Войти
В полях биоинформатика и вычислительная биология, Исследование генома Последовательности ( GSS) - это нуклеотидные следовать, похожие на EST, с той лишь разницей, что большинство из них имеют геномное происхождение, а не мРНК.
Последовательности исследования генома обычно генерируются и отправляются в NCBI лабораториями, выполняющими секвенирование генома, и используются, среди прочего, в качестве основы для картирования и секвенирования частей размера генома, включаемые в стандартные разделы GenBank.
Секвенирование генома - это новый способ картирования секвенирования генома. Так как он не зависит от мРНК. Современные подходы к секвенированию генома в основном являются высокопроизводительными методами дробовика, и GSS часто используется на первом этапе секвенирования. GSS может обеспечить начальное глобальное представление геноме, которое включает как кодирующую, так и некодирующую ДНК и содержит повторяющиеся участки генома в отличие от EST. Для оценки повторяющихся последовательностей GSS играет важную роль в ранней оценки проекта проекта. Например, при оценке генома собаки он может оценивать глобальные параметры, такие как нейтральные мутаций и содержание повторов.
GSS также быстрым крупномасштабной характеристикой геномов родственных видов, где есть только небольшие генов или карты. GSS с охватом может генерировать расширенную информацию о составе генов и предполагаемыхрегуляторных элементов сравниваемых видов. Он может сравнивать эти гены родственных видов, чтобы определить относительно расширенные или сокращенные семейства. В сочетании с физическим охватом клонов исследователи могут легко ориентироваться в геноме и охарактеризовать конкретный геномный участок с помощью более обширного секвенирования.
Ограничение последовательного геномного исследования состоит в том, что в ней отсутствует длительный непрерывный период из-за ее фрагментарного характера, что затрудняет прогнозирование порядка генов и маркеров. Например, для обнаружения последовательностей данных GSS может оказаться невозможным, поскольку все повторы, приводящие геном, могут быть длиннее, чем считываемые, чем считываемые, что трудно распознать.
Раздел GSS содержит (но не ограничивается ими) следующие типы данных:
Случайное обследование генома «За один проход» Последовательности- это GSS, которые генерируются при однократном чтении путем случайного выбора. Однопроходное секвенирование с более низкой точностью можно использовать для быстрого использования геномных данных, но с более низкой точностью. Он включает РАПД, RFLP, AFLP и т. Д.
Cosmid / Концевые ВАС / YAC используют Космиду / Бактериальную искусственную хромосому / Дрожжевую искусственную хромосому для секвенирования генома с концевой стороны. Эти отслеживают как плазмиды с очень низким номером, иногда имеют только одну копию на клетку. Чтобы получить достаточное количество хромосом, им необходимо большое количество культуры E. coli, что 2,5-5 литров может быть разумным первым.
Cosmid / BAC / YAC также можно использовать для получения большего клона фрагмента ДНК, чем соответствующая плазмида и фагмида. Вкладыш большего размера часто бывает полезен для проекта проекта при организацииклонов.
Эукариотические белки могут быть экспрессированы с использованием YAC с посттрансляционной модификацией. ВАС не может этого сделать, но ВАС могут достоверно ДНК человека намного лучше, чем YAC или космида.
Захваченные экзонами используются для идентификации генов в клонированной ДНК, и это достигается путем распознавания и улавливания носителя, содержащего его экзонную последовательность ДНК. Захват экзонов имеет две основные особенности: во-первых, он не зависит от доступности ДНК-мишени, экспрессирующей РНК. Во-вторых, изолированные, используемые данные должны быть непосредственно из клона без тканей, экспрессирующих ген. Во время разрезания экзон может оставаться в мРНК, а информация, переносимая экзоном, может содержаться в белке. Фрагмент ДНК может быть вставлен в последовательность, если экзон вставлен в интрон, транскрипт будет длиннее, чем обычно, и этот транскрипт может быть захвачен анализом.
Повторяющийся элемент Алу является членом коротких вкрапленных элементов (SINE) в геноме млекопитающих. В геноме человека насчитывается 300 до 500 тысяч копий повторяющегося элемента Alu, что означает, что один элемент Alu существует в среднем в 4-6 т.п.н. Элементы Alu широко распространены в геноме млекопитающих. Используя особую последовательность Alu в качестве целевого локуса, можно получить специфическую ДНК человека из клона TAC, BAC, PAC или гибриды клеток человека и мыши.
ПЦР - это метод, используемый для клонирования небольшого фрагмента ДНК. Фрагмент может быть одним геном или просто частью гена. ПЦР может клонировать только очень маленький фрагмент ДНК, который обычно не превышает 10 кб.
Alu PCR - это метод «снятия отпечатков пальцев». Это быстрый и простой в использовании подход. Он получен из анализа многих геномных локусов, фланкированных различных элементов Alu, которые предоставлены собой неавтономныеретротранспозоны,
