Институт философии был основан как Институт научной философии в 1921 году Густавом Шпетом, который был его первым директором до 1923 года. Философский факультет Московского университета был расформирован летом 1921 года, однако такие философы, как Семен Франк и Иван Ильин пытались организовать временные курсы в новом институте. Однако большевики вскоре положили этому конец, и Франк и Ильин оказались среди ссыльных, отправленных в ссылку на кораблях философов. Имя Шпета было выдвинуто для депортации, но вмешался Анатолий Луначарский, нарком просвещения, и ему разрешили остаться в России.