Гаплогруппа L2 (мтДНК)

редактировать
Гаплогруппа L2
Возможное время происхождения80,000–111,100 YBP
Возможное место происхожденияЗападная Африка или Центральная Африка
ПредокL2─6
ПотомкиL2a─d, L2e
Определение мутаций146, 150, 152, 2416, 8206, 9221, 10115, 13590, 16311 !, 16390

Гаплогруппа L2 представляет собой гаплогруппу митохондриальной ДНК человека (мтДНК) с Широкое современное распространение, особенно в Приэкваториальной Африке. Его субклад L2a - довольно частый и широко распространенный кластер мтДНК на континенте, а также среди афроамериканцев.

Содержание

  • 1 Источник
  • 2 Распределение
  • 3 Субклада
    • 3.1 Гаплогруппа L2a
      • 3.1.1 Гаплогруппа L2a1
        • 3.1.1.1 Гаплогруппа L2a1a
          • 3.1.1.1.1 Гаплогруппа L2a1a1
        • 3.1.1.2 Гаплогруппа L2a1b
        • 3.1.1.3 Гаплогруппа L2a1c
          • 3.1.1.3.1 Гаплогруппа L2a1c1
        • 3.1.1.4 Гаплогруппа L2a1k
        • 3.1.1.5 Гаплогруппа L2a1l2a
      • 3.1.2 Гаплогруппа L2a2
    • 3.2 Гаплогруппа L2b'c
      • 3.2.1 Гаплогруппа L2b
      • 3.2.2 Гаплогруппа L2c
    • 3.3 Гаплогруппа L2d
    • 3.4 Гаплогруппа L2e
  • 4 Дерево
  • 5 См. Также
  • 6 Ссылки
  • 7 Внешние ссылки

Происхождение

L2 - распространенное происхождение в Африке. Считается, что он образовался от 87 000 до 107 000 лет назад или приблизительно. 90,000 YBP. Его возраст, широкое распространение и разнообразие по всему континенту затрудняют определение точного места его происхождения в Африке. Несколько гаплотипов L2, наблюдаемых у гвинейцев и других популяций Западной Африки, имели общие генетические совпадения с Восточной Африкой и Северной Африкой. Кажется вероятным происхождение L2b, L2c, L2d и L2e в Западной или Центральной Африке. Раннее разнообразие L2 можно наблюдать на всем Африканском континенте, но, как мы видим в разделе «Субклады» ниже, наибольшее разнообразие обнаружено в Западной Африке. Большинство субкладов в основном приурочены к Западной и Западной и Центральной Африке.

Согласно исследованию 2015 года, «результаты показывают, что линии в южной части Африки группируются с линиями Западной / Центральной Африки в недавнем масштабе времени, тогда как восточные С L2 связаны три момента экспансии из центральноафриканского источника: одна миграция 70–50 тыс. лет назад в Восточную или Южную Африку, послеледниковые перемещения 15–10 тыс. лет назад в Восточную Африку и экспансия банту на юг за последние 5 тыс. лет назад. Комплементарный анализ популяций и филогеография L0a указывают на отсутствие убедительных доказательств наличия потока генов мтДНК между восточными и южными популяциями во время более позднего перемещения, что свидетельствует о низком смешении между популяциями Восточной Африки и мигрантами банту. Это означает, что, по крайней мере на ранних этапах расширение банту было в основном демическим распространением с небольшим включением местного населения ".

Распределение

Прогнозируемое пространственное распределение гаплогруппы L2 в Африке.

L2 - самая распространенная гаплогруппа в Африке, и она наблюдалась по всему континенту. Он встречается примерно у одной трети африканцев и их недавних потомков.

Самая высокая частота встречается среди пигмеев мбути (64%). Важное присутствие в Западной Африке, особенно в Сенегале (43-54%). Также важен для популяций небанту в Восточной Африке (44%), в Судане и Мозамбике.

Он особенно распространен в Чаде и канембу (38% выборки), но также относительно часто встречается у кочевых арабов (33%) [Cerny et al. 2007] и народы акан (~ 33%)

Субклады

генеалогическое древо гаплогруппы L2
гаплогруппа L2

L2a

L2b

L2c

L2d

L2e

L2 имеет пять основных подгаплогрупп: L2a, L2b, L2c, L2d и L2e. Из этих линий наиболее распространенным субкладом является L2a, который встречается как в Африке, так и в Леванте.

Гаплогруппа L2 наблюдалась среди образцов на островном кладбище в Кулубнарти, Судан., которые датируются раннехристианским периодом (550–800 гг. Н. Э.).

Гаплогруппа L2a

L2a широко распространена в Африке и наиболее распространенная и широко распространенная африканская гаплогруппа к югу от Сахары, а также довольно часто встречается (19%) в Америке среди потомков африканцев (Salas et al., 2002). L2a имеет возможную дату происхождения ок. 48000 YBP.

Он особенно распространен в Чаде (38% выборки; 33% недифференцированных L2 среди арабов Чада,) и в популяциях, не относящихся к банту. Восточной Африки (Кения, Уганда и Танзания ) на 38%. Около 33% в Мозамбике и 32% в Гане.

Этот субклад характеризуется мутациями в 2789, 7175, 7274, 7771, 11914, 13803, 14566 и 16294. Он составляет 52% всего L2 и является единственным субкладом L2, широко распространенным по всей Африке.

Широкое распространение L2a и разнообразие затрудняют определение географического происхождения. Основная загадка - это почти повсеместная гаплогруппа L2a, которая, возможно, распространилась на восток и запад вдоль коридора Сахель в Северной Африке после Последнего ледникового максимума или происхождение этих расширений может быть раньше, в начале позднего каменного века ~ 40 000 лет назад.

В Восточной Африке L2a был обнаружен 15% в долине Нила - нубийцы, 5% египтян, 14% кушитских говорящих, 15% семитских амхарцев, 10% гураге, 6% людей тиграя-тигринья, 13% эфиопов и 5% йеменцев.

гаплогруппа L2a также встречается в Северной Африке, с наибольшей частотой 20% Туареги, Фулани (14%). Встречается также среди некоторых алжирских арабов, она встречается в 10% случаев среди марокканских арабов, некоторых марокканских берберов и тунисских берберов. (Watson 1997) и др. (бдительный 1991) и др. 1991.

У пациентов, которым вводят препарат ставудин для лечения ВИЧ, гаплогруппа L2a связана с более низкой вероятностью периферической невропатии, поскольку побочный эффект.

Гаплогруппа L2a1

L2a может быть далее разделена на L2a1, укрывая переход в 16309 (Salas et al. 2002).

Этот субклад с разной частотой наблюдается в Западной Африке среди малинке, волоф и других; среди североафриканцев ; в Сахеле среди хауса, фульбе и др.; в Центральной Африке среди Бамилеке, Фали и др.; в Южной Африке среди койсанской семьи, включая носителей кхве и банту ; и в Восточной Африке среди кикуйю из Кении.

Все клады L2, присутствующие в Эфиопии, в основном происходят из двух субкладов, L2a1 и L2b. L2a1 определяется мутациями в 12693, 15784 и 16309. Большинство эфиопских последовательностей L2a1 имеют общие мутации в nps 16189 и 16309. Однако, в то время как большинство (26 из 33) афроамериканцев разделяют полные последовательности L2a гаплогруппы, могут быть разделены на четыре субклада с помощью замен в nps L2a1e-3495, L2a1a-3918, L2a1f-5581 и L2a1i-15229. Ни одна из этих последовательностей не наблюдалась в образцах 16309 L2a1 Эфиопии. (Салас 2002) и др.

Гаплогруппа L2a1 также наблюдалась среди Махра (4.6%).

Гаплогруппа L2a1 была обнаружена в древних окаменелостях, связанных с докерамического неолита. культура в Телль Халула, Сирия. Образец, раскопанный на стоянке Саванна пасторального неолита в Люксманде в Танзании, также нес кладу L2a1. Анализ кластеризации примесей также показал, что индивид имеет значительную родословную из древнего Леванта, подтверждая родовые связи между создателями пасторального неолита саванны и докерамического неолита.

Гаплогруппа L2a1a

субклад L2a1a определяется заменами в 3918, 5285, 15244 и 15629. Есть два кластера L2a, которые хорошо представлены у юго-восточных африканцев, L2a1a и L2a1b, оба определяются переходами в довольно стабильных положениях HVS-I. Оба они, по-видимому, происходят из Западной Африки или Северо-Западной Африки (на что указывает распределение совпадающих или соседних типов) и претерпели резкое распространение либо в Юго-Восточной Африке, либо в популяции предков. для современных жителей Юго-Восточной Африки.

Самые недавние вспышки звездообразования в субкладах L2a1a и L2a2 предполагают подпись для расширений банту, как также было предложено Перейрой и др. (2001).

L2a1a определяется мутацией в 16286. Кандидат в основатели L2a1a датируется 2700 (1200 SE) лет назад. (Перейра и др., 2001). Однако L2a1a, как определено заменой в (np 16286) (Salas et al. 2002), теперь поддерживается маркером кодирующей области (np 3918) (рис. 2A) и обнаружен в четырех из шести Йеменские линии передачи L2a1. L2a1a встречается с самой высокой частотой в Юго-Восточной Африке (Pereira et al. 2001; Salas et al. 2002). Как частый гаплотип-основатель, так и производные линии (с мутацией 16092), обнаруженные среди йеменцев, имеют точные совпадения в последовательностях мозамбика (Pereira et al. 2001; Salas et al. 2002). L2a1a также встречается с меньшей частотой в Северо-Западной Африке, среди Maure и Bambara в Мали и Мавритании. (Rando et al. 1998; Maca-Meyer et al. 2003)

Гаплогруппа L2a1a1

L2a1a1 определяется маркерами 6152C, 15391T, 16368C

Гаплогруппа L2a1b

L2a1b определяется заменами в 16189 и 10143. 16192 также является обычным для L2a1b и L2a1c; он появляется в Северной Африке в Египте, он также появляется в Юго-Восточной Африке и поэтому он также может быть маркером для расширения банту.

гаплогруппа L2a1c

L2a1c часто разделяет мутацию 16189 с L2a1b, но имеет собственные маркеры на 3010 и 6663. 16192 также обычен в L2a1b и L2a1c; он появляется в Юго-Восточной Африке, а также в Восточной Африке. Это говорит о некоторой диверсификации этой клады in situ.

Позиции T16209C C16301T C16354T на вершине L2a1 определяют небольшую подкладу, названную L2a1c Kivisild et al. (2004, рисунок 3) (см. Также рисунок 6 в Salas et al. 2002), который в основном встречается в Восточной Африке (например, Судан, Нубия, Эфиопия ), среди Туркана и Западной Африки (например, Канури ).

В бассейне реки Чад были идентифицированы четыре разных типа L2a1c с одной или двумя мутационными стадиями из типов Восточной и Западной Африки. (Kivisild et al.) 2004. (цитата на странице 9 или 443)

Гаплогруппа L2a1c1

L2a1c1 имеет североафриканское происхождение. Он определяется маркерами 198, 930, 3308, 8604, 16086. Он наблюдается у тунисских сефардов, ашкеназов, евреев, евреев, марокканцев, египтян, нубийцев и йеменцев.

Гаплогруппа L2a1f

Хосиан, Замбия, Мадагаскар

Гаплогруппа L2a1k

L2a1k определяется маркерами G6722A и T12903C. Ранее он был описан как специфичный для Европы субклад L2a1a и обнаружен у чехов и словаков.

Гаплогруппа L2a1l2a

L2a1l2a признана "ашкенази -специфическая гаплогруппа, встречающаяся у евреев ашкенази с родословной в Центральной и Восточной Европе. Он также был обнаружен в небольшом количестве у якобы нееврейского польского населения, где, как предполагается, он произошел от ашкеназской примеси. Однако этот гаплотип составляет лишь очень небольшую часть митохондриальных линий ашкенази; различные исследования (включая исследование Бехара) показали, что заболеваемость составляет 1,4–1,6%.

Гаплогруппа L2a2

L2a2 характерна для пигмеев мбути.

гаплогруппа L2b'c

L2b'c, вероятно, возникшая около 62000 лет назад.

Гаплогруппа L2b

Этот субклад преимущественно встречается в Западной Африке, но распространен по всей Африке.

Гаплогруппа L2c

L2c наиболее часто встречается в Западной Африке и, возможно, возник там. Особенно присутствует в Сенегале на 39%, Кабо-Верде 16% и Гвинея-Бисау 16%.

гаплогруппа L2d

L2d чаще всего встречается в Западной Африке, где он мог возникнуть. Он также встречается в Йемене, Мозамбике и Судане.

Гаплогруппа L2e

L2e (бывшая L2d2) типична для Западной Африки. Он также встречается в Тунисе и среди народа мандинка из Гвинеи-Бисау и афроамериканцев.

Дерево

Филогенетическое дерево субклады гаплогруппы L2. Числа в левой боковой панели представляют расчетное время в тысячу лет назад. Цветовая схема, соответствующая вероятному происхождению каждой клады.

Это филогенетическое дерево субкладов гаплогруппы L2 основано на статье Манниса ван Овена и Манфреда Кайзера. Обновленное комплексное филогенетическое дерево глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека и последующие опубликованные исследования.

  • Самый последний общий предок (MRCA)
    • L1'2'3'4'5'6
      • L2'3'4'6
        • L2
          • L2a'b'c'd
            • L2a
              • L2a1
                • L2a1a
                  • L2a1a1
                  • L2a1a2
                    • L2a1a2a
                      • L2a1a2a1
                    • L2a1a2b
                  • L2a1a3
                • 16189 (16192)
                  • L2a1b
                    • L2a1b1
                  • L2a1f
                    • L2a1f1
                • 143
                  • L2a1c
                    • L2a1c1
                    • L2a1c2
                    • L2a1c3
                    • L2a1c4
                  • L2a1d
                  • L2a1e
                    • L2a1e1
                  • L2a1h
                • L2a1h
                • 16189
                  • L2a1i
                  • L2a1j
                  • L2a1k
                  • 16192
                    • L2a1l
                      • L2a1l1
                        • L2a1l1a
                      • L2a1l2
            • L2a2
              • L2a2a
                • L2a2a1
              • L2a2b
                • L2a2b1
          • L2b'c
            • L2b
              • L2b1
                • L2b1a
                  • L2b1a2
                  • L2b1a3
            • L2c
              • L2c2
                • L2c2a
              • L2c3
          • L2d
            • L2d1
              • L2d1a
        • L2e

См. Также

На Викискладе есть материалы, связанные с гаплогруппой L2 (мтДНК).

Филогенетическое дерево гаплогрупп митохондриальной ДНК (мтДНК) человека

Митохондриальная Ева (L )
L0 L1–6
L1 L2 L3 L4 L5 L6
M N
CZ D E G Q O A S R I W X Y
C Z B F R0 до JT P U
HV JT K
H V J T

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-22 13:09:40
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте