Войти
Универсальные вычисления на графических процессорах (GPGPU, редко GPGP ) - это использование графического процессора (GPU), который обычно выполняет вычисления только для компьютерной графики, для выполнения вычислений в приложениях, которые традиционно обрабатываются центральный процессор (CPU). Использование нескольких видеокарт в одном компьютере или большого количества графических чипов дополнительно распараллеливает и без того параллельный характер обработки графики. Кроме того, даже одна структура GPU-CPU обеспечивает преимущества, которые несколько процессоров сами по себе не могут предложить из-за специализации каждого чипа.
По сути, GPGPU pipeline является своего рода параллельная обработка между одним или несколькими GPU и CPU, которая анализирует данные, как если бы они были в виде изображения или другой графической формы. Хотя графические процессоры работают на более низких частотах, у них обычно во много раз больше ядер. Таким образом, графические процессоры могут обрабатывать гораздо больше изображений и графических данных в секунду, чем традиционные процессоры. Перенос данных в графическую форму с последующим использованием графического процессора для их сканирования и анализа может создать большое ускорение..
Конвейеры GPGPU были разработаны в начале 21 века для обработки графики (например, для лучше шейдеры ). Было обнаружено, что эти конвейеры хорошо удовлетворяют потребности научных вычислений, и с тех пор были разработаны в этом направлении.
В принципе, любая произвольная логическая функция, включая функции сложения, умножение и другие математические функции могут быть построены из функционально полного набора логических операторов. В 1987 году Game of Life Конвея стала одним из первых примеров вычислений общего назначения с использованием раннего потокового процессора, называемого блиттером, для вызова специальной последовательности логические операции с битовыми векторами.
Вычисления общего назначения на графических процессорах стали более практичными и популярными примерно после 2001 года, с появлением как программируемых шейдеров, так и плавающих Поддержка пункта на графических процессорах. Примечательно, что проблемы, связанные с матрицей и / или векторами, особенно двух-, трех- или четырехмерными векторами, было легко преобразовать в графический процессор, который работает с собственной скоростью и поддержкой. по этим типам. Эксперименты научного компьютерного сообщества с новым оборудованием начались с процедуры матричного умножения (2001); одной из первых общепринятых научных программ, которые работали на GPU быстрее, чем на CPU, была реализация LU-факторизации (2005).
Эти ранние попытки использовать GPU в качестве процессоров общего назначения потребовали переформулирования вычислительных проблемы с графическими примитивами, которые поддерживаются двумя основными API-интерфейсами для графических процессоров, OpenGL и DirectX. Этот громоздкий перевод был устранен с появлением языков программирования общего назначения и API, таких как Sh /RapidMind, Brook и Accelerator.
За ними последовала Nvidia CUDA, который позволял программистам игнорировать лежащие в основе графические концепции в пользу более общих концепций высокопроизводительных вычислений. Новые предложения, не зависящие от производителей оборудования, включают DirectCompute от Microsoft и OpenCL от Apple / Khronos Group. Это означает, что современные конвейеры GPGPU могут использовать скорость графического процессора, не требуя полного и явного преобразования данных в графическую форму.
Любой язык, который позволяет коду, работающему на ЦП, опрашивать GPU шейдер на предмет возвращаемых значений, может создать структуру GPGPU.
По состоянию на 2016 год OpenCL является доминирующим открытым языком вычислений на GPU общего назначения и представляет собой открытый стандарт, определенный Khronos Group. OpenCL предоставляет кроссплатформенную платформу GPGPU, которая дополнительно поддерживает параллельное вычисление данных на процессорах. OpenCL активно поддерживается на платформах Intel, AMD, Nvidia и ARM. Группа Khronos также стандартизировала и реализовала SYCL, модель программирования более высокого уровня для OpenCL в качестве встраиваемого языка с единым исходным кодом для конкретной предметной области, основанного на чистом C ++ 11.
Доминирующая проприетарная структура - Nvidia CUDA. Nvidia запустила CUDA в 2006 году, комплект разработки программного обеспечения (SDK) и интерфейс прикладного программирования (API), который позволяет использовать язык программирования C для кодирования алгоритмов для выполнения на графических процессорах серии GeForce 8 и более поздних.
Стандарты программирования для параллельных вычислений включают OpenCL (независимый от производителя), OpenACC и OpenHMPP. Марк Харрис, основатель GPGPU.org, ввел термин GPGPU.
Xcelerit SDK, созданный компанией, разработан для ускорения больших существующих кодовых баз C ++ или C # на GPU с минимальными усилиями. Он обеспечивает упрощенную модель программирования, автоматизирует распараллеливание, управляет устройствами и памятью и компилируется в двоичные файлы CUDA. Кроме того, из одного и того же исходного кода можно использовать многоядерные ЦП и другие ускорители.
OpenVIDIA был разработан в Университете Торонто в период с 2003 по 2005 год в сотрудничестве с Nvidia.
Altimesh Hybridizer, созданный путем компиляции Common Intermediate Language в CUDA двоичные файлы. Он поддерживает универсальные и виртуальные функции. Отладка и профилирование интегрированы с Visual Studio и Nsight. Он доступен как расширение Visual Studio на Visual Studio Marketplace.
Microsoft представила API вычислений DirectCompute GPU, выпущенный с DirectX 11 API.
Графический процессор Alea, созданный QuantAlea, представляет собственные вычислительные возможности графического процессора для языков Microsoft.NET F # и C #. Alea GPU также предоставляет упрощенную модель программирования GPU, основанную на параллельном и параллельном агрегировании GPU с использованием делегатов и автоматического управления памятью.
MATLAB поддерживает ускорение GPGPU с помощью Parallel Computing Toolbox и MATLAB Distributed Computing Server, а также сторонних производителей. такие пакеты, как Jacket.
Обработка GPGPU также используется для моделирования физики Ньютона с помощью физических движков, а коммерческие реализации включают Havok Physics, FX и PhysX, которые обычно используются для компьютеров и видеоигр.
Close to Metal, теперь называемых Stream, это AMD ' s Технология GPGPU для графических процессоров ATI Radeon.
C ++ Accelerated Massive Parallelism (C ++ AMP ) - это библиотека, которая ускоряет выполнение кода C ++ за счет использования аппаратного обеспечения параллельного обмена данными на графических процессорах.
В связи с тенденцией увеличения мощности мобильных графических процессоров универсальное программирование стало доступно также на мобильных устройствах, работающих под управлением основных мобильных операционных систем.
Google Android 4.2 с запущенным кодом RenderScript на графическом процессоре мобильного устройства. Apple представила проприетарный Metal API для iOS приложения, способные выполнять произвольный код через вычислительные шейдеры графического процессора Apple.
Компьютерные видеокарты производятся различными поставщиками, такими как Nvidia, AMD и ATI. Карты таких производителей различаются реализацией поддержки форматов данных, таких как целочисленные и форматы с плавающей запятой (32-битные и 64-битные). Microsoft представила стандарт Shader Model, чтобы упорядочить различные функции графических карт по простому номеру версии Shader Model (1.0, 2.0, 3.0 и т. Д.).
Видеокарты до DirectX 9 поддерживали только палитру или целочисленные типы цветов. Доступны различные форматы, каждый из которых содержит красный элемент, зеленый элемент и синий элемент. Иногда добавляется другое альфа-значение, используемое для прозрачности. Общие форматы:
Для ранних фиксированных функций или графики с ограниченной программируемостью (т. Е. Вплоть до графических процессоров, совместимых с DirectX 8.1), этого было достаточно, потому что это также представление, используемое в дисплеях. Важно отметить, что это представление имеет определенные ограничения. Учитывая достаточную мощность обработки графики, даже программисты графики хотели бы использовать более качественные форматы, такие как форматы данных с плавающей запятой, для получения таких эффектов, как формирование изображений с расширенным динамическим диапазоном. Многие приложения GPGPU требуют точности с плавающей запятой, которые поставляются с видеокартами, соответствующими спецификации DirectX 9.
DirectX 9 Shader Model 2.x предлагал поддержку двух типов точности: полной и частичной. Полная поддержка точности могла быть FP32 или FP24 (32- или 24-битная с плавающей запятой на компонент) или выше, в то время как частичная точность была FP16. Графические процессоры серии ATI Radeon R300 поддерживали точность FP24 только в конвейере программируемых фрагментов (хотя FP32 поддерживался в вершинных процессорах), в то время как Nvidia Серия NV30 поддерживает как FP16, так и FP32; другие поставщики, такие как S3 Graphics и XGI, поддерживали смесь форматов вплоть до FP24.
Реализации с плавающей запятой на графических процессорах Nvidia в основном соответствуют IEEE ; однако это верно не для всех поставщиков. Это имеет последствия для правильности, которые считаются важными для некоторых научных приложений. Хотя 64-битные значения с плавающей запятой (с плавающей запятой двойной точности) обычно доступны в процессорах, они не всегда поддерживаются графическими процессорами. Некоторые архитектуры графических процессоров жертвуют соответствием IEEE, в то время как другим не хватает двойной точности. Были предприняты попытки эмулировать значения с плавающей запятой двойной точности на графических процессорах; однако компромисс в скорости сводит на нет какие-либо преимущества, связанные с переносом вычислений на GPU в первую очередь.
Большинство операций на GPU работают в векторизованном виде: одна операция может выполняться на до четырех значений одновременно. Например, если один цвет
Первоначально данные просто передавались в одностороннем порядке от центрального процессора (CPU) к графическому процессору (GPU), а затем к устройство отображения. Однако со временем для графических процессоров стало полезно хранить сначала простые, а затем сложные структуры данных, которые затем передавались обратно в ЦП, который анализировал изображение, или набор научных данных, представленных как 2D- или 3D-формат, который видеокарта может понять. Поскольку графический процессор имеет доступ к каждой операции отрисовки, он может быстро анализировать данные в этих формах, тогда как центральный процессор должен опрашивать каждый пиксель или элемент данных намного медленнее, поскольку скорость доступа между процессором и его большим пулом случайных -доступ к памяти (или, что еще хуже, к жесткому диску ) работает медленнее, чем графические процессоры и видеокарты, которые обычно содержат меньшие объемы более дорогой памяти, доступ к которой осуществляется намного быстрее. Передача части набора данных для активного анализа в эту память графического процессора в виде текстур или других легко читаемых форм графического процессора приводит к увеличению скорости. Отличительной особенностью конструкции GPGPU является способность передавать информацию двунаправленно обратно от GPU к CPU; обычно пропускная способность данных в обоих направлениях идеально высока, что приводит к влиянию множителя на скорость конкретного часто используемого алгоритма . Конвейеры GPGPU могут повысить эффективность особенно больших наборов данных и / или данных, содержащих 2D или 3D изображения. Он используется в сложных графических конвейерах, а также в научных вычислениях ; в большей степени в областях с большими наборами данных, таких как картирование генома, или где полезен двух- или трехмерный анализ - особенно в настоящее время анализ биомолекул, исследование белков, и др. сложная органическая химия. Такие конвейеры могут также значительно повысить эффективность в обработке изображений и компьютерном зрении, среди других областей; а также параллельная обработка в целом. Некоторые очень сильно оптимизированные конвейеры дали увеличение скорости в несколько сотен раз по сравнению с исходным конвейером на базе ЦП при выполнении одной часто используемой задачи.
Простым примером может быть программа на графическом процессоре, которая собирает данные о средних значениях освещения, поскольку она отображает изображение с камеры или компьютерной графической программы обратно в основную программу на ЦП, чтобы ЦП мог затем вносить изменения в общий вид экрана. Более сложный пример может использовать обнаружение краев для возврата числовой информации и обработанного изображения, представляющего контуры, программе компьютерного зрения, управляющей, скажем, мобильным роботом. Поскольку графический процессор имеет быстрый и локальный аппаратный доступ к каждому пикселю или другому элементу изображения в изображении, он может анализировать и усреднять его (для первого примера) или применять краевой фильтр Собела или другой фильтр свертки (для второго) с гораздо большей скоростью, чем ЦП, который обычно должен обращаться к более медленным оперативной памяти копиями рассматриваемой графики.
GPGPU - это принципиально концепция программного обеспечения, а не аппаратного обеспечения; это разновидность алгоритма , а не часть оборудования. Однако специализированное оборудование может еще больше повысить эффективность конвейеров GPGPU, которые традиционно выполняют относительно мало алгоритмов с очень большими объемами данных. Таким образом, массово распараллеленные задачи уровня гигантских данных могут быть распараллелены еще больше с помощью специализированных настроек, таких как вычисления в стойке (много похожих, специализированных машин, встроенных в стойку), что добавляет третий уровень - многие вычислительные блоки, каждое из которых использует много процессоров для соответствия ко многим графическим процессорам. Некоторые биткойн «майнеры» использовали такие установки для обработки больших объемов.
Исторически ЦП использовали аппаратные кеши, но более ранние графические процессоры предоставляли только программно управляемую локальную память. Однако, поскольку графические процессоры все чаще используются для приложений общего назначения, современные графические процессоры разрабатываются с аппаратно управляемыми многоуровневыми кешами, которые помогли графическим процессорам перейти к массовым вычислениям. Например, графические процессоры с архитектурой GeForce 200 серии GT200 не имели кеш-памяти второго уровня, графический процессор Fermi имеет кеш последнего уровня 768 КиБ, графический процессор Kepler имеет 1,5 Кэш последнего уровня в MiB, графический процессор Maxwell имеет кеш последнего уровня 2 МБ, а графический процессор Pascal имеет кэш последнего уровня 4 МБ.
Графические процессоры имеют очень большие файлы регистров, которые позволяют им уменьшить задержку переключения контекста. Размер файла регистров также увеличивается в зависимости от поколения графических процессоров, например, общий размер файла регистров на графических процессорах Maxwell (GM200), Pascal и Volta составляет 6 МБ, 14 МБ и 20 МБ соответственно. Для сравнения, размер файла регистров на ЦП невелик, обычно десятки или сотни килобайт.
Высокая производительность графических процессоров достигается за счет высокого энергопотребления, которое при полной нагрузке фактически равно мощности всей остальной системы ПК вместе взятой. Максимальное энергопотребление графического процессора серии Pascal (Tesla P100) было указано на уровне 250 Вт. В нескольких исследовательских проектах сравнивалась энергоэффективность графических процессоров с энергоэффективностью процессоров и ПЛИС.
Графические процессоры разработаны специально для графики и, следовательно, очень ограничены в операциях и программировании. Благодаря своей конструкции графические процессоры эффективны только для тех проблем, которые можно решить с помощью потоковой обработки, а оборудование можно использовать только определенным образом.
Следующее обсуждение, касающееся вершин, фрагментов и текстур, касается в основном устаревшей модели программирования GPGPU, где графические API (OpenGL или DirectX ) использовались для выполнения общих -целевое вычисление. С введением универсальных вычислительных API-интерфейсов общего назначения CUDA (Nvidia, 2007) и OpenCL (независимый от производителя, 2008 г.) в новых кодах GPGPU больше нет необходимости сопоставлять вычисление графических примитивов. Природа потоковой обработки графических процессоров остается в силе независимо от используемых API. (См., Например,)
Графические процессоры могут обрабатывать только независимые вершины и фрагменты, но могут обрабатывать многие из них параллельно. Это особенно эффективно, когда программист хочет одинаково обработать множество вершин или фрагментов. В этом смысле графические процессоры - это потоковые процессоры - процессоры, которые могут работать параллельно, выполняя одно ядро сразу для множества записей в потоке.
Поток - это просто набор записей, требующих аналогичных вычислений. Потоки обеспечивают параллелизм данных. Ядра - это функции, которые применяются к каждому элементу в потоке. В графических процессорах вершины и фрагменты являются элементами в потоках, а вершинные и фрагментные шейдеры - это ядра, которые будут запускаться на них. Для каждого элемента мы можем только читать из входа, выполнять с ним операции и записывать в выход. Допускается иметь несколько входов и несколько выходов, но никогда нельзя использовать часть памяти, которая может быть как читаемой, так и записываемой.
Арифметическая интенсивность определяется как количество операций, выполняемых на одно слово переданной памяти. Для приложений GPGPU важно иметь высокую арифметическую интенсивность, иначе задержка доступа к памяти ограничит ускорение вычислений.
Идеальные приложения GPGPU имеют большие наборы данных, высокий уровень параллелизма и минимальную зависимость между элементами данных.
На GPU доступны различные вычислительные ресурсы:
Фактически, программа может заменить текстуру только для записи для вывода вместо фреймбуфера. Это делается либо с помощью Render to Texture (RTT), Render-To-Backbuffer-Copy-To-Texture (RTBCTT), либо более поздней потоковой передачи.
Самая распространенная форма потока, принимаемого в GPGPU, - это 2D-сетка, потому что она естественным образом соответствует модели рендеринга, встроенной в графические процессоры. Многие вычисления естественно отображаются в сетки: матричная алгебра, обработка изображений, физическое моделирование и т. Д.
Поскольку текстуры используются как память, поиск текстуры затем используется как чтение памяти. Из-за этого некоторые операции могут выполняться автоматически графическим процессором.
Вычислительные ядра можно рассматривать как тело циклов. Например, программист, работающий с сеткой на ЦП, может иметь код, который выглядит следующим образом:
// Сетки ввода и вывода имеют 10000 x 10000 или 100 миллионов элементов. void transform_10k_by_10k_grid (float in [10000] [10000], float out [10000] [10000]) {for (int x = 0; x < 10000; x++) { for (int y = 0; y < 10000; y++) { // The next line is executed 100 million times out[x][y] = do_some_hard_work(in[x][y]); } } }На графическом процессоре программист указывает только тело цикла как ядро и какие данные следует перебирать, вызывая обработку геометрии.
В последовательном коде можно управлять потоком программы с помощью операторов if-then-else и различных форм циклов. Такие структуры управления потоком только недавно были добавлены в графические процессоры. Условная запись могла выполняться с использованием правильно созданной серии арифметических / битовых операций, но циклы и условное ветвление были невозможны.
Последние графические процессоры допускают ветвление, но обычно со снижением производительности. Во внутренних циклах, как правило, следует избегать ветвления, будь то код CPU или GPU, и для достижения ветвления можно использовать различные методы, такие как статическое разрешение ветвления, предварительное вычисление, прогнозирование, разделение цикла и Z-cull. когда аппаратная поддержка отсутствует.
Операция map просто применяет данную функцию (ядро) к каждому элементу в потоке. Простой пример - умножение каждого значения в потоке на константу (увеличение яркости изображения). Операцию карты просто реализовать на GPU. Программист генерирует фрагмент для каждого пикселя на экране и применяет программу фрагмента к каждому пикселю. Поток результатов того же размера сохраняется в выходном буфере.
Некоторые вычисления требуют вычисления меньшего потока (возможно, потока только из одного элемента) из большего потока. Это называется уменьшением потока. Как правило, уменьшение может выполняться в несколько этапов. Результаты предыдущего шага используются в качестве входных данных для текущего шага, а диапазон, в котором применяется операция, сокращается до тех пор, пока не останется только один элемент потока.
Фильтрация потоков по существу является неравномерным сокращением. Фильтрация включает удаление элементов из потока на основе некоторых критериев.
Операция сканирования, также называемая суммой параллельных префиксов, принимает вектор (поток) элементов данных и (произвольную) ассоциативную двоичную функцию '+' с элементом идентичности 'i'. Если входом является [a0, a1, a2, a3,...], исключительное сканирование дает выход [i, a0, a0 + a1, a0 + a1 + a2,...], а инклюзивное сканирование дает output [a0, a0 + a1, a0 + a1 + a2, a0 + a1 + a2 + a3,...] и не требует наличия идентификатора. Хотя на первый взгляд операция может показаться изначально последовательной, эффективные алгоритмы параллельного сканирования возможны и были реализованы на графических процессорах. Операция сканирования используется, например, в быстрой сортировке и умножении разреженной матрицы на вектор.
Операция scatter наиболее естественно определяется на вершинном процессоре. Вершинный процессор может регулировать положение вершины , что позволяет программисту управлять местом размещения информации в сетке. Также возможны другие расширения, такие как управление размером области, на которую влияет вершина.
Обработчик фрагментов не может выполнять прямую операцию разброса, потому что положение каждого фрагмента в сетке фиксировано во время создания фрагмента и не может быть изменено программистом. Однако иногда операция логического разброса может быть преобразована или реализована с другим шагом сбора данных. Реализация разброса сначала будет выдавать и выходное значение, и выходной адрес. Сразу после операции сбора используются сравнения адресов, чтобы увидеть, отображается ли выходное значение в текущий выходной слот.
В выделенных вычислительных ядрах разброс может выполняться путем индексированной записи.
Gather - это обратное значение scatter. После того, как разброс переупорядочивает элементы в соответствии с картой, сборка может восстановить порядок элементов в соответствии с используемым разбросом карты. В выделенных вычислительных ядрах сбор данных может выполняться индексированными чтениями. В других шейдерах это выполняется с поиском текстур.
Операция сортировки преобразует неупорядоченный набор элементов в упорядоченный набор элементов. Наиболее распространенная реализация на графических процессорах - использование Radix sort для целочисленных данных и данных с плавающей запятой, а также крупномасштабная сортировка слиянием и мелкозернистая сортировка сетей для общих сопоставимых данных..
Операция поиска позволяет программисту найти заданный элемент в потоке или, возможно, найти соседей указанного элемента. Графический процессор не используется для ускорения поиска отдельного элемента, а вместо этого используется для параллельного выполнения нескольких поисков. В основном используется метод поиска двоичный поиск по отсортированным элементам.
На GPU могут быть представлены различные структуры данных:
Ниже приведены некоторые из областей, в которых графические процессоры использовались для вычислений общего назначения:
Использование GPGPU в биоинформатике:
| Приложение | Описание | Поддерживаемые функции | Ожидаемое ускорение † | GPU ‡ | Многофункциональный Поддержка графического процессора | Состояние выпуска |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BarraCUDA | ДНК, включая эпигенетику, программное обеспечение для картирования последовательностей | Выравнивание считываний коротких секвенирований | 6–10x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Да | Сейчас доступно, версия 0.7.107f |
| CUDASW++ | Программное обеспечение с открытым исходным кодом для Smith- Поиск в базе данных белков Waterman на графических процессорах | Параллельный поиск в базе данных Smith-Waterman | 10–50x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Да | Доступен сейчас, версия 2.0.8 |
| CUSHAW | Параллельный выравниватель с коротким считыванием | Параллельный, точный выравниватель с длинным считыванием - выравнивание с зазором для больших геномов | 10x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Да | Сейчас доступно, версия 1.0.40 |
| GPU-BLAST | Local search with fast k-tuple heuristic | Protein alignment according to blastp, multi CPU threads | 3–4x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Single only | Available now, version 2.2. 26 |
| GPU-HMMER | Parallelized local and global search with profile hidden Markov models | Parallel local and global search of hidden Markov models | 60–100x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 2.3.2 |
| mCUDA-MEME | Ultrafast scalable motif discovery algorithm based on MEME | Scalable motif discovery algorithm based on MEME | 4–10x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 3.0.12 |
| SeqNFind | A GPU accelerated sequence analysis toolset | Reference assembly, blast, Smith–Waterman, hmm, de novo assembly | 400x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now |
| UGENE | Opensource Smith–Waterman for SSE/CUDA, suffix array based repeats finder and dotplot | Fast short read alignment | 6–8x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 1.11 |
| WideLM | Fits numerous linear models to a fixed design and response | Parallel linear regression on multiple similarly-shaped models | 150x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 0.1-1 |
| Application | Description | Supported features | Expected speed-up† | GPU‡ | Multi-GPU support | Release status |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Abalone | Models molecular dynamics of biopolymers for simulations of proteins, DNA and ligands | Explicit and implicit solvent, hybrid Monte Carlo | 4–120x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Single only | Available now, version 1.8.88 |
| ACEMD | GPU simulation of molecular mechanics force fields, implicit and explicit solvent | Written for use on GPUs | 160 ns/day GPU version only | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now |
| AMBER | Suite of programs to simu late molecular dynamics on biomolecule | PMEMD: explicit and implicit solvent | 89.44 ns/day JAC NVE | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 12 + bugfix9 |
| DL-POLY | Simulate macromolecules, polymers, ionic systems, etc. on a distributed memory parallel computer | Two-body forces, link-cell pairs, Ewald SPME forces, Shake VV | 4x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 4.0 source only |
| CHARMM | MD package to simulate molecular dynamics on biomolecule. | Implicit (5x), explicit (2x) solvent via OpenMM | TBD | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | In development Q4/12 |
| GROMACS | Simulate biochemical molecules with complex bond interactions | Implicit (5x), explicit (2x) solvent | 165 ns/Day DHFR | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Single only | Available now, version 4.6 in Q4/12 |
| HOOMD-Blue | P article dynamics package written grounds up for GPUs | Written for GPUs | 2x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now |
| LAMMPS | Classical molecular dynamics package | Lennard-Jones, Morse, Buckingham, CHARMM, tabulated, course grain SDK, anisotropic Gay-Bern, RE-squared, "hybrid" combinations | 3–18x | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now |
| NAMD | Designed for high-performance simulation of large molecular systems | 100M atom capable | 6.44 ns/days STMV 585x 2050s | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, version 2.9 |
| OpenMM | Library and application for molecular dynamics for HPC with GPUs | Implicit and explicit solvent, custom forces | Implicit: 127–213 ns/day; Explicit: 18–55 ns/day DHFR | T 2075, 2090, K10, K20, K20X | Yes | Available now, версия 4.1.1 |
† Ожидаемое ускорение во многом зависит от конфигурации системы. Производительность графического процессора по сравнению с многоядерным процессором x86. Производительность графического процессора оценивается на основе поддерживаемых функций графического процессора и может быть сравнением производительности ядра с ядром. Подробные сведения об используемой конфигурации см. На веб-сайте приложения. Ускорение согласно внутреннему тестированию Nvidia или документации независимых поставщиков программного обеспечения.
‡ Q = Quadro GPU, T = Tesla GPU. Nvidia рекомендовала графические процессоры для этого приложения. Обратитесь к разработчику или независимому поставщику программного обеспечения для получения информации о сертификации.
