Войти
| Стабильная версия | 2.5 / 2015-10-28 |
|---|---|
| Репозиторий |  |
| Написано на | Java |
| Операционная система | Linux, Mac OS X, Windows |
| Тип | Система научных рабочих процессов |
| Лицензия | Лицензия BSD |
| Веб-сайт | kepler-project.org |
Kepler бесплатное программное обеспечение система для разработки, выполнения, повторного использования, развития, архивирования и совместного использования научных рабочих процессов. Объекты Kepler обеспечивают мониторинг процессов и данных, информацию о происхождении и высокоскоростное перемещение данных. Рабочие процессы в целом и научные рабочие процессы в частности - это ориентированные графы, где узлы представляют дискретные вычислительные компоненты, а края представляют собой пути, по которым данные и результаты могут перемещаться между компонентами. В Kepler узлы называются «Актерами», а ребра - «каналами». Kepler включает графический пользовательский интерфейс для составления рабочих процессов в среде рабочего стола, механизм выполнения для выполнения рабочих процессов в графическом интерфейсе и независимо от командной строки, а также опцию распределенных вычислений, которая позволяет распределять задачи рабочего процесса между вычислительными узлами в пределах компьютерный кластер или вычислительная сеть. Система Kepler в основном нацелена на использование метафоры рабочего процесса для организации вычислительных задач, направленных на конкретные цели научного анализа и моделирования. Таким образом, научные рабочие процессы Кеплера обычно моделируют поток данных от одного шага к другому в серии вычислений, которые достигают некоторой научной цели.
Научный рабочий процесс - это процесс объединения данных и процессов в настраиваемый структурированный набор шаги, которые реализуют полуавтоматические вычислительные решения научной проблемы. Научные системы документооборота часто предоставляют графические пользовательские интерфейсы для комбинирования различных технологий и эффективных методов их использования, тем самым повышая эффективность ученых.
Kepler обеспечивает прямой доступ к научным данным, которые были заархивированы во многих широко используемых архивах данных. Например, Kepler обеспечивает доступ к данным, хранящимся на сервере Metacat Сети знаний о биокомплексности (KNB) и описываемых с помощью языка экологических метаданных. Дополнительные поддерживаемые источники данных включают данные, доступные с использованием протокола DiGIR, протокола OPeNDAP, GridFTP, JDBC, SRB и других.
Kepler отличается от многих других систем управления рабочими процессами биоинформатики тем, что он отделяет структуру модели рабочего процесса от модели вычислений, так что различные модели для вычисления рабочего процесса могут быть привязаны к данному графику рабочего процесса. Кеплер унаследовал несколько распространенных моделей вычислений от системы Птолемея, включая синхронный поток данных (SDF), непрерывное время (CT), технологическую сеть (PN) и динамический поток данных (DDF), среди других.
Kepler поддерживает иерархию в рабочих процессах, что позволяет составлять сложные задачи из более простых компонентов. Эта функция позволяет авторам рабочих процессов создавать многократно используемые модульные компоненты, которые можно сохранять для использования во многих различных рабочих процессах.
Kepler предоставляет модель для семантической аннотации компонентов рабочего процесса, используя термины, взятые из онтологии. Эти аннотации поддерживают множество расширенных функций, в том числе улучшенные возможности поиска, автоматическую проверку рабочего процесса и улучшенное редактирование рабочего процесса.
Компоненты Kepler можно совместно использовать путем экспорта рабочего процесса или компонента в архив Kepler (KAR), который является расширением формата файла JAR из Java. После создания файла KAR его можно отправить коллегам по электронной почте, опубликовать на веб-сайтах или загрузить в репозиторий компонентов Kepler. Репозиторий компонентов - это централизованная система для обмена рабочими процессами Kepler, доступная как через веб-портал, так и через интерфейс веб-службы . Пользователи могут напрямую искать и использовать компоненты из репозитория из графического интерфейса рабочего процесса Kepler.
Провенанс - это критически важное понятие в научных рабочих процессах, поскольку оно позволяет ученым понять происхождение их результатов, повторить свои эксперименты и подтвердить процессы, которые использовались для получения данных товары. Для воспроизведения рабочего процесса должна быть записана информация о происхождении, которая указывает, откуда были получены данные, как они были изменены, а также какие компоненты и какие настройки параметров использовались. Это позволит другим ученым повторно провести эксперимент, подтвердив результаты. В существующих системах существует небольшая поддержка, позволяющая конечным пользователям запрашивать информацию о происхождении научно значимыми способами, в частности, когда расширенные модели выполнения рабочих процессов выходят за рамки простых DAG (как в технологических сетях).
Проект Кеплер был создан в 2002 году участниками проекта «Научная среда для экологических знаний» (SEEK) и проекта «Управление научными данными» (SDM). Проект был основан исследователями из Национального центра экологического анализа и синтеза (NCEAS) при Калифорнийского университета в Санта-Барбаре и Суперкомпьютерного центра Сан-Диего в Калифорнийском университете, Сан-Диего. Kepler расширяет Ptolemy II, программную систему для моделирования, симуляции и проектирования параллельных встроенных систем реального времени, разработанную в Калифорнийском университете в Беркли. Сотрудничество над Kepler быстро росло, поскольку представители различных научных дисциплин осознали преимущества научных рабочих процессов для анализа и моделирования и начали вносить свой вклад в систему. По состоянию на 2008 год сотрудники Кеплера представляют многие научные дисциплины, включая экологию, молекулярную биологию, генетику, физику, химию, охрану природы, океанографию, гидрологию, библиотечное дело, информатику и другие. Kepler - это механизм оркестровки рабочих процессов, который используется для упрощения рабочих процессов в форме актера.
Портал бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом 
Научный портал 