Войти
Этот список программного обеспечения для просмотра филогенетического дерева является компиляция программных инструментов и веб-порталов, используемых для визуализации филогенетических деревьев.
| Имя | Описание | Цитирование |
|---|---|---|
| Aquapony | Средство просмотра дерева Javascript для Beast | |
| Инструментарий ETE Tree Viewer | и онлайн-инструмент для просмотра филогенетического дерева (формат newick), который позволяет отображать множественные выравнивания последовательностей вместе с деревьями (формат fasta) | |
| EvolView | онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями | |
| IcyTree | Клиентская программа просмотра Javascript SVG для аннотированных корневых деревьев. Также поддерживает филогенетические сети | |
| Ироки | Автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев | |
| iTOL - интерактивное Древо Жизни | аннотировать деревья с различными типами данных и экспортировать в различные графические форматы; возможность создания сценариев через пакетный интерфейс | |
| Microreact | Связывайте, визуализируйте и исследуйте последовательность и метаданные с помощью филогенетических деревьев, карт и временных шкал | |
| OneZoom | использует IFIG (интерактивные фрактальные графики) для отображения филогенетических деревьев, которые можно увеличивать для увеличения детализации | |
| Phylo.io | Просмотр и сравнение до 2 деревьев бок о бок с интерактивными визуализациями HTML5 | |
| PhyloExplorer | a инструмент для облегчения оценки и управления коллекциями филогенетических деревьев. Учитывая входную коллекцию корневых деревьев, PhyloExplorer предоставляет средства для получения статистики, описывающей коллекцию, исправления неверных названий таксонов, извлечения таксономически релевантных частей коллекции с использованием специального языка запросов и определения связанных деревьев в базе данных TreeBASE. | |
| PHYLOViZ Online | Веб-инструмент для визуализации, филогенетического вывода, анализа и совместного использования минимальных остовных деревьев | |
| PhyloWidget | просмотр, редактирование и публикация филогенетических деревьев в Интернете; интерфейсы с базами данных | |
| T-REX (Webserver) | Вывод и визуализация дерева (иерархические, радиальные и осевые представления дерева), Горизонтальный перенос генов обнаружение и визуализация сети HGT | |
| TidyTree | Клиентское средство визуализации филогенетических деревьев HTML5 / SVG, основанное на D3.js | |
| TreeVector | масштабируемых интерактивных филогенетических деревьях для Интернета, создает динамический вывод SVG или PNG, реализованный в Java |
| Имя | Описание | OS | Цитата |
|---|---|---|---|
| ARB | Интегрированная программная среда для визуализации и аннотации дерева | LM | |
| Archeopteryx | Дерево Java средство просмотра и редактор (раньше ATV) | ||
| BioNumerics | Универсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных последовательности | W | |
| Bio :: Phylo | Коллекция модулей Perl для управления и визуализации филогенетических данных. Bio :: Philo является частью всеобъемлющего набора инструментов Perl для биологии | Все | |
| Дендроскоп | Интерактивная программа просмотра больших филогенетических деревьев и сетей | Все | |
| DensiTree | Средство просмотра, способное просматривать несколько наложенных деревьев. | Все | |
| FigTree | Простая программа просмотра дерева Java, способная читать файлы деревьев newick и nexus. Может использоваться для окрашивания ветвей и создания векторных изображений. | Все | |
| JEvTrace | Многовалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивный эволюционный след и другой анализ, основанный на филогенезе. | Все | |
| MEGA | Программное обеспечение для статистического анализа молекулярной эволюции. Он включает в себя различные функции визуализации дерева | Все | |
| МультиДендрограммы | Интерактивное приложение с открытым исходным кодом для расчета и построения филогенетических деревьев | Все | |
| PHYLOViZ | Филогенетический вывод и визуализация данных для профилей аллельных / SNP последовательностей с использованием минимальных связующих деревьев | Все | |
| TreeDyn | Программное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки деревьев и аннотации, позволяющее включать метаинформацию | Все | |
| Treevolution | Инструмент с открытым исходным кодом для круговой визуализации с искажением сечения и кольца и рядом других функций, таких как кластеризация ветвей и обрезка | Все | |
| TreeGraph 2 | Редактор дерева с открытым исходным кодом с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая объединение различных филогенетических анализов | Все | |
| TreeView | Программное обеспечение для просмотра деревьев | Все | |
| UGENE | Визуальный интерфейс с открытым исходным кодом для пакета Phylip 3.6 | Все |
«Все» относится к Microsoft Windows, Apple OSX и Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows
| Имя | Язык | Описание | Цитата |
|---|---|---|---|
| ggtree | R | Пакет R для визуализации дерева и аннотации с поддерживаемой грамматикой графики | |
| jsPhyloSVG | Javascript | библиотека javascript с открытым исходным кодом для рендеринга расширяемых настраиваемых филогенетических деревьев; используется для интерактивных деревьев Elsevier | |
| PhyD3 | Javascript | интерактивная визуализация филогенетического дерева с числовыми аннотационными графами, с выводом SVG или PNG, реализованная в филотоде D3.js | |
| . js | Javascript | phylotree.js - это библиотека, которая расширяет популярную среду визуализации данных D3.js и подходит для создания приложений JavaScript, в которых пользователи могут просматривать и взаимодействовать с филогенетическими деревьями | |
| Phytools | R | Филогенетические инструменты для сравнительной биологии (и других вещей), основанные на R | |
| toytree | Python | Toytree: минималистичная библиотека визуализации деревьев и управления для Python |
