Мусульмане составляют менее От 0,1 до 3 процентов населения Сан-Томе и Принсипи. Большинство (примерно 80 процентов) - католики ; Сан-Томе и Принсипи на протяжении многих лет были колонией Португалии, которая в подавляющем большинстве является католической.
До 1970 года в Сан-Томе и Принсипи не было зарегистрированных мусульман. После обретения независимости религия была представлена иммигрантами из соседних стран Нигерии и Камеруна, что привело к росту числа мусульман в Сан-Томе и Принсипи с нуля в 1970 году. до 51 в 1994 году и 64 в 2009 году. Однако, согласно M. Ali Kettani in Muslims Minorities (1986), мусульманское население в Сан-Томе и Принсипи было ближе к 1000 и сопоставимо с населением Кабо-Верде и Экваториальная Гвинея.
Согласно Международному отчету о свободе вероисповедания за 2006 год, около трех процентов населения исповедуют ислам, хотя общее число мусульман в стране увеличилось из-за притока нелегальных иммигранты из соседней Нигерии и Камеруна. Ахмадийская мусульманская община утверждает, что имеет «сотни» членов в стране, тем самым представляя значительную часть мусульманского населения. Однако, согласно исследованию, проведенному в 2009 г. исследовательским центром Pew Research Center, мусульмане в Сан-Томе и Принсипи составляют менее 0,1% населения.