Олимпийский комитет Гондураса ( испанский : Comité Olímpico Hondureño ) направил на Игры вторую по величине делегацию страны, что соответствует размеру своего состава с Пекином 2008 года. В общей сложности 26 спортсменов, 25 мужчин и 1 женщина, были отобраны в сборную Гондураса по восьми видам спорта, а мужская футбольная команда вернулась на эти Игры в третий раз подряд. Среди гондурасских спортсменов были тяжелоатлет Кристофер Павон, пловец баттерфляем Аллан Гутьеррес, борец тхэквондо Мигель Феррера и беговой спринтер Роландо Паласиос, который возглавил команду в качестве знаменосца страны на церемонии открытия.
Гондурас чуть не упустил свою первую олимпийскую медаль в Рио-де-Жанейро, так как мужская футбольная команда во главе с капитаном Брайаном Акостой потерпела поражение 2–3 от нигерийцев за бронзу.
Ниже представлен финальный состав Гондураса в мужском футбольном турнире летних Олимпийских игр 2016 года. 28 июля Кевин Лопес покинул команду из-за травмы и был заменен Марсело Эспиналь.
Гондурас квалифицировал одного дзюдоиста в мужской тяжелой весовой категории (+100 кг) на Играх. Кубинец Рамон Пилета получил место в континентальной квоте от Панамериканского региона как лучший дзюдоист Гондураса, не считая прямого квалификационного места в мировом рейтинге IJF от 30 мая 2016 года.
Гондурас получил приглашение от Трехсторонней комиссии отправить олимпийца Пекина 2008 года Мигеля Ферреру в полусреднем весе (80 кг) на олимпийские соревнования по тхэквондо.
Гондурас получил приглашение от Трехсторонней комиссии направить на Олимпиаду лондонского олимпийца 2012 года Кристофера Павона в мужской средней тяжелой весовой категории (94 кг).