Список программ для прогнозирования генов

редактировать
Статья со списком в Википедии

Это список программного обеспечения инструментов и веб-порталов, используемых для прогнозирования генов.

ИмяОписаниеВидыСсылки
FragGeneScan Прогнозирование генов в полных геномах и секвенирование СчитываетПрокариоты, метагеномы
ATGpr Идентифицирует сайты инициации трансляции в последовательностях кДНК
PRODIGALЕго название расшифровывается как Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Он основан на функциях логарифмического правдоподобия и не использует скрытые или интерполированные марковские модели.Прокариоты, метагеномы (метапродигал)
АВГУСТПредиктор гена эукариотовЭукариоты
BGFСкрытая марковская модель (HMM) и динамическое программирование основанная на ab initio программа предсказания генов
DIOGENESБыстрое обнаружение кодирующих областей в коротких последовательностях генома
Dragon Promoter FinderПрограмма для распознавания РНК-полимеразы позвоночных II промоторы
EUGENEИнтегративный поиск геновEukaryotes
FGENESHПрогнозирование структуры генов на основе HMM: множественные гены, обе цепиЭукариоты
FRAMEDНайдите гены и сдвиг рамки в G + C богатых последовательностях прокариот Прокариот
GeMoMa Прогнозирование генов на основе гомологии на основе сохранения положения аминокислот и интронов, а также данных RNA-Seq
GENIUSСвязывает ORF в полных геномах с белком 3D-структуры
geneid Программа для прогнозирования генов, экзонов, сайтов сплайсинга и других сигналов вдоль последовательностей ДНКэукариот
GENEP ARSERАнализировать последовательности ДНК на интроны и экзоны
GeneMark Семейство самообучающихся программ прогнозирования геновПрокариоты, эукариоты,

метагеномы

GeneTackПредсказывает гены со сдвигом рамки в геномах прокариотПрокариоты
GENOMESCANПредсказывает расположение и экзон-интронные структуры генов в последовательностях генома различных организмов
GENSCAN Находит гены с помощью преобразования Фурье
GLIMMER Находит гены в ДНК микробовПрокариот
GLIMMERHMMЭукариотическая система поиска геновЭукариоты
GrailEXPПредсказывает экзоны, гены, промоторы, полиас, CpG-островки, сходство EST и повторяющиеся элементы в последовательности ДНК
mGeneМашина опорных векторов (SVM) на основе системы для поиска геновэукариот
mGene.ngsСистема на основе SVM для поиска генов с использованием гетерогенной информации: РНК-seq, мозаичные массивыэукариоты
МОРГАНСистема дерева решений для поиска генов в ДНК позвоночныхEukaryotes
NIXВеб-инструмент для объединения результатов из разных программ: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN
NNPPПрогнозирование промоутера нейронной сети
NNSPLICEПрогнозирование сайта сплайсинга нейронной сети
ORF FINDERИнструмент графического анализа для поиска всех открытых рамок считывания
Инструменты анализа нормативной последовательностиСерия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях
SPLICEPREDICTORМетод определения потенциальных сайтов сплайсинга в пре-мРНК (растения) путем проверки последовательности с использованием байесовских статистических моделейЭукариоты
VEILСкрытая марковская модель для поиска генов на сервере ДНК позвоночныхЭукариоты

См. Также

Ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-28 09:12:13
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте