869CP001402 2009
    Sulfolobus islandicus REY15A2,522,000CP002425 2011
    Sulfolobus islandicus YG57.142,702,0003,079CP001403 2009
    Sulfolobus islandicus YN15.512,812,0003,318Хромосома CP001404.

    Плазмида pYN01 CP001405

    		2009
    Sulfolobus islandicus LAL14 / 12,465,1772,601CP003928 2013
    Sulfolobus solfataricus P22,992,2452,995AE006641 2001
    Sulfolobus solfataricus 98/22,668,0002,728Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP001800 2009
    Sulfolobus tokodaii 72,694,7652,826BA000023 2001

    Thermoproteales

    Виды Штамм Основные пары Гены Refe рэнсGenBank идентификаторГод публикации
    Caldivirga maquilingensis IC-1672,077,0002,011DOE Joint Институт геномаCP000852 2007
    Pyrobaculum aerophilum IM22,222,4302,605AE009441 2002
    Pyrobaculum arsenaticum PZ6, DSM 135142,121,0002,410Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP000660 2007
    Pyrobaculum calidifontis JCM 115482,009,0002,213Объединенный институт генома DOECP000561 2007
    Pyrobaculum islandicum DSM 41841,826,0002063Объединенный институт генома DOECP000504 2006
    Pyrobaculum sp. 1860НеопубликованныеCP003098 2011
    Thermofilum pendens Hrk 51,781,0001,930Хромосома CP000505.

    Плазмида pTPEN01 CP000506

    		2008
    Thermoproteus нейтрофильный V24Sta1,769,0002,053DOE Объединенный институт геномаCP001014 2008
    Thermoproteus tenax Kra11,841,0002100FN869859 2011
    Thermoproteus uzoniensis 768-201,936,0002,229CP002590 2011
    Vulcanisaeta дистрибьютор DSM 144292,374,0002,592CP002100 2010
    Vulcanisaeta 768-282,298,0002393CP002529 2011

    Euryarchaeota

    Archaeoglobi

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Archaeoglobus fulgidus DSM43042,178,4002,407AE000782 1997
    Archaeoglobus veneficus SNP6, DSM 111951,901,0002,194Объединенный институт генома Министерства энергетикиCP002588 2011
    Archaeoglobus profundus Av18, DSM 56311,563,0001,911Хромосома CP001857.

    Плазмида pArcpr01 CP001858

    		2010
    Ferroglobus placidus AEDII12DO, DSM 106422,196,0002,622CP001899 2011

    Галобактерии

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Halalkalicoccus jeotgali B3, DSM 187963,690,0003925Хромосома I CP002062.

    Плазмида 1 CP002063. Плазмида 2 CP002064. Плазмида 3 CP002065. Плазмида 4 CP002066. Плазмида 5 CP002067. Плазмида 6 CP002068

    		2010
    Haloarcula hispanica CGMCC 1.20493,484,0003,561Хромосома I CP002921.

    Хромосома II CP002922. Плазмида pHH400 CP002923

    		2011
    Haloarcula marismortui ATCC 430493,131,7243131Хромосома I AY596297.

    Хромосома II AY596298. Плазмида pNG100 AY596290. Плазмида pNG200 AY596291. Плазмида pNG300 AY596292. Плазмида pNG400 AY596293. Плазмида pNG500 AY596294. Плазмида pNG600 AY596295. Плазмида pNG7 AY596296

    		2004
    Halobacterium salinarum R1, DSM 6712,000,0002,801Хромосома NC_010364.

    Плазмида PHS1 NC_010366. Плазмида PHS2 NC_010369. Плазмида PHS3 NC_010368. Плазмида PHS4 NC_010367

    		2008
    Виды галобактерий 378>NRC-12,014,2392,058Хромосома NC_002607.

    Плазмида pNRC100 NC_002607. Плазмида pNRC200 NC_002608

    		2000
    Halobiforma lacisalsi AJ5, JCM 129834,320,0004,682AGFZ00000000 2011
    Haloferax volcanii DS2Хромосома CP001956.

    Плазмида pHV1 CP001957. Плазмида pHV2 CP001954. Плазмида pHV3 CP001953. Плазмида pHV4 CP001955

    		2010
    Галогеометрический borinquense PR3, DSM 115513,920,0004,059Хромосома CP001690.

    Плазмида pHBOR01 CP001691. Плазмида pHBOR02 CP001692. Плазмида pHBOR03 CP001693. Плазмида pHBOR04 CP001694. Плазмида pHBOR05 CP001695

    		2009
    Галомикробий mukohataei arg-2, DSM 122863,332,0003,475Хромосома CP001688.

    Плазмида pHmuk01 CP001689

    		2009
    Halopiger xanaduensis SH-63,668,0003,685Объединенный институт генома DOEХромосома CP002839.

    Плазмида pHALXA01 CP002840. Плазмида pHALXA02 CP002841. Плазмида pHALXA03 CP 002842

    		2011 (Хромосома)
    Haloquadratum walsbyi C23, DSM 168543,148,000Хромосома FR746099.

    Плазмида PL6A FR746101. Плазмида PL6B FR746102. Плазмида PL100 FR746100

    		2011
    Haloquadratum walsbyi HBSQ001, DSM 167903,132,0002,914Хромосома AM180088.

    Плазмида PL47 AM180089

    		2006
    Halorhabdus tiamatea SARL4B3,840,0004,034AFNT00000000 2011
    Halorhabdus utahensis AX-2, DSM 129403116 Kb3076CP001687 2009
    Halorubrum lacusprofundi ATCC 492394,300,0003,725Совместный геном DOE ИнститутХромосома 1 CP001365.

    Хромосома 2 CP001366. Плазмида pHLAC01 CP001367

    		2009 (Хромосомы 1 и 2)
    Haloterrigena turkmenica VKM B-1734, DSM 55115,440,0005,351Хромосома CP001860.

    Плазмида pHTUR01 CP001861. Плазмида pHTUR02 CP001862. Плазмида pHTUR03 CP001863. Плазмида pHTUR04 CP001864 >Плазмида pHTUR05 CP001865. Плазмида pHTUR06 CP001866

    		2010
    Natrialba asiatica ATCC 700177Исследование 2004
    Natrialba magadii ATCC 430993,751,0004364Объединенный институт генома DOECP001932 2010
    Natronomonas pharaonis DSM21602,595,2212,675Хромосома CR936257.

    Плазмида PL131 CR936258. Плазмида PL23 CR936259

    		2005

    Methanobacteria

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Methanobacterium sp. AL-212,583,000Объединенный институт генома Министерства энергетики,. Университет Иллинойса в Урбане-ШампейнCP002551 2011
    Methanobacterium sp. SWAN-12,546,0002,500Объединенный институт генома Министерства энергетики,. Университет Иллинойса в Урбана-ШампейнCP002772 2011
    Methanobacterium дельта -H1,751,3771,869AE000666 1997
    Метанобревибактер руминантий M12,937,0002,283CP001719 2010
    Methanobrevibacter smithii DSM 23751,704,0001,748Вашингтонский университетABYW00000000 2008
    Methanobrevibacter smithii F1, DSM 23741,707,0001,749Вашингтонский университетABYV00000000 2010
    Methanobrevibacter smithii PS, ATCC 350611,853,0001,841CP000678 2007
    Methanobrevibacter smithii TS94A1,889,0001,808AELU00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS94B1,886,0001,856AELV00000000 2011
    Methanobrevibacter sm ithii TS94C1,910,0001,812AELW00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS95A1,992,0001,961AELX00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS95B1,972,0001,895AELY00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS95C1,978,0001,874AELZ00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS95D2,011,0001,860AEMA00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS96A1,975,0001852AEMB00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS96B1,869,0001,742AEMC00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS96C1,818,0001,764AEMD00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS145A1,782,0001,786AEKU00000000 2011
    Methanobrevibacter sm ithii TS145B1,797,0001,880AELL00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS146A1,792,0001,823AELM00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS146B1,794,0001,814AELN00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS146C1,947,0002355AELO00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS146D1,713,0001,693AELP00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS146E1,952,0001887AELQ00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS147A2,008,0001,969AELR00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS147B1,965,0001,911AELS00000000 2011
    Methanobrevibacter smithii TS147C1,973,0002,014AELT00000000 2011
    Methanosphaera stadtmanae DSM 30911,767,4031,534CP000102 2005
    Methanothermobacter marburgensis Marburg DSM 21331,634,0001,806CP001710 2010
    Methanothermus fervidus V24S, DSM 20881,243,0001,361CP002278 2010

    Methanococci

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Methanocaldococcus fervens AG861,485,0001,663Объединенный институт генома DOEХромосома CP001696.

    Плазмида pMEFER01 CP001697

    		2009 (Хромосома)
    Метанокалдококк infernus ME1,328,0001,513Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP002009 2010
    Methanocaldococcus jannaschii DSM 26611,664,9701,715Хромосома: L77117.

    Большая плазмида: L77118. Малая плазмида: L77119

    		1996
    M ethanocaldococcus vulcanius M7, DSM 120941,746,0001,808Объединенный институт генома DOEХромосома CP001787.

    Плазмида pMETVU01 CP001788. Плазмида pMETVU02 CP001789

    		2009
    Methanocaldococcus sp. FS406-221,760,0001,893DOE Объединенный институт геномаХромосома CP001901.

    Плазмида pFS01 CP001902

    		2010 (Хромосома)
    Methanococcus aeolicus Nankai-31,569,0001,554Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP000743 2007
    Methanococcus maripaludis C51,780,0001896Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP000609 2007
    Methanococcus maripaludis C61,744,0001,874Объединенный институт генома DOECP000867 2007
    Methanococcus maripaludis C71,772,0001,858Объединенный институт генома Министерства энергетикиCP000745 2007
    Methanococcus maripaludis S21,661,1371,722NC_005791 (эталонная последовательность NCBI)2004
    Methanococcus maripaludis X11,746,0001,892CP002913 2011
    Метанококк vannielii S B1,720,0001,755Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP000742 2007
    Methanococcus вольты A31,936,0001,768DOE Объединенный институт геномаCP002057 2010
    Methanothermococcus okinawensis IH11,662,0001,662Объединенный институт генома DOEХромосома CP002792.

    Плазмида pMETOK01 CP002793

    		2011 (хромосома)
    Methanotorris igneus Kol5, DSM 56661,854,0001,843Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP002737 2011

    Метаномикробия

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    6A82,542,0002,518Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP000780 2007
    Methanocella sp. Кластер I риса (RC-I)MRE503,179,9163103Последовательность генома, затем таксономическое положениеAM114193 2005
    Methanocella paludicola SANAE2,957,6353004AP011532 2011
    Methanocella conradii HZ2541,316,3802512CP003243 2012
    Methanococcoides burtonii DSM62422,575,0322,273CP000300 2009
    Methanocorpusculum labreanum Z1,804,0001,830CP000559 2009
    Methanoculleus мариснигри JR1, DSM 14982,478,0002,560CP000562 2009
    Methanohalobium evestigatum Z-730324062322254DOE Объединенный институт геномаХромосома: CP002069.

    Плазмида pMETEV01: CP002070

    		2010 (хромосома)
    Methanohalophilus mahii SLP, DSM 52192,012,0002,095CP001994 2010
    Methanopl анус petrolearius SEBR 4847, DSM 115712,843,0002,881CP002117 2011
    Methanosalsum zhilinae WeN5, DSM 40172,138,0002,086CP002101 2010
    Methanosaeta concilii GP-63,008,000CP002565 2010
    Methanosaeta harundinacea 6Ac2,559,000CP003117 2011
    Methanosaeta PT1,879,0001,785Объединенный институт генома DOECP000477 2006
    Methanosarcina acetivorans C2A5,751,4924,540AE010299 2002
    Methanosarcina barkeri Fusaro, DSM 8044,837,4083,607Хромосома CP000099.

    Плазмида 1 CP000098

    		2006 (Хромосома)
    Methanosarcina mazei Go14,096,3453,371AE008384 2002
    Methanosphaerula palustris E1-9c, DSM 199582,922,0002,859DOE Joint Gen Ome InstituteCP001338 2008
    Methanospirillum hungatei JF-13,544,7383,139Совместный геном DOE ИнститутCP000254 2006

    Methanopyri

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Methanopyrus kandleri AV191,694,9691,691AE009439 2002

    Термококки

    Виды Штамм Пары оснований Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Pyrococcus abyssi GE51,765,1181,784NC_000868 (эталонная последовательность NCBI)2000
    Pyrococcus furiosus DSM 36381,908,2562,065AE009950 1999
    Pyrococcus horikoshii OT31,738,5052,061NC_000961 (эталонная последовательность NCBI)1998
    Pyrococcus sp. NA21,861,0001,984CP002670 2011
    Pyrococcus CH11,716,0001,952CP002779 2011
    Термококк barophilus MP, DSM 118362,010,0002,196CP002372 2011
    Термококк gammatolerans EJ32,045,0002,206CP001398 2009
    Thermococcus kodakaraensis KOD12,088,7372306AP006878 2005
    Thermococcus NA118470002027NC_011529 (эталонная последовательность NCBI)2008
    Термококк sibiricus MM 7391,845,0002,085CP001463 2009
    Термококк sp. 45572,011,0002,181CP002920 2011
    Thermococcus sp. AM42,086,0002,279CP002952 2011

    Thermoplasmata

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Ферроплазма acidarmanus Fer11,865,0001,742AABC00000000 2007
    Picrophilus torridus DSM 97901,545,8951,535AE017261 2004
    Термоплазма acidophilum DSM 17281,564,9061,478NC_002578 (эталонная последовательность NCBI)2000
    Термоплазма вулканий GSS11,584,8041,526NC_002689 (эталонная последовательность NCBI)2000

    Неклассифицированные Euryarchaeota

    Виды Штамм Основание Пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Ацидулипрофунд boonei T4691,486,0001,587Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP001941 2010

    Korarchaeota

    Вид s Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    OPF81,590,0001,661CP000968 2008

    Nanoarchaeota

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторПубликация год
    Nanoarchaeum equitans Kin4-M490,885536AE017199 2003

    Thaumarchaeota

    Cenarchaeales

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    Cenarchaeum симбиоз A2,045,0002,066DP000238 2006

    Nitrosopumilales

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    SFB11,769,0002,171AEGP00000000 2011
    Nitrosopumilus maritimus SCM11,645,0001842CP000866 2010

    Неклассифицированные археи

    Виды Штамм Базовые пары Гены СсылкаGenBank идентификаторГод публикации
    halophilic archaeon sp. DL31НеопубликованоCP002988 2011

    См. Также

    Ссылки

    Внешние ссылки

    Последняя правка сделана 2021-05-28 12:57:46
    Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
    Обратная связь: support@alphapedia.ru
    Соглашение
    О проекте