Интерсекс организации гражданского общества существуют по крайней мере с середины 1980-х годов. В их число входят группы поддержки сверстников и правозащитные организации, занимающиеся вопросами здоровья и медицины, правами человека, юридическим признанием, а также поддержкой со стороны сверстников и семей. Некоторые группы, включая самые ранние, были открыты для людей с определенными интерсекс-чертами, в то время как другие открыты для людей с множеством разных видов интерсекс-черт.
Интерсексуальные организации поддержки и защиты сверстников существуют по крайней мере с 1985 года, с созданием Группы поддержки синдрома нечувствительности к андрогенам в Австралии в 1985 году. Группа поддержки синдрома нечувствительности к андрогенам (Великобритания) была создана в 1988 году. Общество интерсексуалов Северной Америки (ISNA) могло иметь была одной из первых интерсекс-организаций гражданского общества, открытых для людей независимо от диагноза; она была активна с 1993 по 2008 год.
В мае 2019 года более 50 интерсекс-организаций подписали многоязычное совместное заявление, осуждающее включение словосочетания «расстройства полового развития» в Международную классификацию болезней, заявляя, что это причиняет «вред» и способствует нарушениям прав человека, и призывает Всемирную организацию здравоохранения опубликовать четкую политику, гарантирующую, что интерсекс-медицинские вмешательства «полностью совместимы с нормы прав человека ».
Интерсекс-организации не имеют достаточных ресурсов. В международном отчете «Состояние транс * и интерсекс-организации», подготовленном GATE и American Jewish World Service в ноябре 2013 года, было обнаружено, что в 2010 году во всем мире «чуть более 40 000 долларов были направлены на решение проблем интерсексуалов».. В то время «6% всего финансирования правозащитной деятельности шло на продвижение прав ЛГБТИ во всем мире (72,6 миллиона долларов из 1,2 миллиарда долларов в целом)».
Фонд лесбиянок Астреи за справедливость учредил первый Intersex Human Rights Fund в 2015 году, пытаясь решить проблемы с ресурсами.
Известно, что в середине 1990-х начались международные собрания, в том числе Ретрит ISNA в 1996 году, в котором приняли участие активисты из Северной Америки и Новой Зеландии, а также летняя школа, организованная OII-France в 2006 году. Ретрит задокументирован в короткометражном фильме под названием «Говорят гермафродиты». и фильм Intersexion, и летняя школа в книге «Qui appartiennent nos corps?» Féminisme et luttes Intersexes.
Международные форумы интерсексуалов проводятся с 2011 года, их организует ILGA. Они объединили интерсекс-активистов и организации со всего мира, результатом чего стали совместные заявления о правах человека и телесной автономии. Мальтийская декларация третьего форума призвала положить конец «нормализации» практики, пренатальному скринингу и выборочным абортам, детоубийству и убийствам, а также стерилизации без согласия. Он также дал рекомендации по половому признаку интерсекс-детей и взрослых.
В этом списке есть как организации, возглавляемые интерсексами, так и некоторые активные союзные организации.