Войти
Это список компьютеров программное обеспечение, созданное для биоинформатики и выпущенное под открытым исходным кодом Программное обеспечение лицензий со статьями в Википедии.
| Программное обеспечение | Описание | Платформа | Лицензия | Разработчик |
|---|---|---|---|---|
| .NET Bio | Не зависящий от языка набор инструментов, созданный с использованием Microsoft 4.0.NET Framework в помощь разработчикам, исследователям и ученым | .NET Framework | Apache | совместный проект |
| AMPHORA | Metagenomics программное обеспечение для анализа | Linux | GPL | ? |
| Anduril | Компонентный рабочий процесс структура для анализа данных | Linux, macOS, Windows | GPL | Университет Хельсинки |
| Ascalaph Designer | Компьютерная программа для молекулярного моделирования общего назначения для молекулярного дизайна и моделирования. | ? | GPLv2 | Agile Molecule |
| AutoDock | Набор инструментов для автоматической стыковки | ? | GPL | ? |
| Avogadro | Редактор и визуализатор молекул для вычислительной химии, молекулярного моделирования, биоинформатики, материаловедения и т. Д. связанные области. | ? | GPL | ? |
| Bioclipse | Визуальная платформа для химиотерапии и биоинформатики на основе Eclipse Rich Client Platform (RCP) | ? | Eclipse Public | The Bioclipse Project |
| Bioconductor | R (язык программирования) языковой инструментарий | Linux, macOS, Windows | Artistic 2.0 | Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона |
| BioJava | Java | Linux, macOS, Windows | LGPL v2.1 | Open Bioinformatics Foundation |
| BioJS | JavaScript | Веб-браузер | Apache | ? |
| BioMOBY | Реестр веб-сервисов | Веб-браузер | Artistic | Open Bioinformatics Foundation |
| BioPerl | Perl языковой инструментарий | Кросс-платформенный | Artistic, GPL | Open Bioinformatics Foundation |
| BioPHP | PHP языковой инструментарий | ? | GPL v2 | Open Bioinformatics Foundation |
| Biopython | Python языковой инструментарий | Кросс-платформенный | Biopython | Open Bioinformatics Foundation |
| BioRuby | Ruby язык t oolkit | ? | GPL v2 или Ruby | Open Bioinformatics Foundation |
| CP2K | Выполняйте атомистическое моделирование твердотельных, жидких, молекулярных и биологических систем. | ? | GPL и LGPL | Бесплатная GNU GPLv2 с открытым исходным кодом или новее |
| EMBOSS | Набор пакетов для секвенирования, поиска и т. Д. | ? | GPL и LGPL | совместный проект |
| Galaxy | научный рабочий процесс и интеграция данных система | Unix-подобная | Academic Free | совместный проект |
| GenePattern | Система научного документооборота, обеспечивающая доступ к сотням инструментов геномного анализа | Unix-like (публичный сервер); Linux, macOS, Windows | MIT | Broad Institute, UC San Diego |
| Geworkbench | Genomic интеграция данных платформа | Linux, macOS, Windows | Лицензия GeWorkbench | Колумбийский университет |
| GMOD | Набор инструментов для решения многих распространенных проблем на биологические базы данных | Unix-подобный (сервер), веб-браузер (клиент) | Зависит от инструмента | Коллективный проект |
| GenGIS | Приложение, которое позволяет комбинировать данные цифровых карт с информацией о биологических последовательностях, собранной из среды | Windows, macOS | GPL | Collaborative project |
| Genomespace | Централизованное веб-приложение, которое предоставляет преобразование формата данных и упрощает взаимодействие с другими инструментами биоинформатики | Веб-браузер | LGPL | Broad Institute, совместный проект |
| GENtle | Эквивалент проприетарного Vector NTI, инструмент для анализа и редактирования файлов последовательностей ДНК | ? | GPL | Магнус Манске |
| GROMACS | Пакет молекулярной динамики, в основном разработанный для моделирования белков, липидов и нуклеиновых кислот. | Linux, macOS, Windows | Common Public 1.0 | GenoViz |
| Встроенный браузер генома | Java - на основе настольного компьютера браузер генома | Linux, macOS, Windows | Common Public 1.0 | GenoViz |
| InterMine | Обширная система хранилища данных для анализа и интеграции наборов биологических данных | Кросс-платформенность | LGPL | Кембриджский университет |
| Сервер LabKey | Программная платформа, позволяющая организациям интегрировать, анализировать и совместно использовать сложные биомедицинские данные | Linux, macOS, Windows | Apache | LabKey Software Foundation |
| LAMMPS | Программа молекулярной динамики | Linux, macOS, Windows | Apache | Национальные лаборатории Sandia. |
| mothur | Программное обеспечение для анализа 16S рРНК гена | Linux, macOS, Windows | ? | Мичиганский университет |
| PathVisio | Настольное программное обеспечение для рисования, анализа и визуализации биологических путей | Linux, macOS, Windows | Apache 2.0 | Маастрихтский университет |
| Orange | Программный пакет на основе компонентов интеллектуального анализа данных и машинного обучения, включающий интерфейс визуального программирования для исследовательского анализа данных и интерактивного визуализация и Python привязки и библиотеки для написания сценариев | Linux, macOS, Windows | GPL | Университет Любляны |
| SOAP Suite | Набор инструментов для сборки, выравнивания и анализа коротких чтений секвенирование следующего поколения данных | Unix / Linux, macOS | GPL | BGI |
| Staden Package | Сборка, редактирование и анализ последовательности, в основном состоящие из gap4, gap5 и spin. | Linux, macOS, Windows | BSD | Wellcome Trust Sanger Institute, Медицинский исследовательский совет |
| Инструментальные средства Taverna | для разработки и выполнения рабочих процессов | Linux, macOS, Windows | LGPL | myGrid |
| UGENE | Интегрированные инструменты биоинформатики | Linux, macOS, Windows | GPL 2 | Unipro |
| Unipept | Метапротеомический анализ биоразнообразия | Веб-браузер | MIT | Гентский университет |
| VOTCA | Пакет крупномасштабного моделирования, | GNU / Linux, macOS, Windows, любой другой вариант Unix | Лицензия Apache 2.0 | Институт исследований полимеров им. Макса Планка |
