Обобщенное выравнивание дерева

В вычислительной филогенетике, обобщенное выравнивание дерева - это проблема создания множественного выравнивания последовательностей и филогенетического дерева для набора последовательностей одновременно, а не по отдельности.

Формально, обобщенное древовидное выравнивание является следующей задачей оптимизации.

Вход : набор $S\; \{\backslash \; displaystyle\; S\}$и функция расстояния редактирования $d\; \{\backslash \; displaystyle\; d\}$между последовательностями,

Вывод : дерево $T\; \{\backslash \; displaystyle\; T\}$, помеченное на листе $S\; \{\backslash \; displaystyle\; S\}$и помеченное последовательностями во внутренних узлах., такое, что $\Sigma \; e\; \in \; T\; d\; (e)\; \{\backslash \; displaystyle\; \backslash \; Sigma\; \_\; \{e\; \backslash \; in\; T\}\; d\; (e)\}$минимизируется, где $d\; (e)\; \{\backslash \; displaystyle\; d\; (e)\}$- это расстояние редактирования между конечными точками $e\; \{\backslash \; displaystyle\; e\}$.

. Обратите внимание, что это отличается от выравнивания дерева, где дерево предоставляется в качестве входных данных.