Независимая пресвитерианская церковь в Кении была основана в 1948 году миссионерами библейской пресвитерианской церкви из (США). В 1962 году произошел раскол в библейской пресвитерианской церкви, и в Африке миссионеры разделились, группа меньшинства разделилась, и это стало африканской евангелической пресвитерианской церковью. С 1964 года церковь стала независимой. В 1984 году ряд приходов ушли, отделились от деноминации и организовали одноименную Независимую пресвитерианскую церковь в Кении. В 2004 году количество членов составляет 2500 человек в 70 общинах. Церковь признает Апостольский символ веры и Вестминстерское исповедание веры.
. Согласно последним статистическим данным, в ней 80 собраний и 4 пресвитерия Мвинги, Какую, Найроби и Нгомени.
Церковь поддерживает Реформатский Библейский колледж и Технический колледж в Мвинги, Кения. Она была основана в 1958 году.
Церковь связана с Восточноафриканским христианским альянсом.