Войти
ленты с рибонуклеазой A от кинемага, отображаемого в Mage: β-нити - зеленые, спирали - золотые, а боковые цепи His активного сайта - синие. Кинемаг (сокращение от kinetic image ) представляет собой интерактивную графическую научную иллюстрацию. Он часто используется для визуализации молекул, особенно белков, хотя он также может представлять другие типы трехмерных данных (например, геометрические фигуры, социальные сети или тетраэдры РНК базовый состав ). Система kinemage разработана для оптимизации простоты использования, интерактивной производительности, а также восприятия и передачи подробной трехмерной информации. Информация о кинемаге хранится в текстовом файле, доступном для чтения человеком и компьютером, который описывает иерархию экранных объектов и их свойств и включает необязательный пояснительный текст. Формат kinemage - это определенный химический тип MIME из "chemical / x-kinemage" с расширением файла ".kin".
Кинемаги были впервые разработаны Дэвидом Ричардсоном в Медицинской школе Университета Дьюка для журнала Protein Society Protein Science, премьера которого состоялась в январе 1992 года. Первые 5 лет (1992–1996), каждый выпуск Protein Science включал приложение на гибком диске с интерактивной компьютерной графикой kinemage 3D для иллюстрации многих статей, а также программное обеспечение Mage (кроссплатформенный, бесплатно, с открытым исходным кодом ) для их отображения; Дополнительные материалы о кинемаге по-прежнему доступны на веб-сайте журнала. Mage и RasMol были первыми широко используемыми программами макросов молекулярной графики для поддержки интерактивного отображения на персональных компьютерах. Кинемаги используются для обучения, дополнений к учебникам, индивидуального исследования и анализа макромолекулярных структур.
Межатомные контакты между рибонуклеазой A и ингибитором, имитирующим переходное состояние уридина ванадата (файл PDB 1RUV), с водородными связями в виде подушечек из бледно-зеленых точек и благоприятными контактами Ван-дер-Ваальса в синем и зеленый. В последнее время, с появлением гораздо более широкого разнообразия других инструментов молекулярной графики, презентационное использование кинемагов было вытеснено широким кругом исследовательских целей., наряду с новыми функциями отображения и разработкой программного обеспечения, которое производит выходные данные в формате кинемаге из других типов молекулярных расчетов. Полноатомный контактный анализ добавляет и оптимизирует явные атомы водорода, а затем использует участки поверхности точек для отображения водородной связи, Ван-дер-Ваальса и взаимодействий стерического столкновения между атомами. Результаты могут быть использованы визуально (в кинемагах) и количественно для анализа подробных взаимодействий между молекулярными поверхностями, наиболее широко с целью проверки и улучшения молекулярных моделей на основе экспериментальных данных рентгеновской кристаллографии. И Mage, и KiNG (см. Ниже) были улучшены для отображения данных кинематографом в более чем трех измерениях (перемещение между видами в различных трехмерных проекциях, раскрашивание и выбор потенциальных кластеров точек данных и переключение на параллельные координаты ), используемого, например, для определения кластеров благоприятных конформаций скелета РНК в 7-мерном пространстве двугранных углов скелета между одной рибозой и следующей.
KiNG - это программа просмотра кинемагов с открытым исходным кодом, написанная на языке программирования Java Яном Дэвисом и Винсентом Ченом, которая может работать в интерактивном режиме либо автономно на пользовательском компьютере без сетевого подключения, либо как веб-сервис на веб-странице. Интерактивная природа кинемагов - их основная цель и атрибут. Чтобы оценить их природу, демонстрация KiNG в браузере содержит два примера, которые можно перемещать в 3D, а также инструкции по внедрению кинемага на веб-страницу. На рисунке ниже показано, что KiNG используется для ремоделирования боковой цепи лизина в кристаллической структуре с высоким разрешением. KiNG является одним из средств просмотра, представленных на каждой странице структуры на сайте банка данных Protein, и отображает результаты проверки в 3D на сайте MolProbity. Кинемаги также можно демонстрировать в системах иммерсивной виртуальной реальности с помощью программного обеспечения KinImmerse с открытым исходным кодом. Все программное обеспечение для отображения kinemage и контактного программного обеспечения для всех атомов доступно бесплатно и с открытым исходным кодом на веб-сайте kinemage.
KiNG: моделирование альтернативной конформации боковой цепи в электронной плотности с контактными точками для всех атомов в режиме реального времени оценка 