Это список программного обеспечения инструментов и веб-порталов, используемых для прогнозирования генов.
Имя | Описание | Виды | Ссылки |
---|---|---|---|
FragGeneScan | Прогнозирование генов в полных геномах и секвенирование Считывает | Прокариоты, метагеномы | |
ATGpr | Идентифицирует сайты инициации трансляции в последовательностях кДНК | ||
PRODIGAL | Его название расшифровывается как Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Он основан на функциях логарифмического правдоподобия и не использует скрытые или интерполированные марковские модели. | Прокариоты, метагеномы (метапродигал) | |
АВГУСТ | Предиктор гена эукариотов | Эукариоты | |
BGF | Скрытая марковская модель (HMM) и динамическое программирование основанная на ab initio программа предсказания генов | ||
DIOGENES | Быстрое обнаружение кодирующих областей в коротких последовательностях генома | ||
Dragon Promoter Finder | Программа для распознавания РНК-полимеразы позвоночных II промоторы | ||
EUGENE | Интегративный поиск генов | Eukaryotes | |
FGENESH | Прогнозирование структуры генов на основе HMM: множественные гены, обе цепи | Эукариоты | |
FRAMED | Найдите гены и сдвиг рамки в G + C богатых последовательностях прокариот | Прокариот | |
GeMoMa | Прогнозирование генов на основе гомологии на основе сохранения положения аминокислот и интронов, а также данных RNA-Seq | ||
GENIUS | Связывает ORF в полных геномах с белком 3D-структуры | ||
geneid | Программа для прогнозирования генов, экзонов, сайтов сплайсинга и других сигналов вдоль последовательностей ДНК | эукариот | |
GENEP ARSER | Анализировать последовательности ДНК на интроны и экзоны | ||
GeneMark | Семейство самообучающихся программ прогнозирования генов | Прокариоты, эукариоты, метагеномы | |
GeneTack | Предсказывает гены со сдвигом рамки в геномах прокариот | Прокариоты | |
GENOMESCAN | Предсказывает расположение и экзон-интронные структуры генов в последовательностях генома различных организмов | ||
GENSCAN | Находит гены с помощью преобразования Фурье | ||
GLIMMER | Находит гены в ДНК микробов | Прокариот | |
GLIMMERHMM | Эукариотическая система поиска генов | Эукариоты | |
GrailEXP | Предсказывает экзоны, гены, промоторы, полиас, CpG-островки, сходство EST и повторяющиеся элементы в последовательности ДНК | ||
mGene | Машина опорных векторов (SVM) на основе системы для поиска генов | эукариот | |
mGene.ngs | Система на основе SVM для поиска генов с использованием гетерогенной информации: РНК-seq, мозаичные массивы | эукариоты | |
МОРГАН | Система дерева решений для поиска генов в ДНК позвоночных | Eukaryotes | |
NIX | Веб-инструмент для объединения результатов из разных программ: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN | ||
NNPP | Прогнозирование промоутера нейронной сети | ||
NNSPLICE | Прогнозирование сайта сплайсинга нейронной сети | ||
ORF FINDER | Инструмент графического анализа для поиска всех открытых рамок считывания | ||
Инструменты анализа нормативной последовательности | Серия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях | ||
SPLICEPREDICTOR | Метод определения потенциальных сайтов сплайсинга в пре-мРНК (растения) путем проверки последовательности с использованием байесовских статистических моделей | Эукариоты | |
VEIL | Скрытая марковская модель для поиска генов на сервере ДНК позвоночных | Эукариоты |